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- PDB-8cuc: Crystal structure analysis of SALL4 zinc finger domain in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cuc
タイトルCrystal structure analysis of SALL4 zinc finger domain in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*CP*G)-3')
  • Sal-like protein 4
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Transcription factor / Zinc finger / Protein-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / embryonic limb morphogenesis / ventricular septum development / inner cell mass cell proliferation / somatic stem cell population maintenance / heterochromatin / Regulation of PTEN gene transcription / neural tube closure / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / embryonic limb morphogenesis / ventricular septum development / inner cell mass cell proliferation / somatic stem cell population maintenance / heterochromatin / Regulation of PTEN gene transcription / neural tube closure / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Sal-like protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Seo, H.S. / Dhe-Paganon, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of SALL4 Zinc Finger domain in complex with DNA
著者: Seo, H.S. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2022年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*CP*G)-3')
E: Sal-like protein 4
F: Sal-like protein 4
G: Sal-like protein 4
H: Sal-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,22414
ポリマ－44,8328
非ポリマー3926
水4,179232
1
A: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*CP*G)-3')
F: Sal-like protein 4
H: Sal-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6127
ポリマ－22,4164
非ポリマー1963
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*CP*G)-3')
E: Sal-like protein 4
G: Sal-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6127
ポリマ－22,4164
非ポリマー1963
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.250, 70.510, 112.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12chain B
22chain D
13(chain E and ((resid 895 through 896 and (name N...
23(chain H and ((resid 895 through 896 and (name N...
14(chain F and resid 870 through 921)
24(chain G and (resid 870 through 917 or (resid 918...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111DCDCDCDCchain AAA1 - 121 - 12
211DCDCDCDCchain CCC1 - 121 - 12
112DGDGDGDGchain BBB1 - 121 - 12
212DGDGDGDGchain DDD1 - 121 - 12
113GLUGLULYSLYS(chain E and ((resid 895 through 896 and (name N...EE895 - 89634 - 35
123GLUGLUHISHIS(chain E and ((resid 895 through 896 and (name N...EE895 - 92034 - 59
133GLUGLUHISHIS(chain E and ((resid 895 through 896 and (name N...EE895 - 92034 - 59
143GLUGLUHISHIS(chain E and ((resid 895 through 896 and (name N...EE895 - 92034 - 59
153GLUGLUHISHIS(chain E and ((resid 895 through 896 and (name N...EE895 - 92034 - 59
213GLUGLULYSLYS(chain H and ((resid 895 through 896 and (name N...HH895 - 89634 - 35
223GLYGLYGLYGLY(chain H and ((resid 895 through 896 and (name N...HH894 - 92133 - 60
233GLYGLYGLYGLY(chain H and ((resid 895 through 896 and (name N...HH894 - 92133 - 60
243GLYGLYGLYGLY(chain H and ((resid 895 through 896 and (name N...HH894 - 92133 - 60
253GLYGLYGLYGLY(chain H and ((resid 895 through 896 and (name N...HH894 - 92133 - 60
114HISHISGLYGLY(chain F and resid 870 through 921)FF870 - 9219 - 60
214HISHISTYRTYR(chain G and (resid 870 through 917 or (resid 918...GG870 - 9179 - 56
224METMETMETMET(chain G and (resid 870 through 917 or (resid 918...GG91857
234GLNGLNGLYGLY(chain G and (resid 870 through 917 or (resid 918...GG869 - 9218 - 60
244GLNGLNGLYGLY(chain G and (resid 870 through 917 or (resid 918...GG869 - 9218 - 60
254GLNGLNGLYGLY(chain G and (resid 870 through 917 or (resid 918...GG869 - 9218 - 60
264GLNGLNGLYGLY(chain G and (resid 870 through 917 or (resid 918...GG869 - 9218 - 60

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量: 3670.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*CP*G)-3')


分子量: 3652.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
Sal-like protein 4 / Zinc finger protein 797 / Zinc finger protein SALL4


分子量: 7546.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SALL4, ZNF797 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJQ4
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% PEG3350, 40 mM ammonium sulfate, Bis-Tris, pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2827 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→70.51 Å / Num. obs: 23766 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 39.27 Å2 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.232 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 124824
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.09-2.135.51.3640211710.9842.34399.9
5.67-70.554.815.1634013190.0420.097100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.09→59.68 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2307 1132 4.77 %
Rwork0.2022 22580 -
obs0.2035 23712 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.98 Å2 / Biso mean: 41.2448 Å2 / Biso min: 8.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→59.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1234 984 6 232 2456
Biso mean--46.54 41.72 -
残基数----209
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A234X-RAY DIFFRACTION4.204TORSIONAL
12C234X-RAY DIFFRACTION4.204TORSIONAL
21B234X-RAY DIFFRACTION4.204TORSIONAL
22D234X-RAY DIFFRACTION4.204TORSIONAL
31E140X-RAY DIFFRACTION4.204TORSIONAL
32H140X-RAY DIFFRACTION4.204TORSIONAL
41F312X-RAY DIFFRACTION4.204TORSIONAL
42G312X-RAY DIFFRACTION4.204TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.09-2.190.38771430.317827662909100
2.19-2.30.31441540.275627622916100
2.3-2.440.29511390.263628132952100
2.44-2.630.29571350.25327772912100
2.63-2.90.27091440.225728212965100
2.9-3.320.20791270.20122809293699
3.32-4.180.19161460.15852834298099
4.18-59.680.19521440.17962998314299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.65280.61960.09981.66410.19781.01760.02610.12130.00790.05090.10970.2241-0.14980.10020.00050.39370.0474-0.00830.32710.04570.345715.706634.161778.8686
22.70630.6323-0.063.05970.05031.66620.07370.50680.0180.2919-0.18990.1543-0.3750.236100.41310.0246-0.00420.42060.01450.324417.67734.057979.1938
32.6004-0.6907-0.05551.9725-0.30391.1232-0.0369-0.03650.03780.02940.15710.28860.07750.1401-0.00030.3444-0.0382-0.00170.32650.05820.307640.043935.848756.4083
41.5864-0.3882-0.01431.667-0.43881.8471-0.1242-0.1537-0.1121-0.29330.19470.18530.5208-0.0864-00.4068-0.00470.0080.37120.00660.335941.86235.59456.054
50.2001-0.1081-0.29790.15160.25370.5623-0.028-0.1724-0.1522-0.45240.0090.57820.3372-0.4511-0.00030.4252-0.00260.00850.4205-0.02320.44142.65427.422439.659
60.56770.0665-0.48060.28120.3791.3542-0.0472-0.40030.17180.05770.0318-0.19570.28910.5206-0.00230.43820.00860.0570.43410.00690.354848.553728.189345.5628
70.13760.23060.0310.5971-0.11721.63610.1750.2185-0.1044-0.16950.030.78370.2787-0.94440.01080.44550.0082-0.0430.52030.03150.62026.616123.850475.4946
81.3116-1.0291-0.57182.1301-0.78062.03060.01140.3037-0.0058-0.0626-0.0684-0.11910.02170.1879-0.00010.34210.0133-0.00340.32890.00130.356627.550224.625876.5937
90.5071-0.071-0.12110.2395-0.25820.661-0.2343-0.42390.10840.27270.74910.55950.2371-1.17830.00480.4240.00550.00960.69770.05050.639628.223244.917159.9242
100.37860.02120.08390.08720.04020.0655-0.4749-0.4190.48440.55220.36860.454-0.07860.0248-0.00240.38920.03150.00470.41580.07850.495636.04347.352661.6346
113.88410.76850.86071.2865-0.24640.33270.6073-1.10581.63241.3563-0.2070.9987-0.2061-0.54140.02750.6163-0.02770.02730.3976-0.08850.556545.82549.831562.1725
120.21140.2-0.01830.17450.04340.1248-0.3581-0.14680.66870.1168-0.0513-0.0439-0.67770.3649-0.00070.3687-0.0168-0.03610.38910.020.386653.615547.150958.8463
130.6360.9369-0.69091.7777-0.17212.63430.1109-0.1302-0.8708-0.4134-0.2827-0.32740.48360.651-0.0150.3391-0.0014-0.02210.38490.05530.418154.140239.707257.1658
148.4466-1.2777-6.41390.21930.99624.9297-0.157-0.1977-0.9438-0.6545-0.0514-1.40680.63911.3164-0.08160.4683-0.03170.06730.45790.01140.488123.458549.340385.3127
151.0076-0.02180.45191.37970.16270.7976-0.0464-0.4719-0.57550.3723-0.21520.73980.1714-0.4265-0.00030.4143-0.017-0.00530.5563-0.02780.492915.324245.855992.6042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 12 )A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 12 )B1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 12 )C1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 12 )D1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 895 through 909 )E895 - 909
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 910 through 920 )E910 - 920
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 868 through 893 )F868 - 893
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 894 through 921 )F894 - 921
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resid 869 through 881 )G869 - 881
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'G' and (resid 882 through 893 )G882 - 893
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resid 894 through 898 )G894 - 898
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resid 899 through 909 )G899 - 909
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resid 910 through 921 )G910 - 921
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 894 through 898 )H894 - 898
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 899 through 921 )H899 - 921

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万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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