PDB-8cu9: Crystal Structure of Bifunctional protein GlmU from Klebsiella pn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cu9

タイトル

Crystal Structure of Bifunctional protein GlmU from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae

要素

Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase GlmU

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / acyltransferase / multifunctional enzyme / nucleotidyltransferase / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

CITRIC ACID / Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase GlmU

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Bifunctional protein GlmU from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae
著者: DeBouver, N.D. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cu9.cif.gz	191.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cu9.ent.gz	150 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cu9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/8cu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/8cu9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oi6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase GlmU

ヘテロ分子

50.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase GlmU

ヘテロ分子

A: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase GlmU

ヘテロ分子

A: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase GlmU

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
152 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.150, 139.150, 139.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質	Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase GlmU 分子量: 50205.859 Da / 分子数: 1 / 断片: KlpnC.00150.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: glmU, IM758_25600, KW550_14685, KW551_26820, KW555_12970, KW557_26470, KW558_26490, KW559_26805, KW560_26800, KW563_26020, KW564_26790, KWK18_26790, KWL80_26790, KWY79_26790, KWY86_26245, KWZ53_26265 プラスミド: KlpnC.00150.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8F6ZET2
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.5 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: [[Target: KlpnC.00150.a.B1.PW38985] [crystallization: protein at 25.33 mg/mL was mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with an opt screen based on JCSG+ E1: 0.1 M sodium ...詳細: [[Target: KlpnC.00150.a.B1.PW38985] [crystallization: protein at 25.33 mg/mL was mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with an opt screen based on JCSG+ E1: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 1.0 M tri-sodium citrate] [Barcode: 323500h2] [pin: hnx6-4] [cryo: 20% Ethylene glycol]

結晶

マシュー密度: 4.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.5 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: [[Target: KlpnC.00150.a.B1.PW38985] [crystallization: protein at 25.33 mg/mL was mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with an opt screen based on JCSG+ E1: 0.1 M sodium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月11日 / 詳細: Berillium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.65→49.2 Å / Num. obs: 26243 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.244 % / B_iso Wilson estimate: 65.6 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 0.944 / Net I/σ(I): 21.81 / Num. measured all: 137618 / Scaling rejects: 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.65-2.72	5.308	0.637	2.83	10302	1941	1941	0.819	0.707	100
2.72-2.79	5.297	0.491	3.69	10021	1892	1892	0.87	0.544	100
2.79-2.87	5.304	0.353	4.86	9675	1826	1824	0.938	0.391	99.9
2.87-2.96	5.311	0.246	6.69	9470	1786	1783	0.965	0.273	99.8
2.96-3.06	5.286	0.188	8.75	9061	1714	1714	0.98	0.208	100
3.06-3.17	5.309	0.138	11.38	8924	1683	1681	0.988	0.153	99.9
3.17-3.29	5.277	0.106	14.69	8448	1601	1601	0.992	0.117	100
3.29-3.42	5.266	0.08	18.75	8094	1538	1537	0.996	0.089	99.9
3.42-3.57	5.275	0.063	23.28	7939	1511	1505	0.997	0.07	99.6
3.57-3.75	5.236	0.049	28.91	7446	1424	1422	0.998	0.055	99.9
3.75-3.95	5.235	0.043	31.76	7120	1364	1360	0.998	0.048	99.7
3.95-4.19	5.226	0.038	35.57	6669	1282	1276	0.998	0.042	99.5
4.19-4.48	5.17	0.034	39.5	6313	1231	1221	0.999	0.038	99.2
4.48-4.84	5.134	0.031	42.17	5653	1108	1101	0.999	0.035	99.4
4.84-5.3	5.219	0.03	41.68	5423	1050	1039	0.999	0.034	99
5.3-5.93	5.209	0.031	41.27	4896	955	940	0.999	0.035	98.4
5.93-6.84	5.178	0.029	42.15	4329	849	836	0.999	0.032	98.5
6.84-8.38	5.167	0.025	46.48	3643	724	705	0.999	0.027	97.4
8.38-11.85	5.036	0.022	50.36	2800	574	556	0.999	0.025	96.9
11.85-49.2	4.505	0.025	48.69	1392	337	309	0.998	0.028	91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OI6

2oi6

解像度: 2.65→49.2 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2043	2009	7.66 %
R_work	0.1688	24230	-
obs	0.1715	26239	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 149.83 Å² / B_iso mean: 73.0274 Å² / B_iso min: 34.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.65→49.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3361	0	27	128	3516
B_iso mean	-	-	95.9	63.3	-
残基数	-	-	-	-	451

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3455
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.881	4704
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	547
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	629
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.55	1250

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.65-2.72	0.3562	130	0.3362	1762	1892	100
2.72-2.79	0.3606	159	0.2927	1692	1851	100
2.79-2.87	0.312	158	0.2666	1701	1859	100
2.87-2.96	0.2958	146	0.2337	1714	1860	100
2.96-3.07	0.2892	136	0.2326	1739	1875	100
3.07-3.19	0.2679	127	0.2251	1725	1852	100
3.19-3.34	0.2826	144	0.2262	1740	1884	100
3.34-3.51	0.2288	146	0.1902	1709	1855	100
3.52-3.73	0.1803	151	0.1519	1707	1858	100
3.73-4.02	0.1808	152	0.155	1725	1877	100
4.02-4.42	0.15	134	0.1335	1739	1873	99
4.43-5.07	0.1435	160	0.1169	1741	1901	99
5.07-6.37	0.2179	130	0.1615	1746	1876	99
6.38-49.2	0.178	136	0.1414	1790	1926	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1808	-1.7309	-2.6915	3.0427	3.0209	5.3021	0.0826	0.1892	0.1122	0.1692	-0.1398	-0.0709	0.2268	-0.325	0.0597	0.435	0.02	-0.0257	0.3955	-0.059	0.5979	-16.7316	17.8152	15.7037
2	4.4895	-1.4092	-0.1552	4.6777	1.8406	6.119	-0.033	0.1701	-0.2793	0.3934	-0.1075	0.3303	0.494	-0.1979	0.1386	0.3561	-0.0017	0.0477	0.2921	-0.023	0.4411	-21.2779	21.6133	23.9681
3	4.1902	1.0122	-0.6909	5.2347	0.2884	6.83	-0.0554	-0.3196	1.1092	0.2724	0.8001	-0.7417	0.1127	1.6661	-0.7152	0.5213	0.1047	-0.1388	0.7817	-0.1973	0.7868	-2.1125	27.5116	32.1113
4	5.1223	-0.9841	2.4244	5.9992	3.2596	6.4557	0.4617	-0.117	0.7383	-0.2291	0.5743	-1.1867	-0.597	1.4388	-1.0286	0.6715	-0.0972	0.1216	0.9545	-0.276	0.9262	0.7254	32.9226	29.0588
5	6.0261	-3.569	0.604	7.1556	2.6298	2.469	-0.2033	0.3215	0.574	-0.1013	-0.0913	-0.2649	-0.4742	0.5923	0.2965	0.6148	-0.0361	-0.0434	0.5311	-0.0468	0.6164	-17.388	35.8273	29.5314
6	0.6258	-1.2707	-1.7761	4.2311	3.1643	1.1113	-0.235	-0.2236	0.0908	0.7012	0.4062	-0.4143	0.3005	0.3491	-0.1796	0.5076	0.087	-0.071	0.4957	-0.0469	0.465	-5.6947	18.8218	23.8687
7	2.9316	0.6872	0.2156	2.9275	-0.2294	2.8409	-0.1115	0.0587	-0.5948	-0.04	0.1097	0.6661	0.5673	-0.5172	0.0177	0.4369	-0.1183	-0.0106	0.4228	0.0132	0.6443	-12.1453	-13.07	4.9505
8	2.3341	0.1698	-0.427	1.5157	-0.1965	1.9011	-0.1221	0.5999	-0.8612	-0.5934	-0.0066	0.5256	0.7547	-0.8241	0.1525	1.0424	-0.4085	-0.3002	1.0735	-0.2415	1.3371	-25.3156	-25.3161	-15.5296

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 53 )	A	12 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 128 )	A	54 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 129 through 155 )	A	129 - 155
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 156 through 180 )	A	156 - 180
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 181 through 205 )	A	181 - 205
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 206 through 258 )	A	206 - 258
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 259 through 390 )	A	259 - 390
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 391 through 462 )	A	391 - 462

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)