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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cu8 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2 | ||||||
![]() | Ferritin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ferroxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() Iron uptake and transport / Neutrophil degranulation / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / defense response to Gram-positive bacterium / identical protein binding ...Iron uptake and transport / Neutrophil degranulation / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / defense response to Gram-positive bacterium / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.91 Å | ||||||
![]() | Malcolm, T.R. / Brown, H.G. / Hanssen, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Biochemical Characterization of Caenorhabditis elegans Ferritins 著者: Mubarak, S.M.M. / Malcolm, T.R. / Brown, H.G. / Hanssen, E. / Maher, M.J. / McColl, G. / Jameson, G.N.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 736.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 617.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 91.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 137.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26996MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19371.547 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ftn-2, CELE_D1037.3, D1037.3 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Homo 24-mer of Ferritin 2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 47.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 1.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 398769 / 対称性のタイプ: POINT |