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- PDB-8cu5: Crystal Structure of Putative Cyclophilin B from Brugia malayi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cu5
タイトルCrystal Structure of Putative Cyclophilin B from Brugia malayi
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / SSGCID / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / rotamase / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Brugia malayi (マレー糸状虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Putative Cyclophilin B from Brugia malayi
著者: DeBouver, N.D. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2022年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,29113
ポリマ－64,5343
非ポリマー75710
水9,458525
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7945
ポリマ－21,5111
非ポリマー2824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6693
ポリマ－21,5111
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8285
ポリマ－21,5111
非ポリマー3164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.220, 137.220, 143.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-492-

HOH

21B-606-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 21511.359 Da / 分子数: 3 / 断片: BrmaA.00538.a.B2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brugia malayi (マレー糸状虫) / 遺伝子: SM7 / プラスミド: BrmaA.00538.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6YNZ2, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: [Target: BrmaA.00538.a.B2.PD38321 - 20.5 mg/mL] [Barcode: 302391h9] [Pin: eko9-16] [Crystallization: sparse screen - JCSG+ H9 -100 mM Bis-Tris pH 5.5, 200 mM Lithium sulfate, 25% (w/v) PEG ...詳細: [Target: BrmaA.00538.a.B2.PD38321 - 20.5 mg/mL] [Barcode: 302391h9] [Pin: eko9-16] [Crystallization: sparse screen - JCSG+ H9 -100 mM Bis-Tris pH 5.5, 200 mM Lithium sulfate, 25% (w/v) PEG 3550, 14C, 0.4:0.4 drop ratio] [Cryo: 15% EG]

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月1日 / 詳細: hybrid photon counting
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→48.51 Å / Num. obs: 58246 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.503 % / Biso Wilson estimate: 27.75 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 31.91 / Num. measured all: 553484 / Scaling rejects: 168
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.99.480.6083.940108423242310.9310.643100
1.9-1.959.4160.4815.1939133416141560.9570.50999.9
1.95-2.019.4680.3516.6238211403740360.9770.371100
2.01-2.079.7460.2868.3838204392039200.9830.302100
2.07-2.149.7030.20411.3136938380938070.9910.21699.9
2.14-2.219.3980.1561434671369036890.9950.165100
2.21-2.299.4340.13617.1233435355035440.9960.14499.8
2.29-2.399.5910.11119.6432994344034400.9970.118100
2.39-2.499.7120.09223.3631983329332930.9980.097100
2.49-2.629.9060.07827.4331293315931590.9980.082100
2.62-2.769.5270.0635.0728648300730070.9990.063100
2.76-2.939.3430.04840.7126618284928490.9990.051100
2.93-3.139.5360.03851.71256152687268610.04100
3.13-3.389.5810.0364.56240002505250510.031100
3.38-3.79.5330.02577.45220872317231710.026100
3.7-4.148.9650.02380.62190062120212010.024100
4.14-4.789.3010.01992.06173841869186910.02100
4.78-5.859.6270.01990.23154131601160110.02100
5.85-8.279.0130.01888.84114291268126810.019100
8.27-48.518.430.01497.06631475774910.01598.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FRU

4fru


解像度: 1.85→48.51 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1964 2023 3.48 %
Rwork0.1701 56192 -
obs0.1711 58215 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.05 Å2 / Biso mean: 35.5165 Å2 / Biso min: 17.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→48.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4236 0 44 533 4813
Biso mean--41.72 40.93 -
残基数----549
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.85-1.90.34151180.28439644082
1.9-1.950.26951210.246139984119
1.95-20.22111390.195839734112
2-2.070.21031340.172439724106
2.07-2.140.19631600.163439494109
2.14-2.230.22281250.17140114136
2.23-2.330.23421210.186539924113
2.33-2.450.22021360.192940134149
2.45-2.610.2171470.189439854132
2.61-2.810.24231590.185339984157
2.81-3.090.19951410.187140314172
3.09-3.540.18981840.160340074191
3.54-4.460.16571670.13440684235
4.46-48.510.1691710.158542314402
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.91954.2722-1.54817.5451-2.50742.35610.08720.00620.11120.17640.03860.15110.10010.055-0.16830.23360.0332-0.01390.205-0.04090.1079-19.9128-20.536125.3283
25.7414.12561.39854.3361.80172.6078-0.1068-0.0374-0.023-0.0869-0.08280.05330.14280.00290.1980.23010.0641-0.01370.1125-0.00080.1232-20.791-22.61320.6137
36.729-2.6865-1.03282.7677-0.16171.9403-0.1432-0.01220.2398-0.14160.0963-0.0502-0.03480.09410.03870.2321-0.0143-0.01660.17-0.03450.1547-21.3565-11.978316.0207
44.04773.2022-0.02222.9106-0.78843.021-0.48240.6140.2238-1.37680.41170.4937-0.31220.18550.07480.55330.0137-0.02540.31980.02210.2516-23.0635-17.58646.2469
52.3478-0.35510.30022.73280.01451.89390.01030.01070.0066-0.1608-0.10480.4010.0626-0.22390.08250.25230.0139-0.0360.2041-0.05220.2087-32.3676-17.875619.2455
62.4078-0.73470.8794.627-4.34295.285-0.1855-0.09340.35130.1548-0.0539-0.2114-0.29180.03590.20630.2790.0034-0.06670.2037-0.07310.3377-21.4244-2.292322.5068
72.92390.5477-0.1563.3754-1.02120.58730.0619-0.3264-0.18980.2734-0.0637-0.15060.02270.061-0.01460.32680.0015-0.04420.2451-0.04150.1121-20.7541-22.385427.2655
84.2751-1.9779-0.95843.5114.0426.1556-0.1009-0.0668-0.05150.2315-0.0530.38450.18230.05720.0990.1694-0.02210.01260.16750.03280.1771-8.4994-13.691838.7326
92.56661.80461.44735.78973.29513.73490.09150.01730.0149-0.0923-0.15660.0283-0.05210.02730.06070.19150.0068-0.02270.18320.04190.1886-2.8392-11.747338.6361
103.16352.3356-2.23767.4374-5.16554.87840.1471-0.0802-0.3351-0.0646-0.2805-0.31760.12590.34050.15730.1654-0.0182-0.04040.2239-0.01840.24761.5933-22.44339.4633
113.56172.27612.0696.32942.26864.25470.20260.1883-0.25480.00630.0224-1.09530.30570.3411-0.26990.19280.0307-0.01570.30750.05820.39611.392-16.924141.1517
122.00820.24770.2192.5313-0.14731.42370.0988-0.2876-0.12580.3245-0.1042-0.1706-0.00430.04310.00370.2132-0.0356-0.03740.22020.03290.2085-1.8952-16.359950.2256
134.7988-5.9730.5188.5007-1.68063.02280.06290.0338-0.2843-0.147-0.01550.11080.37060.007-0.04070.2627-0.0403-0.05760.2017-0.05580.3193-4.6596-31.79639.6957
142.4519-1.426-1.48994.72880.84843.68370.1129-0.01160.0153-0.1549-0.10840.2244-0.1457-0.1310.00050.0758-0.0386-0.08390.1823-0.03470.1802-9.341-12.09738.2596
152.33890.7979-1.38276.9216-1.41775.8779-0.2395-0.81520.8271-0.3344-0.06750.9250.0998-0.90880.32090.26710.0898-0.0160.7406-0.39130.6244-42.885313.481838.3291
163.3226-1.3988-0.00873.91131.15010.5131-0.111-1.12230.7875-0.0248-0.09290.2774-0.0532-0.23110.11430.33320.0577-0.03040.5501-0.29930.5074-37.790112.434741.1847
170.90650.6670.66285.10453.66766.6957-0.0591-0.31910.8116-0.3086-0.2220.0849-0.34720.01340.33590.20310.0441-0.05020.3136-0.16730.5274-32.994912.403230.175
182.1348-0.26210.58493.69163.56013.7648-0.10720.18061.5731-0.46310.3461-1.4483-0.63611.8553-0.03770.4289-0.07370.10630.7177-0.14440.7343-23.592612.826129.5108
195.9224.39180.06519.1345-3.89176.2793-0.4923-0.66220.1016-0.07630.2045-1.07450.1570.66850.31290.30110.0809-0.04150.585-0.19450.4824-23.58967.326441.5814
209.4744-1.92273.77265.68370.43065.94040.0185-1.004-0.20.4353-0.07530.32450.5736-0.57850.10440.3263-0.02770.05790.4696-0.1350.3059-38.9234-0.125738.3667
210.1677-0.1545-0.14163.82891.20073.7503-0.0051-0.48940.04530.2687-0.13790.25340.184-0.02540.12340.23910.03380.01380.3492-0.09990.3211-36.0912.170233.7514
226.9665-4.325-6.47517.16563.78829.14770.32240.48240.6156-0.6274-0.34440.1279-0.7456-0.84040.11040.39910.1007-0.15130.3243-0.10240.4543-38.916113.328220.5401
230.98760.1209-1.14464.13791.88282.6953-0.063-0.62840.8480.2967-0.15810.9078-0.1657-0.5920.1370.31010.086-0.01380.759-0.29580.7556-44.38413.144840.4166
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 38 )A21 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 65 )A39 - 65
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 66 through 88 )A66 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 89 through 108 )A89 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 109 through 159 )A109 - 159
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 160 through 180 )A160 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 181 through 203 )A181 - 203
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 21 through 38 )B21 - 38
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 39 through 65 )B39 - 65
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 66 through 88 )B66 - 88
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 89 through 108 )B89 - 108
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 109 through 159 )B109 - 159
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 160 through 180 )B160 - 180
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 181 through 203 )B181 - 203
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 21 through 38 )C21 - 38
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 39 through 65 )C39 - 65
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 66 through 88 )C66 - 88
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 89 through 98 )C89 - 98
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 99 through 108 )C99 - 108
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 109 through 124 )C109 - 124
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 125 through 159 )C125 - 159
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 160 through 180 )C160 - 180
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 181 through 203 )C181 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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