PDB-8ctm: Crystal structure of the nucleoside hydrolase from Leishmania don...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ctm

タイトル

Crystal structure of the nucleoside hydrolase from Leishmania donovani.

要素

Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

キーワード

HYDROLASE / ALPHA/BETA FOLD / LEISHMANIA

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleosidase / uridine nucleosidase activity / : / purine nucleosidase activity / nucleobase-containing compound metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Chen, Y. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the nucleoside hydrolase from Leishmania donovani.
著者: Chen, Y. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.

履歴

登録	2022年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ctm.cif.gz	473.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ctm.ent.gz	387.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ctm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ctm_validation.pdf.gz	492.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ctm_full_validation.pdf.gz	505.3 KB	表示
XML形式データ	8ctm_validation.xml.gz	53 KB	表示
CIF形式データ	8ctm_validation.cif.gz	77.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/8ctm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/8ctm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ezrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

B: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

C: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

D: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.221, 79.111, 107.621
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein / Nonspecific nucleoside hydrolase / ...Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein / Nonspecific nucleoside hydrolase / Nonspecific_nucleoside_hydrolase/GeneDB:LmjF.18.1 580 / Nucleoside hydrolase 分子量: 34278.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) 遺伝子: iunh, CGC20_39000, CGC21_5445, LdCL_180021000, LDHU3_18.2000 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WQX2, purine nucleosidase

#1: タンパク質

Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein / Nonspecific nucleoside hydrolase / ...

分子量: 34278.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
遺伝子: iunh, CGC20_39000, CGC21_5445, LdCL_180021000, LDHU3_18.2000
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WQX2, purine nucleosidase

-
非ポリマー , 6種, 857分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 841 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 15% PEG 3350 0.1 M MES saturated hypoxanthine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日
放射	モノクロメーター: Si(1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 263968 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.97 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 1.73→1.76 Å / R_merge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 6560 / CC_1/2: 0.82 / R_pim(I) all: 0.264 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.1_4122: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ezr

1ezr

解像度: 1.73→25.87 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 20.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2071	8534	4.96 %
R_work	0.1739	-	-
obs	0.1756	171940	62.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→25.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9351	0	81	841	10273

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	9693
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.325	13226
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.809	1363
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	1584
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1686

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.73-1.75	0.2924	146	0.2233	2959	X-RAY DIFFRACTION	34
1.75-1.77	0.2651	195	0.2153	3240	X-RAY DIFFRACTION	38
1.77-1.79	0.2462	174	0.2011	3316	X-RAY DIFFRACTION	37
1.79-1.81	0.2399	169	0.1963	3059	X-RAY DIFFRACTION	35
1.81-1.84	0.2326	203	0.2022	3617	X-RAY DIFFRACTION	41
1.84-1.86	0.2617	231	0.1947	4000	X-RAY DIFFRACTION	46
1.86-1.89	0.2556	201	0.1916	4115	X-RAY DIFFRACTION	47
1.89-1.92	0.2414	194	0.1818	4166	X-RAY DIFFRACTION	47
1.92-1.95	0.2194	187	0.1925	4271	X-RAY DIFFRACTION	49
1.95-1.98	0.231	171	0.1962	4381	X-RAY DIFFRACTION	49
1.98-2.01	0.2555	261	0.1885	4306	X-RAY DIFFRACTION	49
2.01-2.05	0.2199	246	0.1811	4329	X-RAY DIFFRACTION	50
2.05-2.09	0.2197	223	0.1823	4503	X-RAY DIFFRACTION	51
2.09-2.13	0.2309	258	0.178	4486	X-RAY DIFFRACTION	52
2.13-2.18	0.235	230	0.1782	4472	X-RAY DIFFRACTION	51
2.18-2.23	0.2219	263	0.1806	5057	X-RAY DIFFRACTION	58
2.23-2.28	0.2101	277	0.1738	5641	X-RAY DIFFRACTION	64
2.28-2.35	0.2065	289	0.175	6116	X-RAY DIFFRACTION	69
2.35-2.42	0.2044	247	0.178	6569	X-RAY DIFFRACTION	74
2.42-2.49	0.2502	356	0.1803	7044	X-RAY DIFFRACTION	80
2.49-2.58	0.2336	372	0.182	7399	X-RAY DIFFRACTION	84
2.58-2.69	0.2155	354	0.1801	7501	X-RAY DIFFRACTION	85
2.69-2.81	0.2109	363	0.178	6752	X-RAY DIFFRACTION	77
2.81-2.95	0.229	390	0.1801	7586	X-RAY DIFFRACTION	86
2.96-3.14	0.2155	495	0.1817	7766	X-RAY DIFFRACTION	89
3.14-3.38	0.2076	418	0.18	7553	X-RAY DIFFRACTION	87
3.38-3.72	0.2107	406	0.1787	7305	X-RAY DIFFRACTION	83
3.72-4.26	0.1843	352	0.1591	6551	X-RAY DIFFRACTION	75
4.26-5.36	0.1742	377	0.1424	7722	X-RAY DIFFRACTION	87
5.36-25.87	0.1589	486	0.1608	7624	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0152	0.0077	0.0011	0.0049	-0.0071	0.0084	0.0307	0.0243	-0.0274	0.02	-0.0081	-0.0104	0.0151	-0.0233	-0	-0.0496	0.0222	0.0988	0.042	0.0108	-0.0675	8.5656	-18.8615	0.6247
2	0.0134	0.0106	-0.0055	0.0009	-0.0138	0.0007	0.0007	0.011	-0.0436	0.0499	-0.0744	-0.0799	-0.0226	0.0001	-0	-0.0973	-0.1446	0.071	-0.0972	0.1239	0.0387	46.2129	-13.6742	15.3629
3	0.0021	-0.0055	0.0064	0.0017	-0.0163	0.0033	-0.0782	0.0083	-0.0794	0.0145	-0.0587	-0.09	0.0043	0.0217	-0	0.0346	0.0457	-0.1372	-0.0364	0.1921	-0.0706	36.0989	-46.3995	42.3535
4	0.0057	0.0041	-0.0057	0.0082	-0.0038	0.0091	-0.0349	-0.0022	0.0602	0.054	0.014	0.1025	-0.0401	0.0027	0	0.0951	-0.0108	0.0419	0.0379	-0.0103	-0.0044	-1.9846	-32.8578	40.7897

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 2 through 313)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 2 through 314)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 2 through 313)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 2 through 313)

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