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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ct0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FAD reductase CtcQ from Kitasatospora aureofaciens in complex with FAD and NAD | ||||||
要素 | Flavin reductase (NADH)Flavin reductase (NADH) | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / Reductase (還元酵素) / Chlortetracycline (クロルテトラサイクリン) / FAD binding / Biosysthesis / Natural product (天然物化学) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Kitasatospora aureofaciens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Hou, C. / Tsodikov, O.V. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structures and complex formation of halogenase CtcP and FAD reductase CtcQ from the chlortetracycline biosynthetic pathway 著者: Hou, C. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ct0.cif.gz | 281.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ct0.ent.gz | 229.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ct0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/8ct0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/8ct0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7v0bC 7v0dC 4l82S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 20987.883 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The C-terminal sequence LEHHHHHH is a C-terminal tag artifact. The residues are not present in the structure due to disorder. 由来: (組換発現) Kitasatospora aureofaciens (バクテリア) 遺伝子: ctcQ, B6264_18520, HS99_0013300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S4S3E3, flavin reductase (NADH) |
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-非ポリマー , 5種, 263分子
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-NAD / | #5: 化合物 | ChemComp-NAI / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.6 M KH2PO4,0.6 M NaH2PO4, 0.1 M Tris pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 49072 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.568 / Num. unique obs: 2399 / CC1/2: 0.696 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4L82 解像度: 2.45→34.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.112 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.59 Å2 / Biso mean: 21.327 Å2 / Biso min: 2.94 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.45→34.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.513 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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