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- PDB-8ct0: Crystal structure of FAD reductase CtcQ from Kitasatospora aureof... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ct0
タイトルCrystal structure of FAD reductase CtcQ from Kitasatospora aureofaciens in complex with FAD and NAD
要素Flavin reductase (NADH)
キーワードFLAVOPROTEIN / Reductase / Chlortetracycline / FAD binding / Biosysthesis / Natural product
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin reductase (NADH) / flavin reductase (NADH) activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Flavin reductase (NADH)
類似検索 - 構成要素
生物種Kitasatospora aureofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Hou, C. / Tsodikov, O.V.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures and complex formation of halogenase CtcP and FAD reductase CtcQ from the chlortetracycline biosynthetic pathway
著者: Hou, C. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V.
履歴
登録2022年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin reductase (NADH)
B: Flavin reductase (NADH)
C: Flavin reductase (NADH)
D: Flavin reductase (NADH)
E: Flavin reductase (NADH)
F: Flavin reductase (NADH)
G: Flavin reductase (NADH)
H: Flavin reductase (NADH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,36936
ポリマ－167,9038
非ポリマー13,46628
水4,234235
1
A: Flavin reductase (NADH)
F: Flavin reductase (NADH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4039
ポリマ－41,9762
非ポリマー3,4277
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10290 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area13620 Å2
手法PISA
2
B: Flavin reductase (NADH)
H: Flavin reductase (NADH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2839
ポリマ－41,9762
非ポリマー3,3077
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10320 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area13740 Å2
手法PISA
3
C: Flavin reductase (NADH)
G: Flavin reductase (NADH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2819
ポリマ－41,9762
非ポリマー3,3057
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10360 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area13650 Å2
手法PISA
4
D: Flavin reductase (NADH)
E: Flavin reductase (NADH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4039
ポリマ－41,9762
非ポリマー3,4277
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10590 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area13540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.739, 123.598, 102.698
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Flavin reductase (NADH)


分子量: 20987.883 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The C-terminal sequence LEHHHHHH is a C-terminal tag artifact. The residues are not present in the structure due to disorder.
由来: (組換発現) Kitasatospora aureofaciens (バクテリア)
遺伝子: ctcQ, B6264_18520, HS99_0013300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S4S3E3, flavin reductase (NADH)

-
非ポリマー , 5種, 263分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.6 M KH2PO4,0.6 M NaH2PO4, 0.1 M Tris pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 49072 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.568 / Num. unique obs: 2399 / CC1/2: 0.696 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L82

4l82


解像度: 2.45→34.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.112 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2557 2512 5.1 %RANDOM
Rwork0.1935 ---
obs0.1967 46528 95.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.59 Å2 / Biso mean: 21.327 Å2 / Biso min: 2.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å20.63 Å2
2---1.36 Å2-0 Å2
3---2.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→34.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10011 0 847 235 11093
Biso mean--26.84 21.29 -
残基数----1378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01311155
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.01710205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3491.65215415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3291.5723506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.44951367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.50519.083447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.878151449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0081598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.21459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022299
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 178 -
Rwork0.249 2914 -
all-3092 -
obs--81.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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