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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cs8 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | [High G:C, High Vapor Diffusion] Self-Assembled 3D DNA Hexagonal Tensegrity Triangle | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | DNA / Tensegrity triangle / synthetic construct / self-assembly | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Lu, B. / Vecchioni, S. / Ohayon, Y.P. / Seeman, N.C. / Mao, C. / Sha, R. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Programmable 3D Hexagonal Geometry of DNA Tensegrity Triangles. 著者: Lu, B. / Woloszyn, K. / Ohayon, Y.P. / Yang, B. / Zhang, C. / Mao, C. / Seeman, N.C. / Vecchioni, S. / Sha, R. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 370 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 371.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8cs1C ![]() 8cs2C ![]() 8cs3C ![]() 8cs4C ![]() 8cs5C ![]() 8cs6C ![]() 8cs7C ![]() 8cymC ![]() 8cynC ![]() 8dagC ![]() 8dahC ![]() 8dcjC ![]() 7r96S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6563.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2083.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 1785.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 2368.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 10.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 88.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 800 mM Tris, 800 mM Acetic Acid, 20 mM EDTA / Temp details: 338-293 at 0.4/hr |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00743 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 6→64.96 Å / Num. obs: 1146 / % possible obs: 86.4 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 342.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 6→6.85 Å / Num. unique obs: 192 / CC1/2: 0.677 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7R96 解像度: 6→54.96 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 39.1215 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 578.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 6→54.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 6→54.96 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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