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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cs3 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | [CAG/TCG] Self-Assembled 3D DNA Hexagonal Tensegrity Triangle | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA / tensegrity triangle / synthetic construct / self-assembly | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.14 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Lu, B. / Vecchioni, S. / Ohayon, Y.P. / Seeman, N.C. / Mao, C. / Sha, R. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023 タイトル: Programmable 3D Hexagonal Geometry of DNA Tensegrity Triangles. 著者: Lu, B. / Woloszyn, K. / Ohayon, Y.P. / Yang, B. / Zhang, C. / Mao, C. / Seeman, N.C. / Vecchioni, S. / Sha, R. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cs3.cif.gz | 67.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cs3.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8cs3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cs3_validation.pdf.gz | 390 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cs3_full_validation.pdf.gz | 393.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8cs3_validation.xml.gz | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cs3_validation.cif.gz | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/8cs3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/8cs3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8cs1C 8cs2C 8cs4C 8cs5C 8cs6C 8cs7C 8cs8C 8cymC 8cynC 8dagC 8dahC 8dcjC 7r96S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6417.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2082.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 1536.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 2761.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 1.75 M ammonium sulfate, 120 mM Tris, 120 mM Acetic Acid, 6 mM EDTA Temp details: 338-293 at 0.4/hr |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.00743 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00743 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 5.14→63.45 Å / Num. obs: 1910 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 346.93 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 5.14→5.65 Å / Num. unique obs: 190 / CC1/2: 0.473 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7R96 解像度: 5.14→63.44 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 40.2073 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 459.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 5.14→63.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 5.14→63.44 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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