PDB-8crz: Crystal structure of alien DNA CTSZZPBSBSZPPBAG in a tetragonal l...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8crz

タイトル

Crystal structure of alien DNA CTSZZPBSBSZPPBAG in a tetragonal lattice

要素

DNA (5'-D(*CP*TP*(JSP)P*(1W5)P*(1W5)P*(1WA)P*(IGU)P*(JSP))-3')
DNA (5'-D(P*(IGU)P*(JSP)P*(1W5)P*(1WA)P*(1WA)P*(IGU)P*AP*G)-3')

キーワード

DNA / unnatural DNA / Alien DNA

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Georgiadis, M.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Visualizing "Alternative Isoinformational Engineered" DNA in A- and B-Forms at High Resolution.
著者: Hoshika, S. / Shukla, M.S. / Benner, S.A. / Georgiadis, M.M.

履歴

登録	2022年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2024年12月4日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8crz.cif.gz	23 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8crz.ent.gz	14.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8crz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8crz_validation.pdf.gz	384.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8crz_full_validation.pdf.gz	392.1 KB	表示
XML形式データ	8crz_validation.xml.gz	5.1 KB	表示
CIF形式データ	8crz_validation.cif.gz	6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/8crz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/8crz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cs0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*TP*(JSP)P*(1W5)P*(1W5)P*(1WA)P*(IGU)P*(JSP))-3')

B: DNA (5'-D(P*(IGU)P*(JSP)P*(1W5)P*(1WA)P*(1WA)P*(IGU)P*AP*G)-3')

5.04 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*CP*TP*(JSP)P*(1W5)P*(1W5)P*(1WA)P*(IGU)P*(JSP))-3')

B: DNA (5'-D(P*(IGU)P*(JSP)P*(1W5)P*(1WA)P*(1WA)P*(IGU)P*AP*G)-3')

A: DNA (5'-D(*CP*TP*(JSP)P*(1W5)P*(1W5)P*(1WA)P*(IGU)P*(JSP))-3')

B: DNA (5'-D(P*(IGU)P*(JSP)P*(1W5)P*(1WA)P*(1WA)P*(IGU)P*AP*G)-3')

登録者が定義した集合体
10.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.496, 46.496, 42.452
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPTP(JSP)P(1W5)P(1W5)P(1WA)P(IGU)P(JSP))-3') 分子量: 2481.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(P(IGU)P(JSP)P(1W5)P(1WA)P(1WA)P(IGU)PAPG)-3') 分子量: 2554.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.05 M HEPES, pH 7.0, 2.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97933 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→46.5 Å / Num. obs: 15095 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 14.59 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 34.2 / Num. measured all: 181739 / Scaling rejects: 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.2-1.22	12.8	0.209	9464	739	0.993	0.06	0.217	13.1	99.1
6.57-46.5	8.2	0.051	1002	122	0.996	0.019	0.055	42.6	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→20.794 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2	732	4.86 %
R_work	0.1845	14317	-
obs	0.1854	15049	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 41.65 Å² / B_iso mean: 17.771 Å² / B_iso min: 10.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.2→20.794 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	337	0	79	416
B_iso mean	-	-	-	26.56	-
残基数	-	-	-	-	16

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.2-1.2927	0.256	152	0.2245	2784	99
1.2927-1.4228	0.2236	125	0.2181	2827	100
1.4228-1.6286	0.2014	147	0.1963	2822	100
1.6286-2.0515	0.2047	138	0.1929	2883	100
2.0515-20.794	0.192	170	0.1729	3001	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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