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万見
- PDB-8crv: Crystal Structure of the Carbamate Kinase from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8crv
タイトルCrystal Structure of the Carbamate Kinase from Pseudomonas aeruginosa
要素Carbamate kinase
キーワードTRANSFERASE / Carbamate Kinase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamate kinase / carbamate kinase activity / L-arginine deiminase pathway / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbamate kinase / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / oxidanyl dihydrogen phosphate / Carbamate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kim, Y. / Skarina, T. / Mesa, N. / Stogios, P. / Savchenko, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Carbamate Kinase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Kim, Y. / Skarina, T. / Mesa, N. / Stogios, P. / Savchenko, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2022年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbamate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1229
ポリマ－33,4191
非ポリマー7028
水4,882271
1
A: Carbamate kinase
ヘテロ分子

A: Carbamate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,24318
ポリマ－66,8392
非ポリマー1,40516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area25950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.560, 56.560, 250.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-610-

HOH

21A-724-

HOH

31A-728-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Carbamate kinase


分子量: 33419.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: arcC, PA5173 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13982, carbamate kinase

-
非ポリマー , 5種, 279分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-OO9 / oxidanyl dihydrogen phosphate / ペルオキソりん酸


分子量: 113.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H3O5P
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 2 %(v/v) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→46.82 Å / Num. obs: 55145 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.1 % / Biso Wilson estimate: 24.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 1.469 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2654 / CC1/2: 0.623 / Rpim(I) all: 0.533 / Rrim(I) all: 1.566 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
xia2データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: swiss pro

解像度: 1.6→39.99 Å / SU ML: 0.174 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.3603
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1964 2755 5.01 %
Rwork0.1813 52239 -
obs0.1821 54994 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2341 0 38 271 2650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00532528
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80573442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0569382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008459
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3769958
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.630.33421280.33132519X-RAY DIFFRACTION98.77
1.63-1.660.28341480.27122529X-RAY DIFFRACTION99.7
1.66-1.690.30681320.25012557X-RAY DIFFRACTION99.96
1.69-1.720.22121080.21182574X-RAY DIFFRACTION99.93
1.72-1.760.2041280.19642597X-RAY DIFFRACTION99.96
1.76-1.80.18821250.1772557X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.850.21321280.17522580X-RAY DIFFRACTION99.89
1.85-1.90.19591280.18052607X-RAY DIFFRACTION99.93
1.9-1.950.20041320.18162594X-RAY DIFFRACTION99.96
1.95-2.020.20851390.17632580X-RAY DIFFRACTION99.93
2.02-2.090.20041110.17532598X-RAY DIFFRACTION99.93
2.09-2.170.19341420.16962598X-RAY DIFFRACTION99.93
2.17-2.270.16791410.17122583X-RAY DIFFRACTION99.89
2.27-2.390.19271620.17182579X-RAY DIFFRACTION99.96
2.39-2.540.23081470.17822609X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.740.2111440.19212638X-RAY DIFFRACTION99.96
2.74-3.010.22331440.19042648X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.450.20431380.19052675X-RAY DIFFRACTION100
3.45-4.340.14871450.16162744X-RAY DIFFRACTION100
4.34-39.990.19141850.17492873X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5495060589590.178610426879-0.1888114296430.618899981410.04811589129040.6642644023180.009040595892080.0673932214944-0.00261999455402-0.0549033732543-0.005809748254910.0824223801693-0.0198626328582-0.0549787880613-3.86443375765E-60.169501135585-0.000896338798781-0.02483110903380.1701249868020.01760175904670.172127214125-16.0217508177-6.45019992307-7.54542605642
20.353649149907-0.229670326249-0.05691868681360.339431884544-0.2034632253130.5095659497960.05920766569220.05603820161740.00631888655479-0.0533681909166-0.0716060975950.105682110508-0.0912386512199-0.0271134104665-8.95405255947E-60.2854323036730.00818771283099-0.02483552271580.1754717295450.01551915638570.212266033651-12.59701499323.93919961277-28.3571243899
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 217 )-1 - 2171 - 219
22chain 'A' and (resid 218 through 310 )218 - 310220 - 312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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