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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8crh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Candida auris dihydrofolate reductase complexed with NADPH and cycloguanil | ||||||
要素 | Dihydrofolate reductase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Dihydrofolate reductase candida auris NADPH cycloguanil | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | [Candida] auris (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kirkman, T.J. / Dias, M.V.B. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023 タイトル: Crystal structure of dihydrofolate reductase from the emerging pathogenic fungus Candida auris. 著者: Kirkman, T. / Sketcher, A. / de Morais Barroso, V. / Ishida, K. / Tosin, M. / Dias, M.V.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8crh.cif.gz | 217.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8crh.ent.gz | 173.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8crh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8crh_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8crh_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8crh_validation.xml.gz | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8crh_validation.cif.gz | 39.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/8crh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/8crh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zzxC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24047.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) [Candida] auris (菌類) / 遺伝子: QG37_02791 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L0P1H8 #2: 化合物 | ChemComp-VIL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M Lithium sulphate, 0.1 M Tris, 27.5% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→42.36 Å / Num. obs: 112746 / % possible obs: 96.97 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 16.11 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.01397 / Rrim(I) all: 0.05006 / Net I/σ(I): 19.59 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.346 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4086 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 9094 / CC1/2: 0.907 / CC star: 0.975 / Rpim(I) all: 0.2003 / Rrim(I) all: 0.458 / % possible all: 79.51 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→42.36 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→42.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -16.6136 Å / Origin y: 10.4312 Å / Origin z: 52.5382 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |