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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cra
タイトルStructure of the keratin-like domain of SEPALLATA3 and AGAMOUS from Arabidopsis thaliana
要素
  • Developmental protein SEPALLATA 3
  • Floral homeotic protein AGAMOUS
キーワードPLANT PROTEIN / MADS transcription factor / floral organ development / carpel development / tetramerization domain / heterotetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


specification of floral organ number / mucilage extrusion from seed coat / specification of floral organ identity / seed coat development / plant ovule development / flower development / cell fate specification / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cell differentiation / protein dimerization activity ...specification of floral organ number / mucilage extrusion from seed coat / specification of floral organ identity / seed coat development / plant ovule development / flower development / cell fate specification / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cell differentiation / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, K-box / K-box region / K-box domain profile. / : / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS
類似検索 - ドメイン・相同性
Developmental protein SEPALLATA 3 / Floral homeotic protein AGAMOUS
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zubieta, C. / Hugouvieux, V.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2024
タイトル: SEPALLATA-driven MADS transcription factor tetramerization is required for inner whorl floral organ development.
著者: Hugouvieux, V. / Blanc-Mathieu, R. / Janeau, A. / Paul, M. / Lucas, J. / Xu, X. / Ye, H. / Lai, X. / Le Hir, S. / Guillotin, A. / Galien, A. / Yan, W. / Nanao, M. / Kaufmann, K. / Parcy, F. / Zubieta, C.
履歴
登録2023年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Floral homeotic protein AGAMOUS
B: Floral homeotic protein AGAMOUS
C: Floral homeotic protein AGAMOUS
D: Floral homeotic protein AGAMOUS
E: Developmental protein SEPALLATA 3
F: Developmental protein SEPALLATA 3
G: Developmental protein SEPALLATA 3
H: Developmental protein SEPALLATA 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0078
ポリマ－91,0078
非ポリマー00
水2,072115
1
A: Floral homeotic protein AGAMOUS
B: Floral homeotic protein AGAMOUS
E: Developmental protein SEPALLATA 3
H: Developmental protein SEPALLATA 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5044
ポリマ－45,5044
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11710 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area23440 Å2
手法PISA
2
C: Floral homeotic protein AGAMOUS
D: Floral homeotic protein AGAMOUS
F: Developmental protein SEPALLATA 3
G: Developmental protein SEPALLATA 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5044
ポリマ－45,5044
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11490 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area23120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.335, 138.372, 180.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Floral homeotic protein AGAMOUS


分子量: 11307.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AG, At4g18960, F13C5.130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17839
#2: タンパク質
Developmental protein SEPALLATA 3 / Agamous-like MADS-box protein AGL9


分子量: 11443.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SEP3, AGL9, At1g24260, F3I6.19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O22456
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris, pH 8.0, 2M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→82 Å / Num. obs: 95018 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.45 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 6627 / CC1/2: 0.347 / Rrim(I) all: 1.63 / % possible all: 0.932

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 20.399 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27911 2417 4.9 %RANDOM
Rwork0.23669 ---
obs0.2388 46989 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.085 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å2-0 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6054 0 0 115 6169
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0126094
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0166115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3311.6518147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4651.57214021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3245728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.516574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.926101310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2923
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021451
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4035.6962939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4015.6962939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.58410.213658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.58410.213659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5786.3293155
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.5776.3293156
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.71111.4054490
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.99857.166882
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.98857.176869
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.402→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 178 -
Rwork0.348 3267 -
obs--95.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74910.32040.27280.20110.03930.19650.0695-0.03150.12730.078-0.02020.1405-0.05770.0163-0.04940.3362-0.09690.03640.0621-0.00280.143751.889741.1164176.6956
22.93970.37010.86790.27070.0520.27170.09470.234-0.12160.258-0.02730.0409-0.03720.0771-0.06740.2986-0.01280.11820.07980.05260.157520.868541.2408152.2904
30.15790.1017-0.06710.1765-0.08910.1854-0.1260.0462-0.0659-0.11470.14920.03450.08130.0489-0.02320.236-0.0575-0.03650.17120.01470.188339.0505-7.5317158.6184
41.05270.5372-0.15521.2302-0.31440.12450.16620.3311-0.082-0.0951-0.02510.13320.00880.0038-0.14110.2611-0.0571-0.09240.2603-0.02960.187833.981221.8126132.8922
50.858-0.18070.34490.0765-0.15960.67780.0512-0.0388-0.25330.04330.08110.062-0.2102-0.0873-0.13240.2463-0.0515-0.08180.11260.08050.152142.234322.9695172.7162
60.3185-0.1485-0.33971.2768-0.64570.9636-0.04370.0098-0.02580.05640.14070.1364-0.0107-0.031-0.0970.182-0.0833-0.03220.0999-0.02130.09446.483311.6253160.8005
70.16950.7501-0.3884.2146-0.8371.81170.12990.03580.13960.31250.00550.8888-0.3498-0.3215-0.13550.2179-0.0397-0.10360.12690.10230.377820.49725.3225138.649
82.92220.09580.7910.06620.30941.6783-0.13660.47440.31110.03060.03210.0164-0.02860.11210.10450.1503-0.00730.02380.12970.09830.135136.276551.4443152.2351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A97 - 192
2X-RAY DIFFRACTION2B97 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3C99 - 190
4X-RAY DIFFRACTION4D99 - 191
5X-RAY DIFFRACTION5E80 - 175
6X-RAY DIFFRACTION6F83 - 175
7X-RAY DIFFRACTION7G88 - 175
8X-RAY DIFFRACTION8H88 - 175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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