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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cr9 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of PcrV/Fab(30-B8) | ||||||
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![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibody T3SS Tip protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing ...type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / extracellular space / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
![]() | Yuan, B. / Simonis, A. / Marlovits, T.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Discovery of highly neutralizing human antibodies targeting Pseudomonas aeruginosa. 著者: Alexander Simonis / Christoph Kreer / Alexandra Albus / Katharina Rox / Biao Yuan / Dmitriy Holzmann / Joana A Wilms / Sylvia Zuber / Lisa Kottege / Sandra Winter / Meike Meyer / Kristin ...著者: Alexander Simonis / Christoph Kreer / Alexandra Albus / Katharina Rox / Biao Yuan / Dmitriy Holzmann / Joana A Wilms / Sylvia Zuber / Lisa Kottege / Sandra Winter / Meike Meyer / Kristin Schmitt / Henning Gruell / Sebastian J Theobald / Anna-Maria Hellmann / Christina Meyer / Meryem Seda Ercanoglu / Nina Cramer / Antje Munder / Michael Hallek / Gerd Fätkenheuer / Manuel Koch / Harald Seifert / Ernst Rietschel / Thomas C Marlovits / Silke van Koningsbruggen-Rietschel / Florian Klein / Jan Rybniker / ![]() 要旨: Drug-resistant Pseudomonas aeruginosa (PA) poses an emerging threat to human health with urgent need for alternative therapeutic approaches. Here, we deciphered the B cell and antibody response to ...Drug-resistant Pseudomonas aeruginosa (PA) poses an emerging threat to human health with urgent need for alternative therapeutic approaches. Here, we deciphered the B cell and antibody response to the virulence-associated type III secretion system (T3SS) in a cohort of patients chronically infected with PA. Single-cell analytics revealed a diverse B cell receptor repertoire directed against the T3SS needle-tip protein PcrV, enabling the production of monoclonal antibodies (mAbs) abrogating T3SS-mediated cytotoxicity. Mechanistic studies involving cryoelectron microscopy identified a surface-exposed C-terminal PcrV epitope as the target of highly neutralizing mAbs with broad activity against drug-resistant PA isolates. These anti-PcrV mAbs were as effective as treatment with conventional antibiotics in vivo. Our study reveals that chronically infected patients represent a source of neutralizing antibodies, which can be exploited as therapeutics against PA. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 223.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 175 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 16805MC ![]() 8crbC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23673.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23719.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 75538.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: PcrV-Fab(30-B8) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 1xPBS |
試料 | 濃度: 1.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Linux / タイプ: package |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 292189 / 対称性のタイプ: POINT |