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- PDB-8cr4: Crystal structure of recombinant LasBArtif from Pseudomonas aerug... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cr4
タイトルCrystal structure of recombinant LasBArtif from Pseudomonas aeruginosa AZPAE14816
要素Pro-elastase
キーワードHYDROLASE / LasB / Pseudomonas aeruginosa / recombinant
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.91 Å
データ登録者Kolling, D. / Koehnke, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Other government16GW0346 ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023
タイトル: Facile Production of the Pseudomonas aeruginosa Virulence Factor LasB in Escherichia coli for Structure-Based Drug Design.
著者: Kolling, D. / Haupenthal, J. / Hirsch, A.K.H. / Koehnke, J.
履歴
登録2023年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pro-elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5353
ポリマ－55,4301
非ポリマー1052
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.405, 40.464, 45.376
Angle α, β, γ (deg.)100.515, 98.608, 107.449
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Pro-elastase


分子量: 55429.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: lasB, PA14_16250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Lemo21 / 参照: UniProt: Q02RJ6
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M potassium chloride, 0.01 M magnesium chloride, 15% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.6888 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.91→43.54 Å / Num. obs: 340238 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 9.39 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 0.91→0.94 Å / Num. unique obs: 17196 / CC1/2: 0.601

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.91→21.77 Å / SU ML: 0.1077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.7142
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 16822 4.94 %
Rwork0.1945 323416 -
obs0.1951 340238 90.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.91→21.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2282 0 2 337 2621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01052345
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20143186
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0889322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0104427
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0001330
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.91-0.920.36475580.347710689X-RAY DIFFRACTION88.2
0.92-0.930.35235440.334410504X-RAY DIFFRACTION88.68
0.93-0.940.33575770.323110478X-RAY DIFFRACTION87.18
0.94-0.950.32995010.3210344X-RAY DIFFRACTION87.52
0.95-0.970.32145550.306910633X-RAY DIFFRACTION87.8
0.97-0.980.30855550.287610576X-RAY DIFFRACTION88.85
0.98-0.990.2895270.275210642X-RAY DIFFRACTION89.37
0.99-1.010.27835780.262310931X-RAY DIFFRACTION90.68
1.01-1.020.26125350.254210879X-RAY DIFFRACTION91.4
1.02-1.040.25274910.243510990X-RAY DIFFRACTION91.1
1.04-1.060.22575670.232911046X-RAY DIFFRACTION91.56
1.06-1.080.21926020.222110926X-RAY DIFFRACTION91.7
1.08-1.10.25935250.21810926X-RAY DIFFRACTION91.23
1.1-1.120.20935900.208210962X-RAY DIFFRACTION91.06
1.12-1.150.20735900.206810817X-RAY DIFFRACTION91.37
1.15-1.170.22345380.204510859X-RAY DIFFRACTION91.4
1.17-1.20.21476100.20310946X-RAY DIFFRACTION90.92
1.2-1.240.21145550.201610766X-RAY DIFFRACTION90.44
1.24-1.270.23215950.212210795X-RAY DIFFRACTION90.04
1.27-1.310.22615770.211410792X-RAY DIFFRACTION90.63
1.31-1.360.21116180.20710920X-RAY DIFFRACTION91.54
1.36-1.410.21065630.203111178X-RAY DIFFRACTION93.39
1.41-1.480.22136220.203311116X-RAY DIFFRACTION93.46
1.48-1.560.19116140.192711090X-RAY DIFFRACTION92.42
1.56-1.650.19536090.192710905X-RAY DIFFRACTION92.11
1.65-1.780.20065290.191910947X-RAY DIFFRACTION91.05
1.78-1.960.20485440.180510776X-RAY DIFFRACTION90.01
1.96-2.240.18245570.164610554X-RAY DIFFRACTION87.82
2.24-2.830.17735230.166310474X-RAY DIFFRACTION87.74
2.83-21.770.18064730.1719955X-RAY DIFFRACTION82.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.31291455253-3.113225216431.670740322553.52140814742-1.092916829691.51855167453-0.01111450552950.0641678260240.03188468555950.0516825099153-0.0044664639414-0.0677896061106-0.03880952317090.1170795529570.06368777594460.0811270828504-0.0183695467188-0.004157317115070.09115645065280.002755957700620.06658713336064.47890105662-9.90907014384-25.0669522732
21.416738560880.4292781903360.3296171066011.254475532830.2383670238861.60438077639-0.02119951889290.0674612108533-0.0995476548709-0.0131549704214-0.00965566703354-0.0575002405140.1627426014450.09842160969880.03193764715540.1035601176630.02015566658640.003200365913070.0922166570637-0.006133519193860.08226486909892.57568422841-23.9380563414-22.8184450472
30.839777560593-0.1916134223470.2983562130630.586830491576-0.03047650468881.94817836333-0.00895598446660.02620828532370.000755103573056-0.02199009036690.002411676774460.00118605362932-0.047937495670.1029922837460.01881973356070.063462668888-0.00457717269829-0.001977158919530.0543010507041-0.003078922777140.0611344420173-0.27593353687-15.3317795645-18.4427300808
40.9332061510660.537851594478-0.1941072257891.196755734430.4650853901270.777125177951-0.0004497685530130.0462716296695-0.00154432707632-0.01292472750040.02016404358980.1526006097570.0321864776855-0.111143693414-0.04750049547330.07225521232990.000533622393139-0.0001472372939360.0768604813773-0.006759200351090.0892613582396-9.95905151854-19.1289785299-21.0881627707
52.491220563860.255749157645-1.025485373610.929828658967-0.1350368892591.878640825050.0129722865720.033733706654-0.07252859023080.0139176669671-0.01193414799240.02457203979730.0939816877012-0.03920295662470.02039017817340.0805832657501-0.00324416938463-0.004165787079170.0550504499816-0.007388674379510.0690823542305-15.0602240477-17.1263859783-9.07788569402
63.877378383420.6462655975370.2075626605680.791172218758-0.117501718090.5492210946980.01856527388010.02249169020.07232610699010.0124677728756-0.0293942110919-0.0447272397499-0.001006737004370.02445739391070.002150584551030.066610334672-0.0003387144093560.001525360294220.0642757619345-0.001338368496260.0681682822688-11.197565227-9.05032243751-8.93924789828
71.004868480880.116523586854-0.2080110844440.9386921153250.9024996300561.149915463810.0805951921380.03801718962550.0046494633531-0.152677829914-0.0552647880101-0.0398252148124-0.0386404109906-0.15498301011-0.04693987372210.1157088611790.01123156147220.004424160936880.09309713416150.01725901367340.104783130467-10.4278037908-2.28797485296-19.2784350289
82.653788782960.750810936456-0.6991158927181.19634555391-0.3989989940672.048524119660.001508716734260.03030316426640.135313514169-0.0306966706363-0.02245685878590.0157727780673-0.1464390001650.03570679046480.03332411090350.07959639760530.00232291761451-0.01206142160180.08706230950960.0008828817307860.100556031876-25.1394225384-1.24699700534-12.3319343399
91.06067029974-0.1048583392610.6021259777170.7528310700772.80567121405E-51.35925146435-0.0356417737244-0.1165307424210.02727544421040.08781976270080.00939554619814-0.0235688718094-0.0141258668891-0.03551420462190.03104425348130.07793216100360.00240041694270.002150855695030.0729550695228-0.00859511950790.0634440211026-14.9440541436-6.60302972008-0.210940244969
103.96905665-1.499427680661.329587282261.33405010834-0.2154152898021.81485851307-0.213785904772-0.3864185273170.1536386648120.2019010278760.134812255806-0.0616515306431-0.15192203509-0.1283682667730.110819439980.1218280524630.0146141635304-0.006294828563810.108318916983-0.02323457865470.0887763953261-16.3461313075-0.3472194308425.07916586981
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 17 )1 - 171 - 17
22chain 'A' and (resid 18 through 61 )18 - 6118 - 61
33chain 'A' and (resid 62 through 91 )62 - 9162 - 91
44chain 'A' and (resid 92 through 134 )92 - 13492 - 134
55chain 'A' and (resid 135 through 156 )135 - 156135 - 156
66chain 'A' and (resid 157 through 179 )157 - 179157 - 179
77chain 'A' and (resid 180 through 199 )180 - 199180 - 199
88chain 'A' and (resid 200 through 221 )200 - 221200 - 221
99chain 'A' and (resid 222 through 278 )222 - 278222 - 278
1010chain 'A' and (resid 279 through 298 )279 - 298279 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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