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- PDB-8cr3: Crystal structure of recombinant LasB from Pseudomonas aeruginosa PAO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cr3
タイトルCrystal structure of recombinant LasB from Pseudomonas aeruginosa PAO1
要素Pro-elastase
キーワードHYDROLASE / LasB / Pseudomonas aeruginosa / recombinant
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudolysin / protein transport by the Sec complex / protein secretion by the type II secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif ...PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Kolling, D. / Koehnke, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government16GW0346
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023
タイトル: Facile Production of the Pseudomonas aeruginosa Virulence Factor LasB in Escherichia coli for Structure-Based Drug Design.
著者: Kolling, D. / Haupenthal, J. / Hirsch, A.K.H. / Koehnke, J.
履歴
登録2023年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pro-elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7783
ポリマ－55,6731
非ポリマー1052
水7,386410
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.542, 89.875, 41.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Pro-elastase


分子量: 55672.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: lasB, PA3724 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Lemo21 / 参照: UniProt: P14756
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium formate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.6888 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.116→44.938 Å / Num. obs: 190922 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 9.53 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.116→1.136 Å / Rmerge(I) obs: 0.565 / Num. unique obs: 5145 / CC1/2: 0.736 / Rpim(I) all: 0.38 / Rrim(I) all: 0.683

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.12→28.59 Å / SU ML: 0.0968 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 18.4889
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1701 9501 4.98 %
Rwork0.1618 181421 -
obs0.1622 190922 92.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→28.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2317 0 2 410 2729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00692379
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05053224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4434334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.12-1.130.25783060.28026030X-RAY DIFFRACTION92.11
1.13-1.140.26513170.26656129X-RAY DIFFRACTION92.84
1.14-1.160.28532840.25625990X-RAY DIFFRACTION92.13
1.16-1.170.26632760.25275981X-RAY DIFFRACTION91.05
1.17-1.190.25233050.24365985X-RAY DIFFRACTION89.72
1.19-1.20.24142870.2365863X-RAY DIFFRACTION89.1
1.2-1.220.24813310.23545989X-RAY DIFFRACTION91.63
1.22-1.240.24023610.22546101X-RAY DIFFRACTION94.14
1.24-1.260.23523490.22566123X-RAY DIFFRACTION93.73
1.26-1.280.24613550.2196260X-RAY DIFFRACTION94.99
1.28-1.30.22313080.20676285X-RAY DIFFRACTION95.94
1.3-1.320.19432940.19986265X-RAY DIFFRACTION95.42
1.32-1.350.19793170.19746313X-RAY DIFFRACTION95.6
1.35-1.380.1973780.18886213X-RAY DIFFRACTION94.98
1.38-1.410.20663550.19216180X-RAY DIFFRACTION94.92
1.41-1.440.19163390.17866220X-RAY DIFFRACTION95.06
1.44-1.480.20172940.17246246X-RAY DIFFRACTION94.52
1.48-1.520.1933030.16596093X-RAY DIFFRACTION93.3
1.52-1.560.16693350.15746128X-RAY DIFFRACTION92.86
1.56-1.610.17553560.15015971X-RAY DIFFRACTION91.95
1.61-1.670.17212810.14646008X-RAY DIFFRACTION90.88
1.67-1.730.16312690.14285812X-RAY DIFFRACTION88.14
1.73-1.810.14293590.14195976X-RAY DIFFRACTION92.09
1.81-1.910.14152640.13576205X-RAY DIFFRACTION93.44
1.91-2.030.13193020.12896126X-RAY DIFFRACTION92.72
2.03-2.180.13673190.12925955X-RAY DIFFRACTION90.93
2.19-2.40.15043190.12925982X-RAY DIFFRACTION91.37
2.4-2.750.13632920.13945518X-RAY DIFFRACTION83.84
2.75-3.470.14313490.14275691X-RAY DIFFRACTION87.75
3.47-28.590.15342970.14555783X-RAY DIFFRACTION88.06
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.31245144096-1.00702571647-1.101363967111.899106137740.6753715708191.93103934945-0.006574945025310.0130500239339-0.09329389503550.02406713044110.02970795220270.2173637044040.0229242948882-0.0925064992532-0.02407669290510.073792578955-0.010620313666-0.009156585787240.07356868130590.01012155883030.0871367354878-16.56025432386.77232015489-25.4302919988
20.423272389672-0.113225272643-0.1572220824760.77686492442-0.2669102937720.7498336355310.0119346977292-0.04845534907180.1828232651280.1617737800070.07796289700060.188651473101-0.107623449735-0.0589553262321-0.06463183094160.108872901080.01322289709190.01951151472550.09494842205960.0007297763702920.157120384452-14.869760386818.8862299577-17.3498424804
30.577882565698-0.0985049317621-0.01901722172980.459059849351-0.2794289651590.791572856474-0.0128154615399-0.02718446199430.02610751204960.02909278530240.04276725453280.05386717738820.0219714405493-0.0601433873362-0.03967414215410.08536239975160.0007010957767430.003348290241430.0719111369497-0.007727812964120.0826875558722-11.89132108178.58353724913-17.4687224233
40.1989418626920.0223580391810.09990313252020.600906484287-0.3773055099060.2999637444410.00345701255511-0.05638080574470.06809346715620.06441164830.0244087514615-0.0756923624534-0.06611367176710.0916747732648-0.02446503379830.0977762806770.00121792539954-0.007282158396190.112300782863-0.0244411838280.120065629178-2.1668181059813.7866988392-19.03685229
51.3896237057-0.2645124553090.7435335734570.519672502686-0.3169022951251.16252289504-0.075733144707-0.03172464364280.1266803569340.02637739711640.00662006997449-0.00943828841436-0.131835737064-0.02486892603230.04739568779630.102413904280.00228097838684-0.006855724029040.0873508581621-0.02092434425290.09829577998393.146084004645.33564182618-7.9456414276
61.863215035630.11236791890.3236777892590.4291068979890.1457050609080.382201204856-0.02720415548810.01568532584440.1072341521850.00237820548745-0.01852270708090.051128050306-0.000962159559838-0.03813170261340.04090040181640.07382422723930.001780093432520.002493086717990.0821536979843-0.00851984799080.0940498526349-0.644775492613-1.45216264464-12.1704339482
70.3837636449780.0678998128728-0.06847456763270.306193049306-0.1741611539550.1918177697570.01143289663280.0103025643358-0.046877131173-0.0232665774105-0.113320343311-0.0460844100958-0.08225236021310.04910737240840.07257494649510.1071484539580.00956967789581-0.003092896470670.1107485214980.0009348455045810.102727908509-1.8313001275-2.22872996273-24.6153036796
81.136855449510.170607129973-0.03531827785671.13016134267-0.3118043506251.08380759003-0.03049938781980.125546632992-0.0327097442285-0.0997297509640.0617861752895-0.02487613721330.0369852692871-0.0532876682561-0.02490896639150.07914308570185.73742736608E-50.001512456379930.101315306656-0.0009131145456980.086135452724813.3506067915-6.73991916134-18.8151500302
90.976329053816-0.03574450897210.01454094984710.6471601205740.2460734791440.476308326703-0.0111166545816-0.0718306624762-0.008864750163460.075822995792-0.00831362300020.02833118452840.0546359566119-0.02797425999230.02239945779020.0845594952558-0.004742542633890.002868163543850.0742521870540.001594657758240.0654297114942.58672572884-8.32853043464-5.66226795461
101.9661053732-0.346905752796-0.6354604249041.038770446160.1593574575670.774201382136-0.0793822357294-0.122937770819-0.182580217330.2151268508630.02004221704730.0591386364140.1262797635-0.00190323466460.08888317695880.142038951107-0.002347283594470.01199764229570.1007549161890.01335030683970.1020277356343.95583081126-16.4573034341-4.64480072544
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 17 )1 - 171 - 17
22chain 'A' and (resid 18 through 61 )18 - 6118 - 61
33chain 'A' and (resid 62 through 91 )62 - 9162 - 91
44chain 'A' and (resid 92 through 134 )92 - 13492 - 134
55chain 'A' and (resid 135 through 156 )135 - 156135 - 156
66chain 'A' and (resid 157 through 179 )157 - 179157 - 179
77chain 'A' and (resid 180 through 199 )180 - 199180 - 199
88chain 'A' and (resid 200 through 221 )200 - 221200 - 221
99chain 'A' and (resid 222 through 278 )222 - 278222 - 278
1010chain 'A' and (resid 279 through 298 )279 - 298279 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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