ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.8.0238精密化 | PDB_EXTRACT | 3.24 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | Aimless | | データスケーリング | SHELXCD | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→46.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.546 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2437 | 749 | 5.6 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2122 | - | - | - |
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obs | 0.2139 | 12602 | 98.3 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 225.37 Å2 / Biso mean: 59.479 Å2 / Biso min: 23.07 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -2.58 Å2 | -0 Å2 | 13.58 Å2 |
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2- | - | 55.68 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -53.1 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→46.14 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3004 | 0 | 0 | 0 | 3004 |
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残基数 | - | - | - | - | 372 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.01 | 0.013 | 3027 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.017 | 3006 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.674 | 1.638 | 4047 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.415 | 1.587 | 7017 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.755 | 5 | 370 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg36.325 | 23.963 | 164 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg22.59 | 15 | 664 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg19.528 | 15 | 20 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.078 | 0.2 | 414 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.007 | 0.02 | 3274 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.002 | 0.02 | 546 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.287 | 53 | - |
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Rwork | 0.257 | 944 | - |
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all | - | 997 | - |
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obs | - | - | 98.23 % |
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