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- PDB-8cqm: Broad-range phospholipase C from Listeria monocytogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cqm
タイトルBroad-range phospholipase C from Listeria monocytogenes
要素Phospholipase C
キーワードHYDROLASE / Zinc-binding / monomer / phospholipase / listeria / lipids / membrane / virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingomyelin phosphodiesterase activity / phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Zinc-dependent phospholipase C / Phospholipase C/D / Zinc dependent phospholipase C / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C signature. / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C domain profile. / Zinc dependent phospholipase C (alpha toxin) / Phospholipase C/P1 nuclease domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phospholipase C
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Petrisic, N. / Podobnik, M.
資金援助 スロベニア, 2件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyJ1-9174 スロベニア
Slovenian Research AgencyP1-0391 スロベニア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the unique molecular properties of broad-range phospholipase C from Listeria monocytogenes.
著者: Petrisic, N. / Adamek, M. / Kezar, A. / Hocevar, S.B. / Zagar, E. / Anderluh, G. / Podobnik, M.
履歴
登録2023年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase C
B: Phospholipase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9069
ポリマ－55,4332
非ポリマー4737
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.909, 82.922, 140.815
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 240 or resid 242))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 56 or resid 62 through 76 or resid 81 through 240 or resid 243))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11TRPTRPGLUGLUAA1 - 2381 - 238
d_12GOLGOLGOLGOLAC301
d_21TRPTRPHISHISBB1 - 561 - 56
d_22ASPASPASPASPBB62 - 7662 - 76
d_23PROPROGLUGLUBB81 - 23881 - 238
d_24GOLGOLGOLGOLBG301

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999740602322, -0.0160325812093, 0.0161766624587), (-0.0056483006806, 0.86260406833, 0.505848117521), (-0.0220641058726, 0.50562553104, -0.862470867677)40.6792805484, -1.11388910218, 101.182263453
2given(-0.990440588543, 0.0958133612972, -0.0992332623878), (0.0132984735231, 0.782368256569, 0.622674121603), (0.137297455072, 0.615402072559, -0.776163447942)41.0036256667, -2.93918882011, 91.6263007633

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase C / PLC / Lecithinase / Phosphatidylcholine cholinephosphohydrolase


分子量: 27716.740 Da / 分子数: 2 / 変異: C143S, C168S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: gene obtained from genomic isolate of L. monocytogenes
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: plcB, prtC, lmo0205 / プラスミド: pTYB21 / 詳細 (発現宿主): from NEB Impact system / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33378, phospholipase C
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.09 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 8K Na-citrate isopropanol, trimethylamine-N-oxide, phoscholine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1.26 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.26 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.94 Å / Num. obs: 53274 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 26.91 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 27.07
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 13.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.26 / Num. unique obs: 8615 / CC1/2: 0.934 / Rrim(I) all: 0.0657 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSXDSAPP 2.0データ削減
XDSXDSAPP 2.0データスケーリング
AutoSol1.19位相決定
Coot0.98モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→41.46 Å / SU ML: 0.2009 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 20.2414
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2089 1090 3.94 %
Rwork0.1744 26591 -
obs0.1758 27681 96.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3727 0 17 193 3937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00773841
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90615189
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05525
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066664
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.76651388
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.00221779466 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.090.25051290.18613077X-RAY DIFFRACTION91.11
2.09-2.20.20241340.17193229X-RAY DIFFRACTION95.57
2.2-2.340.29331230.2083064X-RAY DIFFRACTION90.57
2.34-2.520.26171360.18793329X-RAY DIFFRACTION97.96
2.52-2.770.2341350.19213358X-RAY DIFFRACTION98.78
2.77-3.170.24531410.18963437X-RAY DIFFRACTION99.64
3.17-40.18111410.16093439X-RAY DIFFRACTION99.39
4-41.460.16611510.1583658X-RAY DIFFRACTION99.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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