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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cqm | |||||||||
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タイトル | Broad-range phospholipase C from Listeria monocytogenes | |||||||||
要素 | Phospholipase C | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Zinc-binding / monomer / phospholipase / listeria / lipids / membrane / virulence factor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Listeria monocytogenes (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Petrisic, N. / Podobnik, M. | |||||||||
資金援助 | スロベニア, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis for the unique molecular properties of broad-range phospholipase C from Listeria monocytogenes. 著者: Petrisic, N. / Adamek, M. / Kezar, A. / Hocevar, S.B. / Zagar, E. / Anderluh, G. / Podobnik, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cqm.cif.gz | 113.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cqm.ent.gz | 84.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cqm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cqm_validation.pdf.gz | 447.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cqm_full_validation.pdf.gz | 450 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8cqm_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cqm_validation.cif.gz | 27.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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実験データセット #1 | データ参照: 10.51093/xrd-00127 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: ens_1
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27716.740 Da / 分子数: 2 / 変異: C143S, C168S / 由来タイプ: 組換発現 詳細: gene obtained from genomic isolate of L. monocytogenes 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: plcB, prtC, lmo0205 / プラスミド: pTYB21 / 詳細 (発現宿主): from NEB Impact system / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33378, phospholipase C #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | ChemComp-FE / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.09 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 8K Na-citrate isopropanol, trimethylamine-N-oxide, phoscholine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1.26 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.26 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46.94 Å / Num. obs: 53274 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 26.91 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 27.07 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 13.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.26 / Num. unique obs: 8615 / CC1/2: 0.934 / Rrim(I) all: 0.0657 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→41.46 Å / SU ML: 0.2009 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 20.2414 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→41.46 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.00221779466 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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