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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cqa
タイトルMycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase in complex with N-(4-(2,6-diamino-5-(cyclopropylethynyl)pyrimidin-4-yl)phenyl)acetamide
要素Dihydrofolate reductase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Dihydrofolate reductase Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性: / Chem-NDP / : / :
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kirkman, T.J. / Dias, M.V.B. / Coyne, A.G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Expansion of a series of pyrimidine derivatives utilising fragment-based merging leads to increased affinity to Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase (unpublished currently)
著者: Kirkman, T.J. / Dias, M.V.B. / Coyne, A.G.
履歴
登録2023年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,13313
ポリマ－35,3222
非ポリマー2,81111
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area15310 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)61.349, 72.058, 72.248
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 17660.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: E5M05_04710 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E0UVM8

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非ポリマー , 6種, 64分子

#2: 化合物 ChemComp-VF6 / ~{N}-[4-[2,6-bis(azanyl)-5-(2-cyclopropylethyl)pyrimidin-4-yl]phenyl]ethanamide


分子量: 311.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM CoCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.76 Å / Num. obs: 22315 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 283162
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Num. measured all: 40858 / Num. unique obs: 3215 / CC1/2: 0.834 / Rpim(I) all: 0.342 / Rrim(I) all: 1.234 / Net I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→46.76 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.06 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2756 1075 4.83 %
Rwork0.2067 --
obs0.2324 22260 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2488 0 176 53 2717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142732
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4783738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.193397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.090.40791260.37112605X-RAY DIFFRACTION95
2.09-2.20.3931030.36022648X-RAY DIFFRACTION96
2.2-2.340.38211260.36772610X-RAY DIFFRACTION95
2.34-2.520.37781310.32962602X-RAY DIFFRACTION95
2.52-2.770.38521410.30282650X-RAY DIFFRACTION95
2.77-3.170.33641370.25062619X-RAY DIFFRACTION95
3.17-40.30161540.20782662X-RAY DIFFRACTION94
4-46.760.26011540.15282792X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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