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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cqa | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase in complex with N-(4-(2,6-diamino-5-(cyclopropylethynyl)pyrimidin-4-yl)phenyl)acetamide | ||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Dihydrofolate reductase Mycobacterium tuberculosis | ||||||
機能・相同性 | : / Chem-NDP / : / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kirkman, T.J. / Dias, M.V.B. / Coyne, A.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Expansion of a series of pyrimidine derivatives utilising fragment-based merging leads to increased affinity to Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase (unpublished currently) 著者: Kirkman, T.J. / Dias, M.V.B. / Coyne, A.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8cq8C ![]() 8cq9C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 17660.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: E5M05_04710 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 64分子 ![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | 分子量: 311.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-MES / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM CoCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46.76 Å / Num. obs: 22315 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 283162 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Num. measured all: 40858 / Num. unique obs: 3215 / CC1/2: 0.834 / Rpim(I) all: 0.342 / Rrim(I) all: 1.234 / Net I/σ(I) obs: 2.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→46.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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