PDB-8cq3: Bifunctional chorismate mutase/cyclohexadienyl dehydratase from A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cq3

タイトル

Bifunctional chorismate mutase/cyclohexadienyl dehydratase from Aequoribacter fuscus

要素

chorismate mutase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / chorismate mutase / cyclohexadienyl dehydratase / chorismate mutase/cyclohexadienyl dehydratase / cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase / bifunctional chorismate mutase / bifunctional cyclohexadienyl dehydratase / bifunctional enzyme / shikimate pathway enzymes / metabolic enzymes / aromatic amino acid synthesis / protein crystal structure

機能・相同性

機能・相同性情報

chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequoribacter fuscus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Khatanbaatar, T. / Cordara, G. / Krengel, U.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Novel exported fusion enzymes with chorismate mutase and cyclohexadienyl dehydratase activity: Shikimate pathway enzymes teamed up in no man's land.
著者: Stocker, C. / Khatanbaatar, T. / Bressan, L. / Wurth-Roderer, K. / Cordara, G. / Krengel, U. / Kast, P.

履歴

登録	2023年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cq3.cif.gz	99.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cq3.ent.gz	71.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cq3_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cq3_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8cq3_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	8cq3_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cq3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cq4C 8cq6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: chorismate mutase

ヘテロ分子

48.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.419, 98.760, 55.336
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.519, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	chorismate mutase 分子量: 47854.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACT: acetate 由来: (組換発現) Aequoribacter fuscus (バクテリア) 遺伝子: EYZ66_08225 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KA29 / 参照: UniProt: A0A7Z2NRM1
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.4 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Bis-TRIS propane, pH=7.5 0.2 M Sodium acetate 20% w/v PEG 3350 5 mg/mL protein in 20 mM TRIS-HCl, pH=8, 150 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→52.5 Å / Num. obs: 33225 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.55→1.73 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2216 / CC_1/2: 0.529 / % possible all: 69.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0350	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→52.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 3.001 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.149

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2511	1578	4.749 %
R_work	0.1975	31647	-
all	0.2	-	-
obs	-	33225	61.729 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.704 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.358 Å²	-0 Å²	0.033 Å²
2-	-	-0.22 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.131 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→52.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3079	0	13	117	3209

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	3218
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3065
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.575	1.652	4377
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.518	1.575	7055
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.391	5	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.574	5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.873	10	558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.548	10	151
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.044	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3805
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	735
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2758
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.044	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.249	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.163	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.509	2.358	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.502	2.358	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.812	4.224	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.811	4.228	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.215	2.776	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.214	2.776	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.058	4.93	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.057	4.93	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.629	25.064	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.62	24.923	3569

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.318	10	0.245	151	X-RAY DIFFRACTION	4.0321
1.59-1.633	0.3	16	0.319	293	X-RAY DIFFRACTION	8.026
1.633-1.68	0.274	32	0.334	623	X-RAY DIFFRACTION	17.462
1.68-1.732	0.396	53	0.312	1102	X-RAY DIFFRACTION	31.25
1.732-1.788	0.342	55	0.281	1360	X-RAY DIFFRACTION	40.417
1.788-1.851	0.282	85	0.262	1626	X-RAY DIFFRACTION	49.8108
1.851-1.921	0.364	89	0.286	1946	X-RAY DIFFRACTION	60.9646
1.921-1.999	0.331	114	0.265	2231	X-RAY DIFFRACTION	74.634
1.999-2.088	0.304	116	0.258	2539	X-RAY DIFFRACTION	87.5371
2.088-2.19	0.304	149	0.23	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.2509
2.19-2.308	0.306	135	0.256	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.4645
2.308-2.447	0.249	90	0.215	2530	X-RAY DIFFRACTION	99.9237
2.447-2.616	0.278	134	0.194	2291	X-RAY DIFFRACTION	98.1384
2.616-2.825	0.317	52	0.203	1130	X-RAY DIFFRACTION	51.0583
2.825-3.094	0.256	117	0.192	1996	X-RAY DIFFRACTION	99.9054
3.094-3.457	0.229	96	0.167	1785	X-RAY DIFFRACTION	97.7143
3.457-3.989	0.185	64	0.147	1607	X-RAY DIFFRACTION	98.121
3.989-4.879	0.179	83	0.133	1335	X-RAY DIFFRACTION	100
4.879-6.87	0.266	43	0.174	1098	X-RAY DIFFRACTION	99.9124
6.87-52.47	0.167	45	0.163	587	X-RAY DIFFRACTION	99.3711

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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