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万見
- PDB-8cq1: Stem-Loop 4 of the 5'-UTR of the SARS-CoV2 genomic RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cq1
タイトルStem-Loop 4 of the 5'-UTR of the SARS-CoV2 genomic RNA
要素5_SL4
キーワードRNA / SARS-CoV2 / Stem-Loop
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法溶液NMR / na / torsion angle dynamics / molecular dynamics
データ登録者Duchardt-Ferner, E. / Voegele, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CRC902 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: High-resolution structure of stem-loop 4 from the 5'-UTR of SARS-CoV-2 solved by solution state NMR.
著者: Vogele, J. / Hymon, D. / Martins, J. / Ferner, J. / Jonker, H.R.A. / Hargrove, A.E. / Weigand, J.E. / Wacker, A. / Schwalbe, H. / Wohnert, J. / Duchardt-Ferner, E.
履歴
登録2023年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5_SL4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0741
ポリマ－14,0741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: RNA鎖 5_SL4


分子量: 14074.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-1H NOESY
181isotropic3NOESY[15N]-CPMG
1104isotropic2NOESY[15N]-CPMG
222isotropic73D 1H-13C NOESY aliphatic
242isotropic23D 13C,15N-filtered 1H-13C NOESY aromatic
132isotropic43D 1H-13C NOESY aromatic
253isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
263isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic
272isotropic23D 13C,15N-filtered 1H-13C NOESY aliphatic
1209isotropic72D 1H-1H NOESY
2114isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
2124isotropic63D 1H-13C NOESY aliphatic
1138isotropic31H,15N-IPAP-SOFAST-HMQC
1147anisotropic31H,15N-IPAP-SOFAST-HMQC
1158isotropic31H,13C-IPAP-HSQC
1167anisotropic31H,13C-IPAP-HSQC
1176isotropic31H,13C-IPAP-HSQC
1185anisotropic31H,13C-IPAP-HSQC
1211isotropic7lr HNN-COSY
1221isotropic3HNN-COSY
2233isotropic23D (H)CCH-TOCSY
2242isotropic23D (H)CCH-TOCSY
2252isotropic63D (H)CCH-TOCSY
2263isotropic63D (H)CCH-COSY
2272isotropic63D (H)CCH-COSY
1283isotropic33D (H)CNC
1292isotropic33D (H)CNC
1302isotropic32D Best-TROSY H(N)CO
2312isotropic82D H5(C5)C4

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution1500 uM [U-100% 15N] 5_SL4 RNA, 95% H2O/5% D2O15N_sample95% H2O/5% D2O
solution2500 uM [U-13C; U-15N]-Ura,Gua 5_SL4 RNA, 95% H2O/5% D2OG,U-13C,15N_sample95% H2O/5% D2O
solution3500 uM [U-13C; U-15N]-Ade,Cyt 5_SL4 RNA, 95% H2O/5% D2OA,C-13C,15N_sample95% H2O/5% D2O
solution4350 uM [U-13C; U-15N] 5_SL4sh RNA, 95% H2O/5% D2O5_SL4sh 13C,15N_sample95% H2O/5% D2Osequence GGCACUCGGCUGCAUGCUUAGUGCC
solution91.8 mM 5_SL4sh RNA, 95% H2O/5% D2O5_SL4sh unlabeled_sample95% H2O/5% D2Osequence GGCACUCGGCUGCAUGCUUAGUGCC
solution5200 uM [U-13C; U-15N]-Ade,Cyt 5_SL4 RNA, 11.6 mg/mL unlabeled Pf1 phage, 95% H2O/5% D2O5_SL4 A,C 13C,15N RDC95% H2O/5% D2O
solution7200 uM [U-13C; U-15N]-Gua,Ury 5_SL4 RNA, 11.6 uM unlabeled Pf1 phage, 95% H2O/5% D2O5_SL4 G,U 13C,15N RDC95% H2O/5% D2O
solution6200 uM [U-13C; U-15N]-Ade,Cyt 5_SL4 RNA, 95% H2O/5% D2O5_SL4 A,C 13C,15N RDC reference95% H2O/5% D2O
solution8200 uM [U-13C; U-15N]-Gua,Ura 5_SL4 RNA, 95% H2O/5% D2O5_SL4 G,U 13C,15N RDC reference95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uM5_SL4 RNA[U-100% 15N]1
500 uM5_SL4 RNA[U-13C; U-15N]-Ura,Gua2
500 uM5_SL4 RNA[U-13C; U-15N]-Ade,Cyt3
350 uM5_SL4sh RNA[U-13C; U-15N]4
1.8 mM5_SL4sh RNAnatural abundance9
200 uM5_SL4 RNA[U-13C; U-15N]-Ade,Cyt5
11.6 mg/mLPf1 phageunlabeled5
200 uM5_SL4 RNA[U-13C; U-15N]-Gua,Ury7
11.6 uMPf1 phageunlabeled7
200 uM5_SL4 RNA[U-13C; U-15N]-Ade,Cyt6
200 uM5_SL4 RNA[U-13C; U-15N]-Gua,Ura8
試料状態

詳細: 25 mM potassium phosphate buffer 50 mM potassium chloride / イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.2 / PH err: 0.05 / 圧: 1 bar

Conditions-ID温度 (K)
1283 K
2298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6001TCI-N cryogenic probe
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8002TCI-N cryogenic probe
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II8003TXO cryogenic probe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6004TCI-N cryogenic probe
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7005QCI-P cryogenic probe
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6006TCI-N cryoprobe prodigy
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9507TCI-N cryogenic probe
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO9008TCI-N cryogenic Probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化
手法ソフトェア番号詳細
na1
na3
torsion angle dynamics2
molecular dynamics4refinement in water
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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