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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cq0 | ||||||
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タイトル | Photorhabdus luminescens TcdA1 prepore-to-pore intermediate, K567W K2008W mutant | ||||||
要素 | TcdA1 | ||||||
キーワード | TOXIN / Bacterial toxin / Tc toxin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Photorhabdus luminescens (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Nganga, P.N. / Roderer, D. / Belyy, A. / Prumbaum, D. / Raunser, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Kinetics of the syringe-like injection mechanism of Tc toxins 著者: Nganga, P.N. / Folz, J. / Kucher, S. / Roderer, D. / Xu, Y. / Sitsel, O. / Belyy, A. / Prumbaum, D. / Assafa, T.E. / Kuehnemuth, R. / Dong, M. / Seidel, C. / Bordignon, E. / Raunser, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cq0.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cq0.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cq0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cq0_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cq0_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8cq0_validation.xml.gz | 253.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cq0_validation.cif.gz | 390 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cq0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16792MC 8cpzC 8cq2C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 285489.844 Da / 分子数: 5 / 変異: K567W K2008W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア) 遺伝子: tcdA, tcdA1 / プラスミド: Plasmid / 詳細 (発現宿主): pET19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIPL / 参照: UniProt: Q9RN43 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TcdA1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.5 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 RIPL / プラスミド: pET19 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 11.2 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 286 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 57 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 24611 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 936131 | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13356 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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