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- PDB-8cpq: Crystal structure of human protein disulfide isomerase PDIA6 domain b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cpq
タイトルCrystal structure of human protein disulfide isomerase PDIA6 domain b
要素Protein disulfide-isomerase A6
キーワードCHAPERONE / disulfide / isomerase / endoplasmatic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


protein disulfide-isomerase / endoplasmic reticulum chaperone complex / XBP1(S) activates chaperone genes / protein disulfide isomerase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein-disulfide reductase activity / response to endoplasmic reticulum stress / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / melanosome ...protein disulfide-isomerase / endoplasmic reticulum chaperone complex / XBP1(S) activates chaperone genes / protein disulfide isomerase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein-disulfide reductase activity / response to endoplasmic reticulum stress / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / melanosome / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Disulphide isomerase / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein disulfide-isomerase A6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Leder, A.L. / Hiller, S. / Maier, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human protein disulfide isomerase PDIA6 domain b
著者: Leder, A.L. / Jakob, R.P. / Maier, T. / Hiller, S.
履歴
登録2023年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein disulfide-isomerase A6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1951
ポリマ－19,1951
非ポリマー00
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8590 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)57.384, 96.855, 63.321
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Protein disulfide-isomerase A6 / Endoplasmic reticulum protein 5 / ER protein 5 / ERp5 / Protein disulfide isomerase P5 / ...Endoplasmic reticulum protein 5 / ER protein 5 / ERp5 / Protein disulfide isomerase P5 / Thioredoxin domain-containing protein 7


分子量: 19194.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDIA6, ERP5, P5, TXNDC7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15084, protein disulfide-isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.9M (NH4)2SO4, 0.1M Hepes 7.0, 1% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.37 Å / Num. obs: 16704 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1926 / Rpim(I) all: 0.0624 / Rrim(I) all: 0.2027 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 1.893 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1638 / CC1/2: 0.637 / CC star: 0.882 / Rpim(I) all: 0.6231 / Rrim(I) all: 1.995 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→49.37 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2115 867 5.19 %
Rwork0.1759 --
obs0.1779 16704 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1163 0 0 154 1317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7211626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.569716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.91280.34061310.26222578X-RAY DIFFRACTION100
1.9128-2.06050.26121120.20822656X-RAY DIFFRACTION100
2.0605-2.26780.23251550.17582597X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.5960.20641460.16062619X-RAY DIFFRACTION100
2.596-3.27060.21881460.16432650X-RAY DIFFRACTION100
3.2706-49.370.1811770.16662737X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.73390.93730.67480.68690.63582.2450.04730.37920.5315-0.0734-0.01910.0011-0.0013-0.6389-0.04720.18310.01980.0570.36180.0760.2458-26.5623-20.2638-6.0227
21.29910.03730.24611.6795-0.91753.3788-0.08850.19480.0434-0.14290.08680.0422-0.0534-0.11850.0460.1498-0.01710.01210.2119-0.00810.1665-15.3968-22.9537-5.0275
31.5391-1.04560.87083.4902-2.51562.666-0.1116-0.23690.06350.19790.19920.1069-0.1514-0.3139-0.07350.17140.01350.00460.22510.00280.1986-21.9194-23.712610.0694
41.0780.061-0.41680.7921-0.43591.33810.003-0.05180.07280.00730.03130.0663-0.1433-0.0101-0.02830.1729-0.0051-0.00620.1839-0.0080.1634-11.4938-20.39620.0473
53.7109-0.6425-0.29842.7466-1.36622.96930.0398-0.19330.30260.10070.00020.1121-0.69520.11860.00420.3753-0.014-0.00920.252-0.0470.241-14.5975-11.12258.3147
64.9117-1.95320.05771.1635-0.27590.2001-0.0682-0.43520.59790.08910.1016-0.4692-0.56030.0657-0.11430.32960.0122-0.01590.3-0.07910.2848-6.7814-8.6667-0.8588
72.99180.4277-1.56090.858-0.16042.5998-0.20470.0792-0.3844-0.14780.0295-0.0920.5567-0.02610.15820.23380.0115-0.00790.1764-0.01190.2261-15.2069-34.22961.1318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 51 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 52 through 73 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 74 through 118 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 119 through 136 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 137 through 145 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 146 through 166 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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