PDB-8cpk: Crystal structure of EtpA secretion domain from Enterotoxigenic E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cpk

タイトル

Crystal structure of EtpA secretion domain from Enterotoxigenic Escherichia coli

要素

EtpA

キーワード

CELL ADHESION / Adhesin

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic space / cell surface
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Ntui, C.M. / Schubert, W.D. / Fleckenstein, J.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: Structural and biophysical characterization of the secreted, beta-helical adhesin EtpA of Enterotoxigenic Escherichia coli.
著者: Ntui, C.M. / Fleckenstein, J.M. / Schubert, W.D.

履歴

登録	2023年3月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cpk.cif.gz	1013.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cpk.ent.gz	709.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cpk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cpk_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cpk_full_validation.pdf.gz	467.9 KB	表示
XML形式データ	8cpk_validation.xml.gz	60.9 KB	表示
CIF形式データ	8cpk_validation.cif.gz	87.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/8cpk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/8cpk	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: EtpA

B: EtpA

C: EtpA

D: EtpA

155 kDa, 4 ポリマー
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1

A: EtpA

登録者が定義した集合体
38.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: EtpA

登録者が定義した集合体
38.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: EtpA

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4

D: EtpA

登録者が定義した集合体
38.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	37.711, 64.188, 123.957
Angle α, β, γ (deg.)	91.610, 90.890, 90.020
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	EtpA 分子量: 38847.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: etpA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q29XT7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.27 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Na2 citrate pH 5.5, 20% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月31日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→64.1625 Å / Num. obs: 112100 / % possible obs: 96.99909 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 23.58 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.76→1.79 Å / Num. unique obs: 5450 / CC_1/2: 0.297

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→61.95 Å / SU ML: 0.2697 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.5364
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2401	5491	4.92 %
R_work	0.2001	106100	-
obs	0.2021	111591	96.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→61.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10877	0	0	702	11579

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11781
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7989	16064
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0621	1799
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	2209
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.6065	1856

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.78	0.3951	209	0.3629	3332	X-RAY DIFFRACTION	90.17
1.78-1.8	0.3719	201	0.3511	3389	X-RAY DIFFRACTION	93.37
1.8-1.82	0.3571	216	0.3211	3393	X-RAY DIFFRACTION	95.55
1.82-1.85	0.3869	179	0.3112	3461	X-RAY DIFFRACTION	96.14
1.85-1.87	0.3331	151	0.292	3603	X-RAY DIFFRACTION	96.08
1.87-1.9	0.3202	147	0.2747	3570	X-RAY DIFFRACTION	96.12
1.9-1.92	0.304	176	0.2651	3451	X-RAY DIFFRACTION	96.31
1.92-1.95	0.3141	185	0.2444	3551	X-RAY DIFFRACTION	96.21
1.95-1.98	0.273	218	0.2358	3500	X-RAY DIFFRACTION	96.15
1.98-2.01	0.2692	160	0.2334	3522	X-RAY DIFFRACTION	96.46
2.01-2.05	0.2956	159	0.2286	3494	X-RAY DIFFRACTION	96.54
2.05-2.09	0.2824	168	0.2177	3621	X-RAY DIFFRACTION	96.88
2.09-2.13	0.2388	172	0.2087	3531	X-RAY DIFFRACTION	96.89
2.13-2.17	0.2373	187	0.1991	3500	X-RAY DIFFRACTION	96.52
2.17-2.22	0.2749	183	0.1965	3601	X-RAY DIFFRACTION	96.9
2.22-2.27	0.2286	148	0.1927	3479	X-RAY DIFFRACTION	96.75
2.27-2.33	0.2523	147	0.1977	3636	X-RAY DIFFRACTION	97.15
2.33-2.39	0.2597	177	0.2003	3562	X-RAY DIFFRACTION	97.4
2.39-2.46	0.2698	195	0.2117	3490	X-RAY DIFFRACTION	97.1
2.46-2.54	0.2848	160	0.2167	3629	X-RAY DIFFRACTION	97.88
2.54-2.63	0.265	172	0.2005	3543	X-RAY DIFFRACTION	97.69
2.63-2.73	0.2594	198	0.2045	3600	X-RAY DIFFRACTION	98.01
2.73-2.86	0.2634	214	0.2017	3576	X-RAY DIFFRACTION	98.24
2.86-3.01	0.2122	211	0.192	3525	X-RAY DIFFRACTION	98.26
3.01-3.2	0.2213	230	0.1805	3574	X-RAY DIFFRACTION	98.02
3.2-3.44	0.2225	215	0.1734	3578	X-RAY DIFFRACTION	98.65
3.44-3.79	0.1869	154	0.1558	3644	X-RAY DIFFRACTION	98.67
3.79-4.34	0.1954	216	0.1569	3556	X-RAY DIFFRACTION	98.74
4.34-5.47	0.1876	171	0.1664	3601	X-RAY DIFFRACTION	98.05
5.47-61.95	0.2174	172	0.2247	3588	X-RAY DIFFRACTION	98.1

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.74776414471	0.00595331042171	0.335192989333	1.80305582914	-0.218228696216	2.02360586645	0.0110991062309	0.346320633875	-0.0621014263022	-0.112573133551	-0.0591413747331	-0.100557549448	-0.0557684914839	0.226145927815	0.0499206299521	0.204210362257	-0.0163184361572	0.00262198947727	0.269649375095	-0.0194371402847	0.173321331858	2.89473565602	2.00631633376	-17.1356184799
2	2.10707608806	-0.498440012227	-0.00237766240332	2.67639032739	-0.181402601117	1.95476178929	0.00902474351007	0.106386700346	-0.0915266734208	0.124315179797	-0.0108174965903	0.132515868478	0.0851468533316	0.000487480221495	1.47561174301E-5	0.121882147571	0.0051610736171	-0.0132696441889	0.146360684748	-0.010885951304	0.118701198649	-1.38781470382	-1.21953476883	-5.14285664015
3	3.57461264758	0.402077187988	0.390549417765	5.67117923044	-0.176715876593	2.57565349416	-0.0863901987652	0.145357617857	0.00856852654456	0.116931855902	-0.00651831488863	0.659849627863	0.111226362576	-0.347749114916	0.0784794990496	0.161292738891	-0.0359651204065	0.0246551747628	0.265732079399	-0.0379100847405	0.249656739543	-10.4278810353	-4.43779949968	0.777417371207
4	2.98264298322	0.136739690604	0.100711434617	3.17347463704	0.510062698469	2.59332911716	-0.0644048211493	0.0382015503606	-0.279636814313	-0.030737900271	-0.0088807599835	-0.0527120285348	0.416094037161	-0.0553945250876	0.0650913838019	0.209207617229	0.006025915283	0.000637740975728	0.154721807405	-0.00965428333518	0.12269691247	-1.30077333823	-5.12045252249	10.6136347955
5	3.03974449086	-0.314643679783	0.169864574978	5.97654863006	-0.0220223362345	3.407448536	-0.0249325225428	-0.0542715289823	0.0947529604822	0.170467458052	-0.0218313525869	0.488562462425	0.0538024795571	-0.4829027829	0.0637674384788	0.152016693775	-0.0229845580055	0.0169161509444	0.234004680939	-0.0159272040437	0.139208509173	-7.15057062918	1.49680978559	14.6710212865
6	1.71481331845	-0.338841234664	-0.0238338718959	4.22020078258	-0.0580476928861	2.79246541918	0.0270125711074	0.00635064059603	0.0169404127629	-0.0378901612868	-0.080994594087	0.22375020442	0.217941739261	-0.356163119852	0.0376167128465	0.165041999998	-0.01664334028	0.0143456951597	0.238289863812	-0.0179538283671	0.143782340731	-9.1616604744	1.16768546803	21.4801567117
7	2.74819040694	-0.240613629474	-0.113897785517	3.91525874392	-0.44523984274	2.65547959407	-0.0593837258091	-0.181631673122	0.093938680264	0.331549306205	0.0150550618695	-0.0422106789262	-0.0509991730794	-0.100855960398	0.0539230500231	0.223519742544	-0.00457668822169	-0.0101521438083	0.247107558769	-0.01428868563	0.128869508874	-6.52866688277	3.08764893268	29.4253964541
8	2.59802590244	1.25646087581	0.193849690006	9.6592324822	1.02348182812	2.61236524062	0.100108436828	0.0110184325803	-0.000918331296779	0.476464273124	-0.351248386743	0.23743978311	0.310546954433	-0.554637806218	0.192120080789	0.315780400894	-0.0129025017977	0.0608557388853	0.334618861115	-0.00483165965453	0.156173302676	-9.50445059465	-2.29145947056	34.2185731062
9	3.07571021801	0.352679704499	0.660376341272	3.71744702946	0.334566711897	3.64846427242	0.0664371575349	-0.641533394871	-0.128745793502	0.3662372821	-0.00309803445512	-0.058224241718	0.0243024252305	0.177533702886	-0.0418737169921	0.217644476514	-0.00880460180016	0.0260578187226	0.339996220759	-0.0255110122212	0.231220242358	-29.724755692	-6.56185631947	95.0335805479
10	1.87882395288	0.304983300922	-0.0539443363177	2.47168009127	0.364479523134	2.70860323121	0.106809227433	-0.173338584238	0.0837001558024	0.120161117313	-0.083685029032	0.0648233825596	0.0207692269991	0.105773059421	-0.017049704757	0.128326123329	-1.2849966767E-5	0.00180717798658	0.20016908845	0.00247449080387	0.13651052635	-27.1874159983	-4.02896857628	87.9304990062
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16	3.0545713985	0.356405344109	-0.0600209202344	4.37138338173	0.797585051464	3.23845486342	0.0231458846803	0.419930484225	-0.161704165122	-0.0924045562065	-0.0115020478672	-0.0653608463798	0.0949763127407	-0.329133155352	-0.0494917362226	0.181877433265	-0.00600909109724	0.00632343634311	0.229891083079	-0.00782886241965	0.136880425431	-11.6568069968	-7.93224944336	45.9264014019
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19	1.81694824329	0.766063271107	-1.43412434268	1.01902172662	-0.308476392412	3.81357659022	0.0659054804687	-0.319666607085	-0.00720450166712	0.170915935402	-0.117056249143	-0.142569150281	-0.0920133873633	0.558619322732	0.0319208922666	0.181337023024	0.00246114966173	-0.0317737313232	0.247823743701	0.00992864293896	0.2256810834	-28.6990080509	28.0275524133	24.9300183449
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22	1.55955601846	0.416763979972	-0.272485598591	3.32493411992	0.115573114274	4.111551341	-0.0232577743937	0.0644854995857	-0.038454346537	-0.14581020426	0.0121980380493	-0.0935288652439	0.155953116318	0.362613260073	-0.00580952619432	0.132098973719	0.0182607807815	-0.0155637980063	0.192238538173	-0.0326269434175	0.164263501223	1.59462907107	33.2438930828	53.0404164937

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -3 through 70 )	A	A	-3 - 70	1 - 74
2	2	chain 'A' and (resid 71 through 160 )	A	A	71 - 160	75 - 164
3	3	chain 'A' and (resid 161 through 191 )	A	A	161 - 191	165 - 195
4	4	chain 'A' and (resid 192 through 228 )	A	A	192 - 228	196 - 232
5	5	chain 'A' and (resid 229 through 256 )	A	A	229 - 256	233 - 260
6	6	chain 'A' and (resid 257 through 310 )	A	A	257 - 310	261 - 314
7	7	chain 'A' and (resid 311 through 359 )	A	A	311 - 359	315 - 363
8	8	chain 'A' and (resid 360 through 380 )	A	A	360 - 380	364 - 384
9	9	chain 'B' and (resid -2 through 25 )	B	B	-2 - 25	1 - 28
10	10	chain 'B' and (resid 26 through 70 )	B	B	26 - 70	29 - 73
11	11	chain 'B' and (resid 71 through 97 )	B	B	71 - 97	74 - 100
12	12	chain 'B' and (resid 98 through 160 )	B	B	98 - 160	101 - 163
13	13	chain 'B' and (resid 161 through 228 )	B	B	161 - 228	164 - 231
14	14	chain 'B' and (resid 229 through 276 )	B	B	229 - 276	232 - 279
15	15	chain 'B' and (resid 277 through 310 )	B	B	277 - 310	280 - 313
16	16	chain 'B' and (resid 311 through 359 )	B	B	311 - 359	314 - 362
17	17	chain 'B' and (resid 360 through 380 )	B	B	360 - 380	363 - 383
18	18	chain 'C' and (resid -2 through 191 )	C	C	-2 - 191	1 - 194
19	19	chain 'C' and (resid 192 through 380 )	C	C	192 - 380	195 - 383
20	20	chain 'D' and (resid -2 through 70 )	D	D	-2 - 70	1 - 73
21	21	chain 'D' and (resid 71 through 228 )	D	D	71 - 228	74 - 231
22	22	chain 'D' and (resid 229 through 380 )	D	D	229 - 380	232 - 383

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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