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万見
- PDB-8cpc: 3D electron diffraction structure of Hen Egg-White Lysozyme from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cpc
タイトル3D electron diffraction structure of Hen Egg-White Lysozyme from nano-crystals obtained by high pressure freezing and cryo-sectioning
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / nano-crystals
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法電子線結晶学 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Moriscot, C. / Schoehn, G. / Housset, D.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-INBS-0005-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EURE-0003 フランス
引用ジャーナル: Ultramicroscopy / 年: 2023
タイトル: High pressure freezing and cryo-sectioning can be used for protein structure determination by electron diffraction.
著者: Christine Moriscot / Guy Schoehn / Dominique Housset /
要旨: Electron diffraction of three-dimensional nanometer sized crystals has emerged since 2013 as an efficient technique to solve the structure of both small organic molecules and model proteins. However, ...Electron diffraction of three-dimensional nanometer sized crystals has emerged since 2013 as an efficient technique to solve the structure of both small organic molecules and model proteins. However, the major bottleneck of the technique when applied to protein samples is to produce nano-crystals that do not exceed 200 to 300 nm in at least one dimension and to deposit them on a grid while keeping the minimum amount of solvent around them. Since the presence of amorphous solvent around the crystal, necessary to preserve its integrity, increases the amount of diffuse scattering, thus degrading the signal-to noise ratio of the diffraction signal, other sample preparation strategies have been developed. One of them is the milling of thin crystal lamella using focused ion beam (FIB), which was successfully applied to several protein crystals. Here, we present a new approach that uses cryo-sectioning after high pressure freezing of dextran embedded protein crystals. 150 to 200 nm thick cryo-sections of hen egg white lysozyme tetragonal crystals where used for electron diffraction experiments. Complete diffraction data up to 2.9 Å resolution have been collected and the lysozyme structure has been solved by molecular replacement and refined against these data. Our data demonstrate that cryo-sectioning can preserve protein structure at high resolution and can be used as a new sample preparation technique for 3D electron diffraction experiments of protein crystals. The different orientations found in the crystal chips and their large number resulting from the cryo-sectioning make the latter an attractive approach as it combines advantages from both blotting approaches (number of crystals) and FIB-milling (controlled thickness and absence of solvent around the crystal).
履歴
登録2023年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3311
ポリマ－14,3311
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.887, 76.887, 37.761
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-204-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Monomer of Hen Egg-White Lysozyme / タイプ: COMPLEX / 詳細: Purchased / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
EM crystal formation詳細: Lysozyme (50 mg/ml) was mixed 1 to 1 to precipitant solution (100mM Na citrate pH 5.5 and 0.8 to 1.6 M NaCl). Crystals were grown by the hanging drop method at room temperature.
緩衝液pH: 5.5 / 詳細: 100 mM sodium citrate pH 5.5, 0.8-1.6 M NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
10.1 Msodium citrate1
21.2 Msodium chloride1
試料濃度: 50 mg/ml / 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES
染色タイプ: NONE
詳細: The blue dye (Brillant blue) is used to see the crystals during cryo-sectioning
染色剤: Brilliant blue
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
EM embedding詳細: 40% Dextran in phosphate buffer / Material: dextran
急速凍結凍結剤: NITROGEN
詳細: Freezing carried out at high pressure (210 MPa) and -196 C, using a Leica EM HPM100

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
詳細: Camera length used 730 mm and 1000 mm (corresponding to 1285 and 1825 mm calibrated values)
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 0 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0 nm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
最高温度: 106 K / 最低温度: 101 K
撮影平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 0.004 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER / Num. of diffraction images: 1408 / 撮影したグリッド数: 1
詳細: ASI Medipix3RX hybrid pixel detector used. Images were collected at 4 frames per second, in continuous rotation mode and 0.367 degrees per frames.
画像スキャンサンプリングサイズ: 55 µm / 横: 512 / 縦: 512
EM回折 シェル
解像度 (Å)IDEM diffraction stats-IDフーリエ空間範囲 (%)多重度構造因子数位相残差 (°)
2.91-54.371196.533.126400.001
2.91-2.992179.611.81560.001
EM回折 統計詳細: Phases obtained by Molecular Replacement, using PHASER and the 193L pdb entry as model.
フーリエ空間範囲: 96.5 % / 再高解像度: 2.91 Å / 測定した強度の数: 87489 / 構造因子数: 2640 / 位相誤差の除外基準: no phase error rejection / Rmerge: 61.1

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk / 日付: 2020-24-08
解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures
EMソフトウェアバージョン: 2.8.3 / カテゴリ: 分子置換
画像処理詳細: A flat-field correction was applied to all diffraction images with ImageJ before data processing with XDS.
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 76.89 Å / B: 76.89 Å / C: 37.76 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成手法: CRYSTALLOGRAPHY / 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
詳細: Diffraction data were processed with XDS and merged with XSCALE. The structure was solved by molecular replacement with PHASER 2.8.3 and refined with Refmac 5.8.0267, using electron atomic ...詳細: Diffraction data were processed with XDS and merged with XSCALE. The structure was solved by molecular replacement with PHASER 2.8.3 and refined with Refmac 5.8.0267, using electron atomic scattering factors (source electron used in Refmac).
対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER
精密化解像度: 2.91→54.367 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 25.859 / SU ML: 0.451 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.591 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2949 276 10.462 %
Rwork0.2048 2362 -
all0.214 --
obs-2638 96.418 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.961 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.063 Å20 Å20 Å2
2---0.063 Å20 Å2
3---0.125 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0050.0131034
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_other_d0.0010.014950
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg1.4891.6361402
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_other_deg1.2051.5952163
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg8.3685130
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg32.42820.31763
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg21.07715169
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_4_deg17.7841512
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.0590.2131
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0050.021222
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_other0.0010.02286
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_refined0.2250.2239
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbd_other0.1880.2947
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_refined0.1690.2489
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbtor_other0.0780.2497
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_refined0.1580.222
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbd_refined0.1170.27
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_other0.160.234
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_it2.1653.341517
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_other2.1023.324516
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_it3.7974.996645
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_other3.8195.012646
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_it1.8973.486517
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_other1.8753.483517
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_it3.415.177756
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_other3.4095.174756
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_lrange_it6.52437.4691198
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_lrange_other6.52137.5511199
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.91-2.9850.329180.3511360.3481950.6010.64878.97440.34
2.985-3.0660.388230.3451480.3511920.6760.72789.06250.319
3.066-3.1550.523180.2881570.3111870.5780.80393.58290.265
3.155-3.2520.241200.2831380.2771750.8320.84190.28570.242
3.252-3.3580.347170.2461570.2571740.8680.8751000.209
3.358-3.4750.353130.2151580.2231710.8320.9111000.177
3.475-3.6060.411170.2051420.231600.8780.90699.3750.182
3.606-3.7530.294210.2191440.2281650.8980.9211000.196
3.753-3.9190.146140.1941350.191500.950.93699.33330.169
3.919-4.1090.338140.1821320.1961460.9130.9431000.149
4.109-4.330.33480.1591310.1711400.9230.95899.28570.136
4.33-4.590.14140.1661200.1641340.9510.9621000.144
4.59-4.9050.228130.1311140.1421280.9530.96799.21880.111
4.905-5.2940.265150.1471040.1611190.940.9641000.11
5.294-5.7940.349100.171990.1841090.8840.9571000.135
5.794-6.4690.295100.164950.1741050.9220.9661000.131
6.469-7.4520.176110.193790.19900.950.9481000.158
7.452-9.0840.58940.193780.203820.7590.9621000.15
9.084-12.6720.293120.229570.242690.9460.961000.209
12.672-54.3670.11640.193380.188450.9560.97393.33330.156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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