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万見
- PDB-8cp6: Type six secretion system exported effector 5 (Tse5) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cp6
タイトルType six secretion system exported effector 5 (Tse5)
要素(Toxin protein Tse5) x 3
キーワードTOXIN / Pore-forming protein / P.aeruginosa / effector / Bacterial Rearrangement hot spot protein / ion channel / type VI secretion system
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type VI secretion system / toxin sequestering activity
類似検索 - 分子機能
RHS protein / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / Domain of unknown function DUF6531 / Domain of unknown function (DUF6531) / YD repeat / : / Rhs repeat-associated core
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin protein Tse5
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Gonzalez-Magana, A. / Tascon, I. / Ubarretxena-Belandia, I. / Albesa-Jove, D.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Other governmentIT1745-22
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2021-127816NB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural and functional insights into the delivery of a bacterial Rhs pore-forming toxin to the membrane.
著者: Amaia González-Magaña / Igor Tascón / Jon Altuna-Alvarez / María Queralt-Martín / Jake Colautti / Carmen Velázquez / Maialen Zabala / Jessica Rojas-Palomino / Marité Cárdenas / ...著者: Amaia González-Magaña / Igor Tascón / Jon Altuna-Alvarez / María Queralt-Martín / Jake Colautti / Carmen Velázquez / Maialen Zabala / Jessica Rojas-Palomino / Marité Cárdenas / Antonio Alcaraz / John C Whitney / Iban Ubarretxena-Belandia / David Albesa-Jové /
要旨: Bacterial competition is a significant driver of toxin polymorphism, which allows continual compensatory evolution between toxins and the resistance developed to overcome their activity. Bacterial ...Bacterial competition is a significant driver of toxin polymorphism, which allows continual compensatory evolution between toxins and the resistance developed to overcome their activity. Bacterial Rearrangement hot spot (Rhs) proteins represent a widespread example of toxin polymorphism. Here, we present the 2.45 Å cryo-electron microscopy structure of Tse5, an Rhs protein central to Pseudomonas aeruginosa type VI secretion system-mediated bacterial competition. This structural insight, coupled with an extensive array of biophysical and genetic investigations, unravels the multifaceted functional mechanisms of Tse5. The data suggest that interfacial Tse5-membrane binding delivers its encapsulated pore-forming toxin fragment to the target bacterial membrane, where it assembles pores that cause cell depolarisation and, ultimately, bacterial death.
履歴
登録2023年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin protein Tse5
B: Toxin protein Tse5
C: Toxin protein Tse5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,0193
ポリマ－149,0193
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area48510 Å2

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要素

#1: タンパク質 Toxin protein Tse5


分子量: 7456.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: tse5, PA2684 / プラスミド: pet29a / 詳細 (発現宿主): Kanamycin resistance / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo 21 / 参照: UniProt: Q9I0F4
#2: タンパク質 Toxin protein Tse5


分子量: 125970.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: tse5, PA2684 / プラスミド: pert29a / 詳細 (発現宿主): Kanamycin resistance / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo 21 / 参照: UniProt: Q9I0F4
#3: タンパク質 Toxin protein Tse5


分子量: 15592.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: tse5, PA2684 / プラスミド: pet29a / 詳細 (発現宿主): Kan resistance / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo 21 / 参照: UniProt: Q9I0F4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tse5 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: Pseudomonas aeruginosa type VI secretion system (T6SS) exported effector Tse5. The three chains result from the auto-cleavage of Tse5
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.146 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Pseudomonas (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Lemo 21
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris HClC4H11NO31
2150 mMNaClNaCl1
32 mMDTTC4H10O2S21
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 94 % / 凍結前の試料温度: 289 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
撮影平均露光時間: 10.84 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10244

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4粒子像選択
2EPU2.14画像取得
4cryoSPARC4CTF補正
7Coot0.9.8.91モデルフィッティング
9cryoSPARC4初期オイラー角割当
10cryoSPARC4最終オイラー角割当
11cryoSPARC4分類
12cryoSPARC4３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4866119
3次元再構成解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 323963 / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: Buccanner / Source name: Other / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0019105
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.38912338
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.6953377
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381249
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031678

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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