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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cp6 | |||||||||
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タイトル | Type six secretion system exported effector 5 (Tse5) | |||||||||
要素 | (Toxin protein Tse5) x 3 | |||||||||
キーワード | TOXIN / Pore-forming protein / P.aeruginosa / effector / Bacterial Rearrangement hot spot protein / ion channel / type VI secretion system | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Gonzalez-Magana, A. / Tascon, I. / Ubarretxena-Belandia, I. / Albesa-Jove, D. | |||||||||
資金援助 | スペイン, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural and functional insights into the delivery of a bacterial Rhs pore-forming toxin to the membrane. 著者: Amaia González-Magaña / Igor Tascón / Jon Altuna-Alvarez / María Queralt-Martín / Jake Colautti / Carmen Velázquez / Maialen Zabala / Jessica Rojas-Palomino / Marité Cárdenas / ...著者: Amaia González-Magaña / Igor Tascón / Jon Altuna-Alvarez / María Queralt-Martín / Jake Colautti / Carmen Velázquez / Maialen Zabala / Jessica Rojas-Palomino / Marité Cárdenas / Antonio Alcaraz / John C Whitney / Iban Ubarretxena-Belandia / David Albesa-Jové / 要旨: Bacterial competition is a significant driver of toxin polymorphism, which allows continual compensatory evolution between toxins and the resistance developed to overcome their activity. Bacterial ...Bacterial competition is a significant driver of toxin polymorphism, which allows continual compensatory evolution between toxins and the resistance developed to overcome their activity. Bacterial Rearrangement hot spot (Rhs) proteins represent a widespread example of toxin polymorphism. Here, we present the 2.45 Å cryo-electron microscopy structure of Tse5, an Rhs protein central to Pseudomonas aeruginosa type VI secretion system-mediated bacterial competition. This structural insight, coupled with an extensive array of biophysical and genetic investigations, unravels the multifaceted functional mechanisms of Tse5. The data suggest that interfacial Tse5-membrane binding delivers its encapsulated pore-forming toxin fragment to the target bacterial membrane, where it assembles pores that cause cell depolarisation and, ultimately, bacterial death. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cp6.cif.gz | 238 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cp6.ent.gz | 181 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cp6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cp6_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cp6_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8cp6_validation.xml.gz | 43 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cp6_validation.cif.gz | 63.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/8cp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/8cp6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16778MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7456.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: tse5, PA2684 / プラスミド: pet29a / 詳細 (発現宿主): Kanamycin resistance / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo 21 / 参照: UniProt: Q9I0F4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 125970.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: tse5, PA2684 / プラスミド: pert29a / 詳細 (発現宿主): Kanamycin resistance / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo 21 / 参照: UniProt: Q9I0F4 |
#3: タンパク質 | 分子量: 15592.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: tse5, PA2684 / プラスミド: pet29a / 詳細 (発現宿主): Kan resistance / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo 21 / 参照: UniProt: Q9I0F4 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tse5 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT 詳細: Pseudomonas aeruginosa type VI secretion system (T6SS) exported effector Tse5. The three chains result from the auto-cleavage of Tse5 Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.146 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas (バクテリア) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Lemo 21 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 94 % / 凍結前の試料温度: 289 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / アライメント法: COMA FREE |
撮影 | 平均露光時間: 10.84 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10244 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4866119 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 323963 / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: Buccanner / Source name: Other / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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