PDB-8cp4: [4Fe-4S] cluster containing LarE in complex with AMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cp4

タイトル

[4Fe-4S] cluster containing LarE in complex with AMP

要素

NAD_synthase domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / LAR / SULFUR TRANSFERASE / LARE / AMP / 4FE-4S / THIOLATION / [FE-S] CLUSTER / IRON-SULFUR CLUSTER / PP-LOOP / ATP PYROPHOSPHATASE / LACTATE / LACTATE RACEMIZATION

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfurtransferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanococcus maripaludis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.19 Å

データ登録者

Zecchin, P. / Pecqueur, L. / Golinelli-Pimpaneau, B.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Structure-based insights into the mechanism of [4Fe-4S]-dependent sulfur insertase LarE.
著者: Zecchin, P. / Pecqueur, L. / Oltmanns, J. / Velours, C. / Schunemann, V. / Fontecave, M. / Golinelli-Pimpaneau, B.

履歴

登録	2023年3月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_volume / _citation.year ..._citation.journal_volume / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cp4.cif.gz	891.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cp4.ent.gz	634.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cp4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/8cp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/8cp4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cnzC 8cp3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD_synthase domain-containing protein

B: NAD_synthase domain-containing protein

C: NAD_synthase domain-containing protein

D: NAD_synthase domain-containing protein

E: NAD_synthase domain-containing protein

F: NAD_synthase domain-containing protein

G: NAD_synthase domain-containing protein

ヘテロ分子

221 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD_synthase domain-containing protein

ヘテロ分子

A: NAD_synthase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS
63.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: NAD_synthase domain-containing protein

D: NAD_synthase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS
63.2 kDa, 2 ポリマー
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3

C: NAD_synthase domain-containing protein

E: NAD_synthase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS
63.1 kDa, 2 ポリマー
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4

F: NAD_synthase domain-containing protein

G: NAD_synthase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC-MALS
63.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	186.170, 212.690, 196.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 16 through 19 or (resid 20...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 16 through 140 or (resid 141...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 16 through 19 or (resid 20...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 16 through 19 or (resid 20...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 16 through 19 or (resid 20...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 16 through 19 or (resid 20...
d_7	ens_1	(chain "G" and (resid 16 through 19 or (resid 20...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	7 - 259	18 - 270
d_1	2	SF4	SF4	SF4	SF4	A	H	301
d_2	1	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	7 - 259	18 - 270
d_2	2	SF4	SF4	SF4	SF4	B	L	301
d_3	1	GLY	GLY	GLY	GLY	C	C	7 - 259	18 - 270
d_3	2	SF4	SF4	SF4	SF4	C	P	301
d_4	1	GLY	GLY	GLY	GLY	D	D	7 - 259	18 - 270
d_4	2	SF4	SF4	SF4	SF4	D	S	301
d_5	1	GLY	GLY	GLY	GLY	E	E	7 - 259	18 - 270
d_5	2	SF4	SF4	SF4	SF4	E	U	301
d_6	1	GLY	GLY	GLY	GLY	F	F	7 - 259	18 - 270
d_6	2	SF4	SF4	SF4	SF4	F	W	301
d_7	1	GLY	GLY	GLY	GLY	G	G	7 - 259	18 - 270
d_7	2	SF4	SF4	SF4	SF4	G	Y	301

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.975662095644, -0.203125240357, -0.0826051563341), (0.202341973317, 0.688799113522, 0.696141872785), (-0.0845056267765, -0.695913728806, 0.713135948541)	9.63232580667, 57.7478990509, 33.5560060856
2	given	(0.910913683542, -0.214403796041, -0.352515635651), (0.309822853397, -0.208794988347, 0.927585280367), (-0.272481303301, -0.954167524643, -0.123767016072)	-1.71666782253, 124.985760341, 6.5191783474
3	given	(-0.955828849485, -0.272128779967, 0.111072668131), (-0.258159904184, 0.596613202956, -0.759872456357), (0.140515744184, -0.754982525078, -0.640512851131)	21.6081048138, -12.1419428814, -32.2126215986
4	given	(-0.894959005678, -0.261596982655, 0.361407521812), (-0.290128963249, -0.274140798609, -0.916881675693), (0.338930026466, -0.925426302416, 0.169447915172)	35.2238253151, 35.7303060055, 20.0880712921
5	given	(0.866208333721, -0.107259913981, -0.488035278893), (0.128919987683, -0.895650564266, 0.425663838617), (-0.482765739637, -0.431631066517, -0.76199203608)	-17.0275040337, 144.7665127, -59.1827729578
6	given	(-0.859206107908, -0.0878281049192, 0.50403480844), (-0.126942497922, -0.917755246013, -0.376312251512), (0.495631381527, -0.387313222602, 0.777391793913)	31.4742455318, 105.582209048, 15.7067999632

#1: タンパク質	NAD_synthase domain-containing protein / LarE / ATP-dependent sacrificial sulfur transferase LarE / NAD_synthase domain-containing protein 分子量: 31161.916 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌) 遺伝子: MMP1239,larE / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LXV7
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 4.1 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % Glycerol Temp details: Crystallization under Anaerobic conditions (Jacomex Glove Box)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月10日 / 詳細: U20

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978565 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.19→47.87 Å / Num. obs: 64718 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 128.14 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 7.6

反射シェル

解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID	% possible all
9.42-47.87	25.26	2669	0.995	0.077	1	98
6.72-9.42	20.52	4512	0.997	0.087	1	100
5.51-6.72	13.11	5762	0.99	0.141	1	100
4.78-5.51	11.42	6753	0.988	0.159	1	100
4.28-4.78	9.57	7621	0.986	0.194	1	100
3.91-4.28	6.16	8385	0.97	0.3	1	100
3.62-3.91	3.36	9098	0.895	0.554	1	100
3.39-3.62	1.69	9752	0.704	1.07	1	100
3.19-3.39	0.77	10166	0.354	2.1	1	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE	Dec, 2020	データ収集
XDS	Dec, 2020	データ削減
XDS	Dec, 2020	データスケーリング
PHENIX	Jan 31, 2020	位相決定
PHENIX	Jan 31, 2020	モデル構築
PHENIX	1.20.1-4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.19→47.87 Å / SU ML: 0.5096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.821
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2525	3230	5 %
R_work	0.2164	61363	-
obs	0.2182	64593	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 140.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.19→47.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14441	0	90	4	14535

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0135	14747
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4633	19866
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1027	2280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0111	2508
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.732	1919

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.19776922246
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.24088096227
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.0072309169
ens_1	d_5	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.16396048401
ens_1	d_6	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.06361828998
ens_1	d_7	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.0785459414

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.19-3.24	0.4133	128	0.4282	2392	X-RAY DIFFRACTION	90.88
3.24-3.29	0.4398	141	0.4105	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.29-3.35	0.3801	139	0.3635	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.35-3.4	0.3442	139	0.3354	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.4-3.46	0.3453	140	0.3194	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.46-3.53	0.3301	139	0.3184	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.6	0.3712	140	0.3243	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.6-3.68	0.372	141	0.3277	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-3.77	0.3838	139	0.3009	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.77-3.86	0.333	141	0.28	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-3.97	0.2671	140	0.2413	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-4.08	0.2494	139	0.2282	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.08-4.21	0.2381	141	0.2227	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.36	0.2893	141	0.2178	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.36-4.54	0.2683	141	0.2206	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.54-4.75	0.2173	141	0.1852	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.75-5	0.232	141	0.191	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
5-5.31	0.2549	141	0.201	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
5.31-5.72	0.2382	141	0.1934	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
5.72-6.29	0.2468	143	0.2093	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
6.29-7.2	0.2489	144	0.214	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2-9.06	0.1887	144	0.1648	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.97
9.06-47.87	0.196	146	0.168	2820	X-RAY DIFFRACTION	98.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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25	2.15429170669	1.67820240663	-0.0468911068996	1.10012637478	0.354899494562	0.149596153402	-0.641990260297	0.758832445324	-0.102797584597	0.435496225918	-0.4483509166	-0.259749266866	-0.372768431984	0.392675970386	-0.0165890203548	1.70797999561	-0.439860104903	-0.68510774508	1.55282957247	0.841731401797	2.01007682498	32.317	96.365	-53.723
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30	0.533141870578	0.276379883706	-0.465775223846	0.201837813239	-0.275627993115	0.430064643545	-0.791442230344	-0.534038071605	0.124773551922	0.484691862262	0.745646367066	-0.192865259789	-0.15842104528	-0.153006562076	0.000318165434914	1.79276122557	0.710495055636	-0.394083330564	2.32798843042	-1.018262046	2.08140121847	-36.3	95.844	-11.704
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32	0.945856275714	-0.349501211166	0.43425714985	1.39662770915	-1.56812737955	1.38386551828	0.374602166432	-0.378016649689	0.605919920314	1.62377971976	-0.0610366017798	0.407207847053	-1.56655170426	0.111922736131	-0.00069516196738	2.05813236868	0.398989225078	-0.216656324381	2.07031641043	-0.786598036238	2.00665828766	-18.761	91.33	-6.882
33	1.37674417153	0.846134195847	0.659324627428	0.935865975025	0.231200876105	0.27728226041	-0.475855665757	0.38570557789	-0.564118493234	0.159295625928	-0.121626777264	0.499664984214	-0.389532624798	-1.00613013316	-0.00295609409212	1.49083666967	0.261367404181	-0.146116724247	1.5858037253	-0.711243796653	2.32473288307	-16.638	82.457	-21.63
34	1.51728503138	0.136802805933	-1.15099730317	0.777100453129	0.16251546024	1.09095437647	-0.378207590206	-0.770616970504	0.21342490489	0.288965202235	0.166920606114	0.546614031665	-0.696620421514	-0.0751977007533	0.00473407753493	1.8986351013	0.592844712659	-0.493907553458	2.08157774546	-0.801674515905	1.8860416279	-29.469	97.153	-20.132
35	0.236863718987	0.079332783931	-0.42056308213	0.561851558103	0.00410351174131	0.269883015283	-0.71574908761	-0.490515030767	-0.135945966259	0.860328311165	-0.0729964273018	0.567293945876	-0.780753887358	-0.532438878477	-0.00431184642189	1.70925990595	0.399214819789	-0.433285842234	1.89502489606	-0.511648304468	2.01784292886	-11.226	98.004	-17.918
36	0.226978530849	-0.0111084868467	0.13678968261	0.539711166031	-0.0888939634645	0.251099768621	-0.870776698861	-0.887610700017	0.868366792114	0.000439373967941	-0.268472781388	1.26672065366	-0.733075068609	-0.6278001297	0.0082996515575	1.78601561368	0.226639661436	-0.902362364066	1.25099194921	-0.551693653033	2.2085360433	-0.33	101.478	-17.503
37	1.4412700333	0.372030365487	-0.85056609494	0.946379582872	-1.68536023451	2.21759378318	-0.662448190679	-0.837777107948	0.845373102055	-0.0396681855831	0.0427556554109	0.536004622013	-1.20882127132	0.819863822903	-0.00365746044174	1.87592223044	0.0819208277064	-0.986049253219	1.0933357281	-0.441788463589	2.21212084676	4.79	107.324	-22.957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 5:80 )	A	5 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 81:94 )	A	81 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 95:175 )	A	95 - 175
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 176:259 )	A	176 - 259
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 6:80 )	B	6 - 80
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 81:94 )	B	81 - 94
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 95:175 )	B	95 - 175
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 176:259 )	B	176 - 259
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 4:80 )	C	4 - 80
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 81:94 )	C	81 - 94
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 95:174 )	C	95 - 174
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 175:259 )	C	175 - 259
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID -1:114 )	D	-1 - 114
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 115:174 )	D	115 - 174
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 175:259 )	D	175 - 259
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN E AND RESID 7:31 )	E	7 - 31
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN E AND RESID 32:80 )	E	32 - 80
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN E AND RESID 81:94 )	E	81 - 94
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN E AND RESID 95:114 )	E	95 - 114
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN E AND RESID 115:153 )	E	115 - 153
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN E AND RESID 154:174 )	E	154 - 174
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN E AND RESID 175:259 )	E	175 - 259
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN F AND RESID 7:80 )	F	7 - 80
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN F AND RESID 81:94 )	F	81 - 94
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN F AND RESID 95:129 )	F	95 - 129
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN F AND RESID 130:153 )	F	130 - 153
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN F AND RESID 154:174 )	F	154 - 174
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN F AND RESID 175:221 )	F	175 - 221
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN F AND RESID 222:259 )	F	222 - 259
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN G AND RESID 7:31 )	G	7 - 31
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN G AND RESID 32:44 )	G	32 - 44
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN G AND RESID 45:80 )	G	45 - 80
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN G AND RESID 81:114 )	G	81 - 114
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN G AND RESID 115:164 )	G	115 - 164
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN G AND RESID 165:185 )	G	165 - 185
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN G AND RESID 186:214 )	G	186 - 214
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN G AND RESID 215:259 )	G	215 - 259

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)