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- PDB-8cp3: Apo-LarE in complex with AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cp3
タイトルApo-LarE in complex with AMP-PNP
要素NAD_synthase domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / LAR / SULFUR TRANSFERASE / LARE / AMP / 4FE-4S / THIOLATION / [FE-S] CLUSTER / IRON-SULFUR CLUSTER / PP-LOOP / ATP PYROPHOSPHATASE / LACTATE / LACTATE RACEMIZATION
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfurtransferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide synthase LarE / : / NAD/GMP synthase / NAD synthase / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / BETA-MERCAPTOETHANOL / NAD/GMP synthase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus maripaludis S2 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Zecchin, P. / Pecqueur, L. / Golinelli-Pimpaneau, B.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-LABX-0011 フランス
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Structure-based insights into the mechanism of [4Fe-4S]-dependent sulfur insertase LarE.
著者: Zecchin, P. / Pecqueur, L. / Oltmanns, J. / Velours, C. / Schunemann, V. / Fontecave, M. / Golinelli-Pimpaneau, B.
履歴
登録2023年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_volume / _citation.year ..._citation.journal_volume / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD_synthase domain-containing protein
B: NAD_synthase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,16113
ポリマ－62,3242
非ポリマー1,83711
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area25120 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)144.810, 144.810, 193.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-410-

HOH

21A-411-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 84 or (resid 85...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 92 or (resid 93...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ILEILETHRTHRAA3 - 8814 - 99
d_12ASPASPCYSCYSAA91 - 174102 - 185
d_13ILEILESERSERAA184 - 185195 - 196
d_14GLUGLULEULEUAA187 - 209198 - 220
d_15VALVALARGARGAA211 - 212222 - 223
d_16LEULEUPHEPHEAA214 - 257225 - 268
d_17BMEBMEBMEBMEAD302
d_21ILEILECYSCYSBB3 - 17414 - 185
d_22ILEILEPHEPHEBB184 - 248195 - 259
d_23VALVALPHEPHEBB251 - 257262 - 268
d_24BMEBMEBMEBMEBI303

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.963380899049, 0.129855079579, 0.23459518677), (0.137722651569, -0.511048168958, 0.848446957829), (0.230064587872, 0.849686664196, 0.474450058588)ベクター: -136. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.963380899049, 0.129855079579, 0.23459518677), (0.137722651569, -0.511048168958, 0.848446957829), (0.230064587872, 0.849686664196, 0.474450058588)
ベクター: -136.798395369, 15.4642855794, 18.9497295511)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD_synthase domain-containing protein / LarE / ATP-dependent sacrificial sulfur transferase LarE / NAD_synthase domain-containing protein


分子量: 31161.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis S2 (古細菌)
遺伝子: MMP1239 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LXV7

-
非ポリマー , 5種, 41分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6 M Ammonium Sulfate, 2 % PEG 400, 0.1 M Hepes pH 7.5, 5 mM AMP-PNP.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日 / 詳細: U20
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→48.18 Å / Num. obs: 32562 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 79.3 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 25.46
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID% possible all
6.99-48.1898.39132510.028199.5
4.97-6.9969.25227610.0431100
4.06-4.9769.29288210.0441100
3.52-4.0645.7333970.9990.0681100
3.15-3.5225.0838420.9980.1271100
2.88-3.1511.4742170.9910.2841100
2.67-2.885.4245970.9620.5891100
2.49-2.672.3248980.8211.2241100
2.35-2.490.9551280.5012.432198.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEMars, 2021データ収集
XDSMars, 2021データ削減
XDSMars, 2021データスケーリング
MOLREPMars, 2021位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→45.16 Å / SU ML: 0.3742 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.9863
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 1627 5 %
Rwork0.2317 30897 -
obs0.2327 32524 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 102.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→45.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3716 0 106 30 3852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00843878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09495248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0599621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.96041397
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 6.68974795405 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.420.38011290.31312441X-RAY DIFFRACTION95.97
2.42-2.50.30331350.29822557X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.590.35051350.35732562X-RAY DIFFRACTION99.96
2.59-2.690.33941340.30512551X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.810.32731360.25212573X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.960.28431350.24472566X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.150.28881350.26822571X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.390.31360.2532582X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.730.26171350.21632574X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.270.21011380.20722608X-RAY DIFFRACTION100
4.27-5.380.21331370.20382605X-RAY DIFFRACTION100
5.38-45.160.24561420.23782707X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.27606992285-0.216925928255-0.8775326259753.240253390521.24777561113.256323090720.020744737947-0.1117705999990.1765955334210.1320947638270.0782700514475-0.203502510925-0.195566665390.3977167698210.0002787557833940.6772023250150.002095965643830.002532195950010.698517653310.04549159358130.630870465822-85.40310.00312.524
20.4422346591620.31718928113-0.3675389119640.37656546467-0.121621653370.4038500390880.522826996797-0.413491531691.177362417940.06891571786360.521982801734-0.667120820155-0.178668294671-0.3332475583759.54301801912E-51.351146553820.0651835435115-0.08907868474611.73665211492-0.186583303271.42952222701-56.60926.32232.008
32.517326163720.8610103610780.3499414981463.414807231990.9802677167282.640119851650.0785397845475-0.284672102567-0.1929716187310.327511239336-0.0899123845479-0.1459037487950.128571539117-0.25641760237-7.98271387338E-60.701312240501-0.0231003128696-0.06281248770330.7469773671390.04947602331010.773204670239-49.2229.67713.116
40.308297182737-0.3472429438430.05114973850470.395148409311-0.09365830673960.07123876246960.0986954354211-0.736508333318-0.2647601010611.900639624120.2953982083560.255094965060.5639605471910.2573973024494.46186484366E-51.74874984523-0.141521576570.1373751403551.9956040829-0.00937646211941.3016136008-70.34221.144.512
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:175 )A3 - 175
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 184:257 )A184 - 257
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 0:174 )B0 - 174
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 183:259 )B183 - 259

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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