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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cp2 | ||||||
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タイトル | Structure of Aspartate-N-hydroxylase (FzmM)from Streptomyces sp. V2: complex with NADPH and L-aspartate | ||||||
要素 | FAD-binding protein | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Monooxygenase / flavin / aspartate | ||||||
機能・相同性 | FAD-dependent urate hydroxylase HpyO, FAD/NAD(P)-binding domain / FAD-NAD(P)-binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 3-NITROPROPANOIC ACID / ASPARTIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / FAD-binding protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. V2 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Rotilio, L. / Mattevi, A. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: A biosynthetic aspartate N-hydroxylase performs successive oxidations by holding intermediates at a site away from the catalytic center. 著者: Rotilio, L. / Boverio, A. / Nguyen, Q.T. / Mannucci, B. / Fraaije, M.W. / Mattevi, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cp2.cif.gz | 266.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cp2.ent.gz | 211.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cp2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cp2_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cp2_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8cp2_validation.xml.gz | 53 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cp2_validation.cif.gz | 77.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/8cp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/8cp2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8cp5C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 65830.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces sp. V2 (バクテリア) 遺伝子: DF268_28005 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RP+ / 参照: UniProt: A0A2V1NMV1 |
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-非ポリマー , 7種, 811分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-3NP / | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 9% PEG 4000, 1.2 M di-Na tartrate |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87313 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→122.3 Å / Num. obs: 166781 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.301 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 1.8 / Num. measured all: 90751 / Num. unique obs: 8301 / CC1/2: 0.473 / Rpim(I) all: 0.736 / Rrim(I) all: 2.439 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→122.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.007 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.891 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→122.3 Å
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拘束条件 |
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