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万見
- PDB-8cp0: Structure of the catalytic domain of P. vivax Sub1 (trigonal crys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cp0
タイトルStructure of the catalytic domain of P. vivax Sub1 (trigonal crystal form)
要素subtilisin
キーワードHYDROLASE / Plasmodium / serine protease / drug target / malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SUB1 protease prodomain ProdP9 / SUB1 protease Prodomain ProdP9 / Subtilisin SUB1-like catalytic domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. ...SUB1 protease prodomain ProdP9 / SUB1 protease Prodomain ProdP9 / Subtilisin SUB1-like catalytic domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.251 Å
データ登録者Martinez, M. / Bouillon, A. / Batista, F. / Alzari, P.M. / Barale, J.C. / Haouz, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: 3D structures of the Plasmodium vivax subtilisin-like drug target SUB1 reveal conformational changes to accommodate a substrate-derived alpha-ketoamide inhibitor.
著者: Martinez, M. / Batista, F.A. / Maurel, M. / Bouillon, A. / Ortega Varga, L. / Wehenkel, A.M. / Le Chevalier-Sontag, L. / Blondel, A. / Haouz, A. / Hernandez, J.F. / Alzari, P.M. / Barale, J.C.
履歴
登録2023年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: subtilisin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7144
ポリマ－43,5941
非ポリマー1203
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.150, 89.150, 119.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 subtilisin


分子量: 43593.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: sub1, PVC01_100035100, PVT01_100029100, PVW1_100050600
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider 2 / 参照: UniProt: E6Y8B9, subtilisin
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, 0.2 M MgCl2, 25% W/V PEG4000, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→47.15 Å / Num. obs: 8758 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 3.25→3.51 Å / 冗長度: 5.5 % / Num. unique obs: 1784 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.264 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.251→47.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.832 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.429
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2415 415 4.74 %RANDOM
Rwork0.1958 ---
obs0.1981 8756 97.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.1298 Å20 Å20 Å2
2---9.1298 Å20 Å2
3---18.2596 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.251→47.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2649 0 3 0 2652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0072704HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.883679HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d897SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes468HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2704HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.84
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion362SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2281SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.251→3.3 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4349 -3.65 %
Rwork0.2453 422 -
obs--98 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -42.1603 Å / Origin y: 21.4051 Å / Origin z: 7.0369 Å
111213212223313233
T0.1159 Å2-0.0864 Å20.0015 Å2--0.0753 Å2-0.0204 Å2---0.1665 Å2
L1.0567 °20.3941 °2-0.5973 °2-0.7542 °2-0.5821 °2--1.9324 °2
S-0.0076 Å °0.0606 Å °0.0008 Å °0.0028 Å °0.1214 Å °0.0136 Å °-0.1456 Å °0.0013 Å °-0.1138 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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