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万見
- PDB-8coy: Structure of the catalytic domain of P. vivax Sub1 (triclinic cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8coy
タイトルStructure of the catalytic domain of P. vivax Sub1 (triclinic crystal form) in complex with inhibitor
要素
  • peptido-mimetic inhibitor
  • subtilisin
キーワードHYDROLASE / Plasmodium / serine protease / drug target / malaria / pseudo-peptide inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SUB1 protease prodomain ProdP9 / SUB1 protease Prodomain ProdP9 / Subtilisin SUB1-like catalytic domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. ...SUB1 protease prodomain ProdP9 / SUB1 protease Prodomain ProdP9 / Subtilisin SUB1-like catalytic domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.507 Å
データ登録者Martinez, M. / Bouillon, A. / Batista, F. / Alzari, P.M. / Barale, J.C. / Haouz, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: 3D structures of the Plasmodium vivax subtilisin-like drug target SUB1 reveal conformational changes to accommodate a substrate-derived alpha-ketoamide inhibitor.
著者: Martinez, M. / Batista, F.A. / Maurel, M. / Bouillon, A. / Ortega Varga, L. / Wehenkel, A.M. / Le Chevalier-Sontag, L. / Blondel, A. / Haouz, A. / Hernandez, J.F. / Alzari, P.M. / Barale, J.C.
履歴
登録2023年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12023年11月22日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: subtilisin
B: subtilisin
C: peptido-mimetic inhibitor
D: peptido-mimetic inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,26414
ポリマ－77,3894
非ポリマー87510
水8,827490
1
A: subtilisin
C: peptido-mimetic inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1327
ポリマ－38,6952
非ポリマー4385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: subtilisin
D: peptido-mimetic inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1327
ポリマ－38,6952
非ポリマー4385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.260, 55.100, 69.010
Angle α, β, γ (deg.)69.22, 78.31, 74.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 6分子 ABCD

#1: タンパク質 subtilisin


分子量: 38003.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: sub1, PVC01_100035100, PVT01_100029100, PVW1_100050600
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider 2 / 参照: UniProt: E6Y8B9, subtilisin
#2: タンパク質・ペプチド peptido-mimetic inhibitor


分子量: 690.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of chains D,E is: ACE-Ile-Thr-Ala-VEF-Asp-Glu, where VEF is: (3~{S})-3-AZANYL-2-OXIDANYLIDENE-BUTANOIC ACID and is covalently linked to Ser549 of chains A,B respectively: LINK OG ...詳細: The sequence of chains D,E is: ACE-Ile-Thr-Ala-VEF-Asp-Glu, where VEF is: (3~{S})-3-AZANYL-2-OXIDANYLIDENE-BUTANOIC ACID and is covalently linked to Ser549 of chains A,B respectively: LINK OG SER A 549 C2 VEF D 4 1.430 LINK OG SER B 549 C2 VEF E 4 1.430
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 498分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 M LiSO4, 15% W/V PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.507→64 Å / Num. obs: 104444 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.51→1.53 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5196 / CC1/2: 0.78 / Rpim(I) all: 0.337 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (21-NOV-2022)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.507→29.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU R Cruickshank DPI: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.073 / SU Rfree Blow DPI: 0.07 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.07
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1922 5074 4.86 %RANDOM
Rwork0.1764 ---
obs0.1771 104436 94.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7913 Å2-0.7344 Å2-1.3161 Å2
2---2.819 Å2-1.3606 Å2
3---1.0277 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.507→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5244 0 64 490 5798
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0165427HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.067367HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1865SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes945HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5427HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.53
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion730SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5383SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.52 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2077 106 5.07 %
Rwork0.2397 1983 -
all0.2381 2089 -
obs--93.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.81170.1475-0.10560.6819-0.05590.406-0.0042-0.02640.04660.1056-0.0003-0.02730.0123-0.00560.0046-0.03310.0008-0.0094-0.03540.0067-0.042733.189-50.668-39.2
20.7647-0.2373-0.16170.9407-0.09440.42640.0510.0506-0.0577-0.1528-0.0907-0.0616-0.00910.01210.0397-0.0350.01410.0008-0.010.013-0.05646.205-59.74-6.692
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|277 - A|903 }A277 - 903
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|276 - B|903 }B276 - 903

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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