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- PDB-8cot: Complex of human soluble adenylyl cyclase 10 catalytic core with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cot
タイトルComplex of human soluble adenylyl cyclase 10 catalytic core with inhibitor TDI-10962
要素Adenylate cyclase type 10
キーワードSIGNALING PROTEIN / cAMP (CAMP) / sAC / inhibitor complex (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cardiac muscle cell contraction / astrocyte end-foot / mitochondrial ATP transmembrane transport / bicarbonate binding / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / neuron projection retraction / positive regulation of glycogen catabolic process / : / central region of growth cone / regulation of mitophagy ...negative regulation of cardiac muscle cell contraction / astrocyte end-foot / mitochondrial ATP transmembrane transport / bicarbonate binding / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / neuron projection retraction / positive regulation of glycogen catabolic process / : / central region of growth cone / regulation of mitophagy / glucose catabolic process / regulation of membrane repolarization / アデニル酸シクラーゼ / basal part of cell / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cAMP biosynthetic process / positive regulation of ossification / adenylate cyclase activity / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection extension / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of ATP biosynthetic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial membrane potential / spermatid development / positive regulation of axon extension / Hedgehog 'off' state / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection maintenance / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / 繊毛 / manganese ion binding / ATPase binding / 細胞骨格 / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / neuronal cell body / 樹状突起 / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / ミトコンドリア / extracellular region / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Adenylate cyclase, type 10 / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Chem-VBB / Adenylate cyclase type 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Steegborn, C. / Fushimi, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)STE1701/11 ドイツ
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2023
タイトル: Scaffold Hopping and Optimization of Small Molecule Soluble Adenyl Cyclase Inhibitors Led by Free Energy Perturbation.
著者: Sun, S. / Fushimi, M. / Rossetti, T. / Kaur, N. / Ferreira, J. / Miller, M. / Quast, J. / van den Heuvel, J. / Steegborn, C. / Levin, L.R. / Buck, J. / Myers, R.W. / Kargman, S. / Liverton, N. ...著者: Sun, S. / Fushimi, M. / Rossetti, T. / Kaur, N. / Ferreira, J. / Miller, M. / Quast, J. / van den Heuvel, J. / Steegborn, C. / Levin, L.R. / Buck, J. / Myers, R.W. / Kargman, S. / Liverton, N. / Meinke, P.T. / Huggins, D.J.
履歴
登録2023年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate cyclase type 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,54115
ポリマ－54,2701
非ポリマー1,27114
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area19800 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)99.314, 99.314, 98.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-723-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenylate cyclase type 10 / AH-related protein / Adenylate cyclase homolog / Germ cell soluble adenylyl cyclase / sAC / ...AH-related protein / Adenylate cyclase homolog / Germ cell soluble adenylyl cyclase / sAC / Testicular soluble adenylyl cyclase


分子量: 54269.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADCY10, SAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96PN6, アデニル酸シクラーゼ

-
非ポリマー , 5種, 137分子

#2: 化合物 ChemComp-VBB / 2-(dimethylamino)ethyl 5-(2-azanyl-6-chloranyl-pyrimidin-4-yl)-2-methyl-4-(phenylmethyl)pyrazole-3-carboxylate


分子量: 414.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23ClN6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M tripotassium citrate, 20%(w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→28.67 Å / Num. obs: 32328 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 40.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Num. unique obs: 3183 / CC1/2: 0.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→28.67 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2318 1617 5 %
Rwork0.192 --
obs0.1939 32312 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3585 0 81 123 3789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9125149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0913074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.16130.35461330.32572522X-RAY DIFFRACTION98
2.1613-2.2310.28151330.28892535X-RAY DIFFRACTION100
2.231-2.31070.30841350.26322555X-RAY DIFFRACTION100
2.3107-2.40330.3021340.25722552X-RAY DIFFRACTION100
2.4033-2.51260.27391340.23072551X-RAY DIFFRACTION100
2.5126-2.64510.23711360.22712571X-RAY DIFFRACTION100
2.6451-2.81080.29161340.21832552X-RAY DIFFRACTION100
2.8108-3.02770.30331340.20972549X-RAY DIFFRACTION100
3.0277-3.33230.21551350.19312570X-RAY DIFFRACTION100
3.3323-3.81430.19581360.17292575X-RAY DIFFRACTION100
3.8143-4.80460.20031350.13982560X-RAY DIFFRACTION100
4.8046-28.670.20191380.17812603X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6539-0.5248-0.10330.3519-0.02430.5644-0.0013-0.059-0.13710.13670.01440.00970.0433-0.001900.31620.0078-0.01370.29270.01450.3408-37.342412.0413.56
20.9713-0.40840.07051.2407-0.52061.795-0.0507-0.1082-0.03640.02360.1141-0.02310.28770.015-0.00010.36150.0097-0.04670.26950.0190.2928-31.34766.53311.5137
30.06230.0621-0.12291.50341.04221.3324-0.03180.1091-0.0733-0.0433-0.01870.02540.13020.01810.00020.32160.04740.01860.337-0.01350.3166-30.71132.1484-15.2693
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 88 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 89 through 287 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 288 through 468 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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