+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cop | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase in complex with N-(4-(2,6-diamino-5-(cyclopropylethynyl)pyrimidin-4-yl)phenyl)methanesulfonamide | ||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Mycobacterium tuberculosis Dihydrofolate reductase | ||||||
機能・相同性 | ![]() dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kirkman, T.J. / Dias, M.V.B. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Expansion of a series of pyrimidine derivatives utilising fragment-based merging showcasing anleads to increased affinity with to Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase 著者: Kirkmna, T.J. / Dias, M.V.B. / Coyne, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 61.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 17893.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: folA / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 65分子 ![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | 分子量: 343.403 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM CoCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→46.66 Å / Num. obs: 30199 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.82 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 2973 / CC1/2: 0.744 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.66 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|