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万見
- PDB-8co6: Subtomogram average of Immature Rotavirus TLP penton -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8co6
タイトルSubtomogram average of Immature Rotavirus TLP penton
要素
  • Inner capsid protein VP2
  • Intermediate capsid protein VP6
  • Outer capsid glycoprotein VP7
  • Outer capsid protein VP4
キーワードVIRAL PROTEIN / Rotavirus / STA
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=13 icosahedral viral capsid / T=2 icosahedral viral capsid / host cell rough endoplasmic reticulum / viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane ...viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=13 icosahedral viral capsid / T=2 icosahedral viral capsid / host cell rough endoplasmic reticulum / viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / RNA binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain ...Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Viral capsid/haemagglutinin protein / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein VP4 / Outer capsid glycoprotein VP7 / Inner capsid protein VP2 / Intermediate capsid protein VP6
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus A (ロタウイルス A)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Shah, P.N.M. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 英国
Wellcome Trust03141/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust060208/Z/00/Z 英国
Wellcome Trust093305/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023
タイトル: Characterization of the rotavirus assembly pathway in situ using cryoelectron tomography.
著者: Pranav N M Shah / James B Gilchrist / Björn O Forsberg / Alister Burt / Andrew Howe / Shyamal Mosalaganti / William Wan / Julika Radecke / Yuriy Chaban / Geoff Sutton / David I Stuart / Mark Boyce /
要旨: Rotavirus assembly is a complex process that involves the stepwise acquisition of protein layers in distinct intracellular locations to form the fully assembled particle. Understanding and ...Rotavirus assembly is a complex process that involves the stepwise acquisition of protein layers in distinct intracellular locations to form the fully assembled particle. Understanding and visualization of the assembly process has been hampered by the inaccessibility of unstable intermediates. We characterize the assembly pathway of group A rotaviruses observed in situ within cryo-preserved infected cells through the use of cryoelectron tomography of cellular lamellae. Our findings demonstrate that the viral polymerase VP1 recruits viral genomes during particle assembly, as revealed by infecting with a conditionally lethal mutant. Additionally, pharmacological inhibition to arrest the transiently enveloped stage uncovered a unique conformation of the VP4 spike. Subtomogram averaging provided atomic models of four intermediate states, including a pre-packaging single-layered intermediate, the double-layered particle, the transiently enveloped double-layered particle, and the fully assembled triple-layered virus particle. In summary, these complementary approaches enable us to elucidate the discrete steps involved in forming an intracellular rotavirus particle.
履歴
登録2023年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP4
B: Outer capsid protein VP4
C: Outer capsid protein VP4
D: Outer capsid glycoprotein VP7
E: Outer capsid glycoprotein VP7
F: Outer capsid glycoprotein VP7
G: Outer capsid glycoprotein VP7
H: Outer capsid glycoprotein VP7
I: Outer capsid glycoprotein VP7
J: Outer capsid glycoprotein VP7
K: Outer capsid glycoprotein VP7
L: Outer capsid glycoprotein VP7
M: Outer capsid glycoprotein VP7
N: Outer capsid glycoprotein VP7
O: Outer capsid glycoprotein VP7
d: Intermediate capsid protein VP6
e: Intermediate capsid protein VP6
f: Intermediate capsid protein VP6
g: Intermediate capsid protein VP6
h: Intermediate capsid protein VP6
i: Intermediate capsid protein VP6
j: Intermediate capsid protein VP6
k: Intermediate capsid protein VP6
l: Intermediate capsid protein VP6
m: Intermediate capsid protein VP6
n: Intermediate capsid protein VP6
o: Intermediate capsid protein VP6
q: Inner capsid protein VP2
r: Inner capsid protein VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,450,82729
ポリマ－1,450,82729
非ポリマー00
水00
1
A: Outer capsid protein VP4
B: Outer capsid protein VP4
C: Outer capsid protein VP4
D: Outer capsid glycoprotein VP7
E: Outer capsid glycoprotein VP7
F: Outer capsid glycoprotein VP7
G: Outer capsid glycoprotein VP7
H: Outer capsid glycoprotein VP7
I: Outer capsid glycoprotein VP7
J: Outer capsid glycoprotein VP7
K: Outer capsid glycoprotein VP7
L: Outer capsid glycoprotein VP7
M: Outer capsid glycoprotein VP7
N: Outer capsid glycoprotein VP7
O: Outer capsid glycoprotein VP7
d: Intermediate capsid protein VP6
e: Intermediate capsid protein VP6
f: Intermediate capsid protein VP6
g: Intermediate capsid protein VP6
h: Intermediate capsid protein VP6
i: Intermediate capsid protein VP6
j: Intermediate capsid protein VP6
k: Intermediate capsid protein VP6
l: Intermediate capsid protein VP6
m: Intermediate capsid protein VP6
n: Intermediate capsid protein VP6
o: Intermediate capsid protein VP6
q: Inner capsid protein VP2
r: Inner capsid protein VP2
x 5


  • 登録者が定義した集合体
  • 7.25 MDa, 145 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,254,133145
ポリマ－7,254,133145
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4

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要素

#1: タンパク質 Outer capsid protein VP4


分子量: 86767.953 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 参照: UniProt: A0A1Q2TSK9
#2: タンパク質
Outer capsid glycoprotein VP7


分子量: 37230.664 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 参照: UniProt: A0A1Q2TSM6
#3: タンパク質
Intermediate capsid protein VP6


分子量: 44910.738 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 参照: UniProt: A2T3S6
#4: タンパク質 Inner capsid protein VP2


分子量: 102412.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 参照: UniProt: A2T3R1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Rotavirus A / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
ウイルス殻直径: 1000 nm / 三角数 (T数): 13
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 2.2 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 90 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7NAMDモデルフィッティング
13PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1961 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 85 / Num. of volumes extracted: 1961
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00294511
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.434128695
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.86134531
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03914775
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00316645

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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