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- PDB-8co2: YdaS N-terminal domain from prophage CP-933P in E. coli O157:H7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8co2
タイトルYdaS N-terminal domain from prophage CP-933P in E. coli O157:H7
要素Putative antirepressor protein Cro
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Cro repressor / cryptic prophage / antitoxin
機能・相同性Bacterial antitoxin YdaS / Bacterial toxin YdaS / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / ISOPROPYL ALCOHOL / Putative antirepressor protein Cro
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O157 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6388072348 Å
データ登録者Prolic-Kalinsek, M. / Loris, R.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G.0033.20N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G.0226.17N ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: YdaS from the Escherichia coli cryptic prophage CP-933P forms an evolutionary link between Cro repressors and HigA antitoxins
著者: Prolic-Kalinsek, M. / Volkov, A.N. / Hadzi, S. / Bervoets, I. / Loris, R.
履歴
登録2023年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative antirepressor protein Cro
B: Putative antirepressor protein Cro
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2264
ポリマ－21,0702
非ポリマー1562
水1,38777
1
A: Putative antirepressor protein Cro
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6312
ポリマ－10,5351
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative antirepressor protein Cro
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5952
ポリマ－10,5351
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.710, 42.710, 65.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3

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要素

#1: タンパク質 Putative antirepressor protein Cro


分子量: 10534.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157 (大腸菌) / 遺伝子: A2F99_004475 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D7C0Q9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.024 M 1,6-Hexanediol, 0.024 M 1-Butanol, 0.024 M 1,2-Propanediol, 0.024 M 2-Propanol 0.024 M 1,3-Propanediol, 0.05 M Sodium HEPES, 0.05 M MOPS, 9.375% v/v MPD; 9.375% PEG 1000; 9.375% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6388072348→36.9879449956 Å / Num. obs: 16212 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10.44 % / Biso Wilson estimate: 43.4269937054 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.81
反射 シェル解像度: 1.6388072348→1.75 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 1.135 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 2549 / CC1/2: 0.668 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6388072348→36.9879449956 Å / SU ML: 0.264915240595 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95891869141 / 位相誤差: 31.735679893
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257643008052 810 4.99629903775 %
Rwork0.211857012744 15402 -
obs0.214110437676 16212 99.3991416309 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.8461060216 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6388072348→36.9879449956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1138 0 9 77 1224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005148885634581173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7443780570751593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0439878137398179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00429057527795202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6246554693704
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6388072348-1.74150.384313226631300.3611362666262488X-RAY DIFFRACTION96.5695315382
1.7415-1.87590.3174204837841350.3026858354692574X-RAY DIFFRACTION99.963099631
1.8759-2.06470.30756225011370.2672910781122597X-RAY DIFFRACTION100
2.0647-2.36340.2554702632161360.2321746404672588X-RAY DIFFRACTION100
2.3634-2.97750.2655662287711360.2469162799452579X-RAY DIFFRACTION100
2.9775-36.98794499560.2434464401271360.1840049576372576X-RAY DIFFRACTION99.852724595
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.75233950451-1.86986497507-3.688213075963.161435377421.152591114236.58469021189-0.422731215195-1.871464364790.0361558596360.3708872761960.4573402592190.8474063154040.742030712416-1.522096147630.2752646351780.3130620302120.0123146306275-0.001967048102170.905381312992-0.09959861007070.419268936543-16.2926309273-6.270903762766.61031893012
28.66977521141-4.56634386586-2.714574273213.42706666211-0.5036348766235.53571326612-0.1355646985610.09418010613890.817815388216-0.5123496270250.326698322097-0.569233864553-0.0797868395748-0.349025787884-0.2189447009030.396455874755-0.159237162099-0.01242167442560.645090657834-0.03432458396930.513846301076-14.05035710840.690631872851-2.48165424392
34.98694530481-2.76330291650.9765821737069.72337147971-1.021182106378.97986956733-0.5944198803540.254500867491-0.427857433255-0.2303780297790.857834771205-0.6404646116350.1864749909120.223612819079-0.2067608576230.315310447415-0.1288377463670.01407193285940.614397224484-0.1668704944760.395335573438-6.31778322915-8.909799213910.10492520064
49.28122626237.493047316462.908281872187.206629741634.814277423986.6818265816-0.386312149938-1.81313093353-0.6373673093310.6416844428631.54803199395-3.028170934782.528691330380.969156393686-0.555675087520.3072269547430.128341863822-0.0006359276786491.34070922317-0.4788358798391.146693053082.73681732157-16.27455008871.4300329687
54.27006668433-4.09691410599-0.6345949163184.121455901390.397169582944.92373324045-0.69172517649-1.142020105330.5913526120361.091645377850.908608889861-0.956850059033-1.150580663080.864678038285-0.3420862388370.4827069706290.0124281060565-0.005158677402510.748507050328-0.0412870360690.42190707502113.19008975918.933934784825.99364988525
68.96362954082-6.163814085232.563912456914.31470704737-0.1562552494159.863805971320.364351628812-0.340265480447-0.544395137394-0.5476277938070.1559143671730.2536347404650.00491252958229-0.0327993589378-0.4292060517010.330026969486-0.0567762046859-0.01342539835830.51221327416-0.01634126228830.3516130187411.00237631680.764902103858-1.82533148889
77.23857935063-2.928129917040.3602669603024.266261617764.367932835416.85840288821-0.205260472455-0.01278186998270.35374888821-0.3174182418840.1698567421090.312885875875-0.6148651714580.2233206049160.06643994396660.403770742747-0.0391789981158-0.04193976011820.5496666785330.09025332353390.4466206407932.8966032314410.29371770920.773053059582
86.167386864894.418098726950.6138207604459.8697026245-1.24409694860.505775848488-0.762557585793-1.398330335992.71909058963-0.474007255587-0.6559082558654.34712934655-1.70053410399-1.864966520181.650021991040.5877049281310.194335494201-0.2975675773610.989238805911-0.2249004369411.55848946079-5.9634322614517.41054589533.45149751722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 11 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 12 through 33 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 34 through 64 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 65 through 74 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -1 through 11 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 12 through 33 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 34 through 64 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 65 through 75 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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