+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8co2 | |||||||||
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Title | YdaS N-terminal domain from prophage CP-933P in E. coli O157:H7 | |||||||||
Components | Putative antirepressor protein Cro | |||||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Cro repressor / cryptic prophage / antitoxin | |||||||||
Function / homology | Bacterial antitoxin YdaS / Bacterial toxin YdaS / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / ISOPROPYL ALCOHOL / Putative antirepressor protein Cro Function and homology information | |||||||||
Biological species | Escherichia coli O157 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6388072348 Å | |||||||||
Authors | Prolic-Kalinsek, M. / Loris, R. | |||||||||
Funding support | Belgium, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: YdaS from the Escherichia coli cryptic prophage CP-933P forms an evolutionary link between Cro repressors and HigA antitoxins Authors: Prolic-Kalinsek, M. / Volkov, A.N. / Hadzi, S. / Bervoets, I. / Loris, R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8co2.cif.gz | 89 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8co2.ent.gz | 55.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8co2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8co2_validation.pdf.gz | 453.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8co2_full_validation.pdf.gz | 454.4 KB | Display | |
Data in XML | 8co2_validation.xml.gz | 8.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8co2_validation.cif.gz | 11.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/8co2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/8co2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10534.940 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O157 (bacteria) / Gene: A2F99_004475 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0D7C0Q9 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Chemical | ChemComp-IPA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 0.024 M 1,6-Hexanediol, 0.024 M 1-Butanol, 0.024 M 1,2-Propanediol, 0.024 M 2-Propanol 0.024 M 1,3-Propanediol, 0.05 M Sodium HEPES, 0.05 M MOPS, 9.375% v/v MPD; 9.375% PEG 1000; 9.375% w/v PEG 3350 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.9786 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 25, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6388072348→36.9879449956 Å / Num. obs: 16212 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 10.44 % / Biso Wilson estimate: 43.4269937054 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.81 |
Reflection shell | Resolution: 1.6388072348→1.75 Å / Redundancy: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 1.135 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 2549 / CC1/2: 0.668 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6388072348→36.9879449956 Å / SU ML: 0.264915240595 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95891869141 / Phase error: 31.735679893 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.8461060216 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6388072348→36.9879449956 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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