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- PDB-8cnz: mmLarE-[4Fe-4S] phased by Fe-SAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cnz
タイトルmmLarE-[4Fe-4S] phased by Fe-SAD
要素NAD_synthase domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / LAR / SULFUR TRANSFERASE / LARE / AMP / 4FE-4S / THIOLATION / [FE-S] CLUSTER / IRON-SULFUR CLUSTER / PP-LOOP / ATP PYROPHOSPHATASE / LACTATE / LACTATE RACEMIZATION
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfurtransferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide synthase LarE / : / NAD/GMP synthase / NAD synthase / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / NAD/GMP synthase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus maripaludis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Pecqueur, L. / Zecchin, P. / Golinelli-Pimpaneau, B.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-LABX-0011 フランス
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Structure-based insights into the mechanism of [4Fe-4S]-dependent sulfur insertase LarE.
著者: Zecchin, P. / Pecqueur, L. / Oltmanns, J. / Velours, C. / Schunemann, V. / Fontecave, M. / Golinelli-Pimpaneau, B.
履歴
登録2023年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD_synthase domain-containing protein
B: NAD_synthase domain-containing protein
C: NAD_synthase domain-containing protein
D: NAD_synthase domain-containing protein
E: NAD_synthase domain-containing protein
F: NAD_synthase domain-containing protein
G: NAD_synthase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,28023
ポリマ－218,1337
非ポリマー3,14616
水00
1
A: NAD_synthase domain-containing protein
ヘテロ分子

A: NAD_synthase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3528
ポリマ－62,3242
非ポリマー1,0286
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area3240 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area25120 Å2
手法PISA
2
B: NAD_synthase domain-containing protein
D: NAD_synthase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3528
ポリマ－62,3242
非ポリマー1,0286
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area25720 Å2
手法PISA
3
C: NAD_synthase domain-containing protein
E: NAD_synthase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0986
ポリマ－62,3242
非ポリマー7744
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area25340 Å2
手法PISA
4
F: NAD_synthase domain-containing protein
G: NAD_synthase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1545
ポリマ－62,3242
非ポリマー8303
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area26000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.516, 209.215, 195.799
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
NAD_synthase domain-containing protein / LarE / ATP-dependent sacrificial sulfur transferase LarE / NAD_synthase domain-containing protein


分子量: 31161.916 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌)
遺伝子: MMP1239,larE / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LXV7
#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 4.1 M NaCl, 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.1M NaI.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857, 1.74013
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978571
21.740131
反射解像度: 3.145→113.688 Å / Num. obs: 44021 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 5.98 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways through the data processing procedure (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejection during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1695 / Rpim(I) all: 0.0755 / Rrim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 263306
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
9.99-113.6885.310.060422.791168011680220022000.9960.02810.066998.3
7.904-9.995.50.071819.541209412094220022000.9950.0330.079399.5
6.885-7.9045.850.105613.861288912889220222020.9920.04670.115899.8
6.243-6.8856.030.16069.51327213272220122010.9850.07030.175699.8
5.785-6.2435.680.19137.881251812518220222020.9770.08650.210699.9
5.439-5.7855.740.1967.711262012620220022000.9780.08880.215899.9
5.161-5.4395.440.21057.011197011970220122010.9720.09730.232598.9
4.932-5.1615.70.23796.371254012540220122010.9740.10750.2618100
4.741-4.9325.80.23656.511276812768220222020.9760.10620.259999.9
4.574-4.7415.90.26376.021298212982220122010.9690.1180.289699.8
4.428-4.57460.30665.351320413204220022000.9620.13560.335998.6
4.294-4.4286.150.36544.731354713547220122010.9570.16040.399795.3
4.171-4.2946.250.40924.351377213772220222020.9350.17840.447292.8
4.058-4.1716.410.50083.741409614096220022000.920.21530.545892.1
3.95-4.0586.360.54723.41401414014220422040.8950.23610.596894.8
3.848-3.956.10.68212.751341713417220022000.8090.30140.746997.6
3.748-3.8486.420.76912.481412614126220022000.8250.32920.837697.2
3.635-3.7486.230.80252.331371213712220122010.8010.34960.876589.5
3.482-3.6356.360.91142.111400214002220222020.7250.39160.993573.3
3.145-3.4826.41.16691.661408314083220122010.6140.49931.271365.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5 20200918data processing
XDSJan 31, 2020データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
STARANISO2.3.46データスケーリング
SHELXCD2013/2位相決定
PHASER2.8.3位相決定
PARROT1.0.4位相決定
BUSTER2.10.4精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.6→55.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.604
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2801 2006 -RANDOM
Rwork0.2527 ---
obs0.2541 40205 89.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 118.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.0857 Å20 Å20 Å2
2---7.5766 Å20 Å2
3---2.4909 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→55.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14378 0 65 0 14443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00714657HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9219750HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5451SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2465HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14657HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2013SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance21HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10955SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.36
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.65 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3617 32 -
Rwork0.3166 --
obs0.3183 805 49.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.9172-1.1526-1.42426.35741.88146.94590.4210.04450.10120.0445-0.03380.29230.10120.2923-0.3872-0.27970.2526-0.2051-0.1684-0.2231-0.123235.058528.5812-47.2613
212.08390.30333.49215.06260.04686.11540.45660.0291.08850.0290.15390.35971.08850.3597-0.61050.10910.0099-0.304-0.52660.072-0.09566.780416.1342-42.3959
311.1582-2.61772.021510.09380.30456.05450.10030.20180.08640.20180.2360.45780.08640.4578-0.3363-0.372-0.02550.0309-0.2458-0.0857-0.204241.652950.767-23.1962
47.45613.32982.61927.35710.13099.51190.31090.98660.70090.98660.23060.1880.70090.188-0.5416-0.0504-0.2231-0.1106-0.18260.1237-0.483716.607540.3306-8.6593
511.60371.20692.31916.7501-0.31317.4575-0.5738-0.1522-0.3146-0.15220.20750.4797-0.31460.47970.3663-0.2915-0.0996-0.2939-0.37620.2198-0.179740.689484.1103-24.3102
65.16943.5792-1.84319.78520.32135.9541-0.22171.0877-0.70291.0877-0.20470.0647-0.70290.06470.42640.0150.0825-0.304-0.2331-0.3040.102816.32283.1729-6.0169
77.27351.2547-3.13294.7209-1.52929.9870.11250.18250.16310.18250.1878-0.20040.1631-0.2004-0.3003-0.3484-0.26350.04650.14430.304-0.135-25.160731.6283-18.3242
88.85591.02544.77087.62660.11249.15510.29221.01891.08851.0189-0.0069-1.08851.0885-1.0885-0.28530.0486-0.2914-0.1463-0.36440.1976-0.2215.10827.5584-16.3627
910.59720.07510.57078.38670.302910.5046-0.41940.9821-0.39580.98210.342-1.0885-0.3958-1.08850.0774-0.14640.18330.11320.6079-0.0657-0.2392-21.222960.5658-2.6938
108.03753.61531.74287.7821-0.776710.6213-0.4781.0651-0.21081.0651-0.1325-0.4215-0.2108-0.42150.6105-0.12450.0774-0.1186-0.0191-0.1976-0.34648.803767.00360.0869
117.38143.38473.50558.9797-0.97986.5456-0.2851-0.4189-0.1653-0.4189-0.22010.203-0.16530.2030.5052-0.1091-0.2076-0.304-0.17650.3040.238733.5605101.304-52.1371
126.8984-3.08925.820815.3230.58511.6803-0.05170.6421-1.08850.64210.45070.4337-1.08850.4337-0.3990.085-0.1412-0.304-0.4264-0.07620.60797.8654111.093-37.1591
139.1251-4.2936-0.05589.26312.47068.0863-0.55140.8251-0.78260.82510.3902-0.8618-0.7826-0.86180.16120.19380.304-0.3040.1643-0.3040.3232-25.554390.9744-15.1799
146.55961.92615.82083.40482.47598.32470.01070.8457-1.08850.8457-0.2602-0.0007-1.0885-0.00070.24950.2930.0713-0.304-0.2924-0.3040.53562.6161104.026-20.3257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|6 - A|164 }A6 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|186 - A|259 }A186 - 259
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|6 - B|164 }B6 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|186 - B|259 }B186 - 259
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|4 - C|164 }C4 - 164
6X-RAY DIFFRACTION6{ C|186 - C|259 }C186 - 259
7X-RAY DIFFRACTION7{ D|4 - D|164 }D4 - 164
8X-RAY DIFFRACTION8{ D|186 - D|259 }D186 - 259
9X-RAY DIFFRACTION9{ E|5 - E|164 }E5 - 164
10X-RAY DIFFRACTION10{ E|186 - E|259 }E186 - 259
11X-RAY DIFFRACTION11{ F|7 - F|164 }F7 - 164
12X-RAY DIFFRACTION12{ F|186 - F|259 }F186 - 259
13X-RAY DIFFRACTION13{ G|7 - G|164 }G7 - 164
14X-RAY DIFFRACTION14{ G|186 - G|259 }G186 - 259

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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