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- PDB-8cnx: Structure of Enterovirus D68 3C protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cnx
タイトルStructure of Enterovirus D68 3C protease
要素Protease 3C
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Enterovirus 3C protease ASAP AViDD Cysteine
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Lithgo, R.M. / Fairhead, M. / Koekemoer, L. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. / Ni, X. / Tomlinson, C.W.E. / Wild, C. ...Lithgo, R.M. / Fairhead, M. / Koekemoer, L. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. / Ni, X. / Tomlinson, C.W.E. / Wild, C. / Fearon, D. / Walsh, M.A. / von Delft, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI171399 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of EV D68 3C protease
著者: Lithgo, R.M. / von Delft, F.
履歴
登録2023年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease 3C
B: Protease 3C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6272
ポリマ－42,6272
非ポリマー00
水5,639313
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15850 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.820, 62.530, 147.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protease 3C / Picornain 3C / P3C


分子量: 21313.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus (エンテロウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q68T42, picornain 3C
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.14 / 詳細: 25% PEG 3,350 0.1 M Tris 0.2 M Ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9212 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9212 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→38.63 Å / Num. obs: 60463 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.49→1.53 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 11079 / CC1/2: 0.388 / % possible all: 56.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.49→38.627 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.222 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2199 3016 4.995 %
Rwork0.2036 57368 -
all0.204 --
obs-60384 92.043 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 25.167 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å20 Å2-0 Å2
2--2.642 Å20 Å2
3----1.441 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→38.627 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2808 0 0 313 3121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0122916
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0162658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.6553966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9021.5646181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3125376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.348521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63710478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.85610133
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02600
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2010.22069
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.21389
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.21541
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2820.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3210.216
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1430.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6662.5761471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6422.5751471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5233.8551843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5253.8571844
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5182.9671445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5172.9681446
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.244.2942118
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2384.2962119
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.52637.1123046
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.51134.3792975
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.49-1.5290.4421410.44925650.44947710.7590.76256.71770.459
1.529-1.570.4091410.40528850.40646390.8180.80865.22960.406
1.57-1.6160.3651700.36632930.36645300.8550.84676.44590.357
1.616-1.6660.3121920.3337450.32944050.8840.89489.37570.311
1.666-1.720.3022120.29240910.29343030.9060.921000.265
1.72-1.780.2762230.25939230.2641460.9310.9441000.233
1.78-1.8470.2672010.2437930.24239940.930.9541000.218
1.847-1.9230.2551860.2236560.22238420.9560.9641000.201
1.923-2.0080.2591670.22335360.22437040.9480.96199.9730.207
2.008-2.1060.2261980.19933650.235630.9640.9721000.188
2.106-2.2190.2121910.19931810.233720.9670.9741000.192
2.219-2.3530.2131410.17830790.1832200.9720.9791000.177
2.353-2.5150.1891460.17528930.17630390.9760.9811000.177
2.515-2.7160.211520.18126860.18228380.9730.981000.189
2.716-2.9730.2021260.18224700.18325960.9770.9791000.196
2.973-3.3220.2061240.17822600.17923840.9720.981000.199
3.322-3.8310.1831040.18120060.18121100.9810.9811000.208
3.831-4.6810.177850.16517330.16618180.9790.9821000.205
4.681-6.5710.245660.20213700.20314360.9720.9791000.262
6.571-38.6270.184500.2398380.2358900.9780.95899.77530.369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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