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- PDB-8cns: The Hybrid Cluster Protein from the thermophilic methanogen Metha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cns
タイトルThe Hybrid Cluster Protein from the thermophilic methanogen Methanothermococcus thermolithotrophicus in a mixed redox state after soaking with hydroxylamine, at 1.36-A resolution.
要素Hybrid cluster protein from Methanothermococcus thermolithotrophicus
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hybrid cluster / prismane protein / Hybrid cluster protein / methanogenic archaea / anaerobic biochemistry / thermophile / metallocluster / Nitric oxide reductase / hydroxylamine
機能・相同性ACETATE ION / FORMIC ACID / HYDROXYAMINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / FE4-S3 CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / hybrid cluster
機能・相同性情報
生物種Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Lemaire, O.N. / Wagner, T.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)Schwerpunktprogram 1927 Iron-sulfur for Life WA 4053/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical elucidation of class I hybrid cluster protein natively extracted from a marine methanogenic archaeon.
著者: Lemaire, O.N. / Belhamri, M. / Wagner, T.
履歴
登録2023年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hybrid cluster protein from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,46538
ポリマ－60,3681
非ポリマー3,09737
水11,331629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20250 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)97.773, 102.186, 58.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1363-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hybrid cluster protein from Methanothermococcus thermolithotrophicus


分子量: 60367.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Compared to the automatic annotation, the sequence has a five-residue extension in its N-terminal (MRPSK). The cysteine 402 has a thiol addition in its oxidized state.
由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: DSM 2095 / 組織: / / 参照: hydroxylamine reductase

-
非ポリマー , 14種, 666分子

#2: 化合物
ChemComp-HOA / HYDROXYAMINE


分子量: 33.030 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H3NO
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SF3 / FE4-S3 CLUSTER


分子量: 319.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE


分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-VQ8 / hybrid cluster


分子量: 335.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#14: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 % / 解説: Brown orthorhombic rod. Appeared after few weeks.
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Crystallisation was performed anaerobically by initial screening at 20 degree Celsius using the sitting drop method on 96-Well MRC 2-Drop polystyrene Crystallisation Plates (SWISSCI) in a Coy ...詳細: Crystallisation was performed anaerobically by initial screening at 20 degree Celsius using the sitting drop method on 96-Well MRC 2-Drop polystyrene Crystallisation Plates (SWISSCI) in a Coy tent containing a N2/H2 (97:3%) atmosphere. The reservoir chamber was filled with 90 ul of crystallisation condition, and the crystallisation drop was formed by spotting 0.55 ul protein with 0.55 ul of 20% (w/v) PEG 3,350 and 200 mM Magnesium formate. The protein was crystallised at 9.9 mg/ml in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 2 mM dithiothreitol, 10% (v/v) glycerol. Densities in the electron density map suggest a contamination of another crystallisation condition spatially close and containing 30% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol, 20 mM Calcium chloride and 100 mM Sodium acetate, pH 4.6. The crystal was soaked for 5.7 min in a solution of 100 mM hydroxylamine/HCl in the crystallisation condition and then soaked in the crystallisation solution supplemented with 20% v/v ethylene glycol for a few seconds before freezing in liquid nitrogen.
PH範囲: / / Temp details: /

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.356→70.645 Å / Num. obs: 89372 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.356→1.476 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.061 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4469 / CC1/2: 0.611 / Rpim(I) all: 0.472 / Rrim(I) all: 1.165 / % possible all: 67.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.36→51.09 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.74 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Refinement steps were performed by considering all atoms anisotropic. The model was refined with hydrogens in riding position. Hydrogens were omitted in the final deposited model.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1661 4367 4.89 %
Rwork0.129 --
obs0.1309 89365 70.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→51.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4236 0 160 629 5025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3526250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4131717
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098706
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011803
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.36-1.370.130440.255680X-RAY DIFFRACTION2
1.37-1.390.218180.2208195X-RAY DIFFRACTION5
1.39-1.40.177130.2113350X-RAY DIFFRACTION9
1.4-1.420.3011210.1965546X-RAY DIFFRACTION13
1.42-1.440.2732410.2104835X-RAY DIFFRACTION21
1.44-1.460.2012610.20691168X-RAY DIFFRACTION29
1.46-1.480.2408740.19751496X-RAY DIFFRACTION38
1.48-1.50.2425940.20021713X-RAY DIFFRACTION43
1.5-1.530.2412920.19131886X-RAY DIFFRACTION47
1.53-1.550.211040.19542091X-RAY DIFFRACTION52
1.55-1.580.22841060.17682275X-RAY DIFFRACTION57
1.58-1.610.23631440.17562509X-RAY DIFFRACTION63
1.61-1.640.2411280.17332824X-RAY DIFFRACTION71
1.64-1.670.20311560.17133100X-RAY DIFFRACTION77
1.67-1.710.21731520.15813366X-RAY DIFFRACTION84
1.71-1.750.21271940.15293733X-RAY DIFFRACTION93
1.75-1.790.24171810.14053947X-RAY DIFFRACTION98
1.79-1.840.19411990.13374048X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.890.18212170.12923994X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.960.1582210.11954013X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.030.16152060.11364017X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.110.15582410.10633998X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.20.15532060.10224020X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.320.15352040.09814086X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.460.14441970.10334033X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.650.13661950.10814109X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.920.15282140.11474069X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.340.1592200.11744070X-RAY DIFFRACTION100
3.34-4.210.132520.1114117X-RAY DIFFRACTION100
4.21-51.090.16872320.16554310X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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