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- PDB-8cnm: Human Sirt6 in complex with the inhibitor S6020 and ADP-ribose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cnm
タイトルHuman Sirt6 in complex with the inhibitor S6020 and ADP-ribose
要素NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
キーワードHYDROLASE / Deacylase / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / ketone biosynthetic process / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / protein delipidation / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / regulation of lipid catabolic process / chromosome, subtelomeric region / positive regulation of protein localization to chromatin ...histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / ketone biosynthetic process / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / protein delipidation / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / regulation of lipid catabolic process / chromosome, subtelomeric region / positive regulation of protein localization to chromatin / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / DNA damage sensor activity / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / positive regulation of stem cell differentiation / negative regulation of D-glucose import / positive regulation of chondrocyte proliferation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / transposable element silencing / cardiac muscle cell differentiation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / pericentric heterochromatin formation / protein deacetylation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein localization to site of double-strand break / positive regulation of blood vessel branching / negative regulation of glycolytic process / negative regulation of protein localization to chromatin / TORC2 complex binding / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / histone deacetylase regulator activity / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of double-strand break repair / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of protein secretion / lncRNA binding / negative regulation of gene expression, epigenetic / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of stem cell proliferation / positive regulation of stem cell population maintenance / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere maintenance / pericentric heterochromatin / regulation of lipid metabolic process / site of DNA damage / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of cellular senescence / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ binding / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of gluconeogenesis / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of protein localization to plasma membrane / response to UV / nucleosome binding / enzyme regulator activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / positive regulation of protein export from nucleus / determination of adult lifespan / circadian regulation of gene expression / chromatin DNA binding / regulation of circadian rhythm / protein destabilization / base-excision repair / positive regulation of insulin secretion / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of fibroblast proliferation / protein import into nucleus / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / glucose homeostasis / site of double-strand break / double-strand break repair / Processing of DNA double-strand break ends / positive regulation of cold-induced thermogenesis / damaged DNA binding / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / chromatin / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AR6 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : / NAD-dependent protein deacylase sirtuin-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者You, W. / Steegborn, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development of novel Sirtuin 6 inhibitors and activators based on a protein crystallography-based fragment screen
著者: You, W. / Steegborn, C.
履歴
登録2023年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,16721
ポリマ－67,2632
非ポリマー2,90419
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area24600 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)91.359, 91.359, 142.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6 / Regulatory protein SIR2 homolog 6 / SIR2-like protein 6


分子量: 33631.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT6, SIR2L6 / プラスミド: pET151-D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 pLysS
参照: UniProt: Q8N6T7, protein acetyllysine N-acetyltransferase

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非ポリマー , 8種, 199分子

#2: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-V7R / 4-azanyl-~{N}-(4-oxidanylcyclohexyl)benzenesulfonamide


分子量: 270.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
PH範囲: 5.7-6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→47.65 Å / Num. obs: 109024 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 38.737 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 7.56
反射 シェル解像度: 1.88→1.99 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 17490 / CC1/2: 0.365 / Rrim(I) all: 2.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→45.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22691 1073 1.9 %RANDOM
Rwork0.19319 ---
obs0.19382 54044 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.452 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.37 Å2-0 Å2-0 Å2
2---18.37 Å2-0 Å2
3---36.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.88→45.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4360 0 170 180 4710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134619
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.0174399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5771.6676278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2741.59210142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6825555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.69719.876242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.99315764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3031549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.021025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0553.9122232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0553.9092231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1275.8572783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1265.862784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4584.372387
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4574.372388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0016.3893496
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.81146.1154901
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.8146.1164902
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS数: 2145 / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 4.13 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.93 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 83 -
Rwork0.337 3934 -
obs--98.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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