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万見
- PDB-8cn0: Crystal structure of CREBBP-Y1482N histone acetyltransferase doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cn0
タイトルCrystal structure of CREBBP-Y1482N histone acetyltransferase domain in complex with Coenzyme A
要素histone acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / histone acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / MRF binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / histone acetyltransferase complex / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to nutrient levels ...peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / MRF binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / histone acetyltransferase complex / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to nutrient levels / histone acetyltransferase / protein destabilization / positive regulation of protein localization to nucleus / transcription coactivator binding / cellular response to UV / p53 binding / rhythmic process / transcription corepressor activity / damaged DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / nuclear body / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / histone acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Mechaly, A.E. / Zhang, W. / Haouz, A. / Green, M. / Rodrigues-Lima, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CREBBP-Y1482N histone acetyltransferase domain in complex with Coenzyme A
著者: Mechaly, A.E. / Zhang, W. / Haouz, A. / Green, M. / Rodrigues-Lima, F.
履歴
登録2023年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: histone acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1147
ポリマ－75,0191
非ポリマー1,0956
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area28300 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.009, 148.586, 155.125
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 histone acetyltransferase


分子量: 75019.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crebbp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8VPR5, histone acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0,2 M Potassium citrate tribasic monohydrate 20 % w/v Polyethylene glycol 3,350 pH 8,2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→75.887 Å / Num. obs: 23398 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 55.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.44→2.671 Å / Rmerge(I) obs: 1.705 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1170 / CC1/2: 0.577 / Rpim(I) all: 0.528 / Rrim(I) all: 1.788

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
autoPROCdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.44→75.887 Å / SU ML: 0.259 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 38.1494
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3041 1193 5.1 %
Rwork0.2584 22201 -
obs0.2608 23394 61.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→75.887 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4420 0 53 24 4497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01374602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0286229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.117642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0134813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.64571759
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.540.346100.475272X-RAY DIFFRACTION6.8
2.54-2.650.5887240.4338717X-RAY DIFFRACTION17.9
2.65-2.790.5062770.39021381X-RAY DIFFRACTION35.17
2.79-2.970.41381230.32822030X-RAY DIFFRACTION51.53
2.97-3.20.29751300.32472585X-RAY DIFFRACTION65.28
3.2-3.520.34612000.30773173X-RAY DIFFRACTION80.56
3.52-4.030.30191850.25523846X-RAY DIFFRACTION96.32
4.03-5.070.27462050.22514050X-RAY DIFFRACTION100
5.07-75.8870.2782390.23244147X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05373361270530.0398107832715-0.02615281046010.03687923182110.01079455904350.0879243706101-0.00753053414165-0.0938013215558-0.1115095333710.152743236309-0.139073225786-0.171559985005-0.06361624419370.18314524372-0.1559804828030.2764873736950.08273692188130.03431929953560.2284096637320.45946112237-0.045900531787330.123349237155.060106195811.726136386
20.01856320347340.00726628561255-0.0135648561840.0289357558653-0.09842713982240.0675566500398-0.02373118487890.183569279262-0.02963439995880.01162367683090.07604298666850.06693945420650.0612654931725-0.2450880546260.0966292589220.137825282879-0.01170418925780.1632353232530.1694774316170.609226145889-0.0421205621585-5.0458953007537.429304009323.4163642101
30.0226159992993-0.01553495627290.0470223490333-0.0088787325142-0.06299767040250.0793485941990.0517023032130.2490171945670.131221138602-0.04678982743990.0004396863638680.198393011218-0.0848381765832-0.287015047062-0.2026355595880.1359520983520.1031045662370.09234626250280.425944685960.6676208064060.266091803229-15.833983507347.502670439321.4300963621
40.0063808378109-0.01535503771750.01049465269870.106742658505-0.06797884908590.02075534179010.0989733790763-0.0806530050764-0.2300320341890.099862590831-0.02724137026670.0877641364640.127694421969-0.171046359751-0.01372067122330.397089100290.00633046343238-0.0742962083860.259832152090.2408750323920.3435182813362.9932982775422.074665713334.5299718067
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1075 through 1295 )1075 - 12951 - 159
22chain 'A' and (resid 1296 through 1482 )1296 - 1482160 - 346
33chain 'A' and (resid 1483 through 1680 )1483 - 1680347 - 473
44chain 'A' and (resid 1681 through 1746 )1681 - 1746474 - 534

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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