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- PDB-8cmz: Crystal structure of CREBBP-R1446C histone acetyltransferase doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cmz
タイトルCrystal structure of CREBBP-R1446C histone acetyltransferase domain in complex with Coenzyme A
要素histone acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / histone acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / MRF binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to nutrient levels ...peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / MRF binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to nutrient levels / histone acetyltransferase / protein destabilization / transcription coactivator binding / positive regulation of protein localization to nucleus / transcription corepressor activity / cellular response to UV / rhythmic process / p53 binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / nuclear body / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / histone acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.252 Å
データ登録者Mechaly, A.E. / Zhang, W. / Haouz, A. / Green, M. / Rodrigues-Lima, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CREBBP-R1446C histone acetyltransferase domain in complex with Coenzyme A
著者: Mechaly, A.E. / Zhang, W. / Haouz, A. / Green, M. / Rodrigues-Lima, F.
履歴
登録2023年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: histone acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0286
ポリマ－74,9981
非ポリマー1,0295
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area28070 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.181, 145.095, 154.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 histone acetyltransferase


分子量: 74998.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crebbp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8VPR5, histone acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0,1 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0 12 % w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.252→105.857 Å / Num. obs: 23161 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.252→2.539 Å / Rmerge(I) obs: 1.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1158 / CC1/2: 0.687 / Rpim(I) all: 0.409 / Rrim(I) all: 1.451

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解析

ソフトウェア
名称分類
autoBUSTER精密化
PHASER位相決定
autoPROCdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.252→53.76 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 45.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2972 1183 5.11 %
Rwork0.2393 --
obs0.2424 23155 49.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.252→53.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4409 0 52 14 4475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3596215
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.957621
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008809
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.252-2.350.648460.4743179X-RAY DIFFRACTION3
2.35-2.480.416320.3932528X-RAY DIFFRACTION10
2.48-2.630.3637500.37011127X-RAY DIFFRACTION20
2.63-2.840.42081150.36161949X-RAY DIFFRACTION36
2.84-3.120.3821560.33213024X-RAY DIFFRACTION54
3.12-3.570.31431960.26944102X-RAY DIFFRACTION74
3.57-4.50.2833310.21035265X-RAY DIFFRACTION95
4.5-53.760.27912970.22245798X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2845-0.5241-0.531.1555-0.79431.2930.1540.88270.371-0.24520.09670.29270.0825-0.6095-0.28210.27940.0066-0.01440.61380.45460.3649-9.937438.663521.1462
20.3402-0.082-0.01020.1535-0.2360.27590.10980.68270.4011-0.23980.21290.5391-0.0621-0.7083-0.0770.350.2346-0.07950.81440.84060.4394-12.45445.225121.531
30.24730.3793-0.47451.4629-0.14751.73980.57260.0396-0.97380.02220.03940.90420.7906-1.4583-0.63441.0908-0.4918-0.38921.70370.52451.72560.456718.660633.8768
40.67720.30080.00333.3868-0.99852.7262-0.0612-0.2457-0.33180.2677-0.3506-0.48390.17540.69280.3640.33690.0530.05550.80650.35030.13835.623556.66729.4357
50.76990.34040.01181.9053-0.85451.9493-0.0576-0.0627-0.0518-0.0366-0.2176-0.1635-0.14990.35440.06740.23350.26110.04440.58450.43410.018527.613951.685112.9416
65.9639-0.8796-0.55660.3509-0.51431.6292-0.05660.4086-1.2801-0.361-0.2603-0.28710.88610.3623-0.09980.64490.20260.08870.44610.25630.66610.741327.830522.789
74.0859-1.004-0.43773.3025-0.33281.147-0.03670.40320.1073-0.08610.36250.7321-0.2173-0.6866-0.21990.40480.03980.01980.41790.38620.5098-14.858441.845329.3455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1389-1483}A1389 - 1483
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1484-1698}
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|1699-1745}
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|1076-1135}
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|1136-1296}
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|1297-1349}
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|1350-1388}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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