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万見
- PDB-8cmr: Linear specific OTU-type DUB SnOTU from the pathogen S. negenvens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cmr
タイトルLinear specific OTU-type DUB SnOTU from the pathogen S. negenvensis in complex with linear di-ubiquitin
要素
  • OTU domain-containing protein
  • Polyubiquitin-B
キーワードHYDROLASE / Deubiquitinase / papain-fold / OTU / swapped complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-B / OTU domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Simkania negevensis Z (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Uthoff, M. / Hermanns, T. / Boll, V. / Hofmann, K. / Baumann, U.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)HO 3783/3-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 216/949-1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Functional and structural diversity in deubiquitinases of the Chlamydia-like bacterium Simkania negevensis.
著者: Boll, V. / Hermanns, T. / Uthoff, M. / Erven, I. / Horner, E.M. / Kozjak-Pavlovic, V. / Baumann, U. / Hofmann, K.
履歴
登録2023年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OTU domain-containing protein
B: Polyubiquitin-B
C: OTU domain-containing protein
D: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0294
ポリマ－102,0294
非ポリマー00
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10430 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area33660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.618, 154.618, 81.972
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 3 through 242)
d_2ens_1chain "C"
d_1ens_2(chain "B" and (resid 1 through 100 or resid 102 through 152))
d_2ens_2(chain "D" and (resid 1 through 72 or resid 75 through 100 or resid 102 through 152))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEULEUSERSERAA3 - 2423 - 242
d_21ens_1LEULEUSERSERCC3 - 2423 - 242
d_11ens_2METMETGLUGLUBB1 - 1001 - 100
d_12ens_2VALVALGLYGLYBB102 - 152102 - 152
d_21ens_2METMETARGARGDD1 - 721 - 72
d_22ens_2GLYGLYGLUGLUDD75 - 10075 - 100
d_23ens_2VALVALGLYGLYDD102 - 152102 - 152

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

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要素

#1: タンパク質 OTU domain-containing protein


分子量: 33878.930 Da / 分子数: 2 / 変異: C82A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simkania negevensis Z (バクテリア)
遺伝子: SNE_A17630 / プラスミド: popinS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8L9T9
#2: タンパク質 Polyubiquitin-B / cDNA FLJ51326 / highly similar to Homo sapiens ubiquitin B (UBB) / mRNA


分子量: 17135.654 Da / 分子数: 2
Fragment: In the crystal structure there is domain swapping likely occurring. The two ubiquitin units of chains B or D are spread over two DUB molecules (A or C). A biological assembly, for example, ...Fragment: In the crystal structure there is domain swapping likely occurring. The two ubiquitin units of chains B or D are spread over two DUB molecules (A or C). A biological assembly, for example, would more likely be Chain A/Chain B:77-152 linked via peptide bond from B152 to D1 to chain D, residues 1-76.
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4DV12
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The proteins were purified in 20 mM TRIS pH 7.5, 150 mM NaCl, 2mM DTT and mixed in a 1:1.1 (Protease:ubiquitin) ratio. Reservoir: 0.2 M Magnesium format dihydrate, 20 % w/v PEG 3350, 0.02 M ...詳細: The proteins were purified in 20 mM TRIS pH 7.5, 150 mM NaCl, 2mM DTT and mixed in a 1:1.1 (Protease:ubiquitin) ratio. Reservoir: 0.2 M Magnesium format dihydrate, 20 % w/v PEG 3350, 0.02 M EDTA Protein and reservoir were mixed in a ratio of 1 ul : 2 ul.
Temp details: Climate controlled room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月16日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→80 Å / Num. obs: 53800 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 57.15 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.0417 / Rrim(I) all: 0.1406 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 1.972 / Num. unique obs: 5272 / CC1/2: 0.643 / Rpim(I) all: 0.6039 / Rrim(I) all: 2.072 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEFeb 5, 2021 BUILT=20210323データスケーリング
XDSFeb 5, 2021 BUILT=20210323データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2; custom version (https://github.com/muthoff/ComplexFold)

解像度: 2.24→43.06 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.8778
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2145 1339 2.49 %Random (Reflection File Editor, Phenix)
Rwork0.1941 52391 --
obs0.1946 53730 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→43.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6199 0 0 96 6295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00196302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47168508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0407991
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00281095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.82932426
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.48541777172
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.24634379198
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.320.41161350.33955184X-RAY DIFFRACTION99.64
2.32-2.410.29421330.30245203X-RAY DIFFRACTION99.89
2.41-2.520.27541310.27385201X-RAY DIFFRACTION99.96
2.52-2.660.2961320.25715253X-RAY DIFFRACTION99.94
2.66-2.820.29691380.27965233X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.040.26331280.25155196X-RAY DIFFRACTION99.92
3.04-3.350.23231350.24585233X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.830.24321300.20485280X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.820.18841360.14995264X-RAY DIFFRACTION100
4.83-43.060.15491410.13975344X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.43252645065-0.1467998461440.6313260581560.679495714537-0.1028553597371.22714742197-0.06068296916920.132901654160.04081587163020.047128016946-0.00356278036013-0.0257475209314-0.07156478683390.1876018884410.06564673870110.4590453872390.0103109192290.05146916170580.491620651129-0.01507841530330.525723242284-9.62423082338-55.766690181-2.05682575813
20.395459866086-0.545971733491-0.7828973057940.73645200761.055372748111.48039838356-0.001950774617370.000227365682911-0.1318310639930.0834109289221-0.193514547916-0.03081770061830.105752343434-0.3442477739450.2244383557380.511510498361-0.04579004983180.04035210391180.682880988615-0.07276197472570.57235591979-26.9834014407-61.450651378528.2814771544
31.31843337599-0.4396224931940.4384911979791.25041471269-0.3085626924111.98122672156-0.0675549374202-0.2972019527080.01117951924210.08999660105290.0476522146414-0.03932807341720.0688066497185-0.148478086240.01907123064390.45393773667-0.01820742230590.01448202266030.658942033726-0.09683402188860.509532483703-48.8916274889-32.723142144731.7929574406
41.18422478984-0.302200743967-1.466648535880.2734532780240.827891808112.64020513131-0.0984255088506-0.1634053660080.0383518765030.09680454135480.0114400396968-0.04545941572170.4736114243280.006108619515930.11912673310.628792598904-0.006312827552440.004819375029110.4394449008120.02459880457190.580092543124-44.5837397027-48.90690031070.301350034289
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 2 through 242)AA2 - 2421 - 241
22(chain 'B' and resid 1 through 152)BB1 - 1521 - 150
33(chain 'C' and resid 3 through 242)CC3 - 2421 - 240
44(chain 'D' and resid 1 through 152)DD1 - 1521 - 152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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