PDB-8cmk: Transportin-3 TNPO3 in complex with RSY region of CIRBP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cmk

タイトル

Transportin-3 TNPO3 in complex with RSY region of CIRBP

要素

Cold-inducible RNA-binding protein
Transportin-3

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Transportin / nuclear import / RNA-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

annulate lamellae / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / mRNA stabilization / nuclear import signal receptor activity / response to UV / translation repressor activity / stress granule assembly / response to cold / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.945 Å

データ登録者

Zhou, Q. / Sagmeister, T. / Pavkov-Keller, T. / Madl, T.

資金援助

オーストリア, 6件

組織	認可番号	国
Austrian Research Promotion Agency	864690	オーストリア
Austrian Research Promotion Agency	870454	オーストリア
Austrian Science Fund	P28854	オーストリア
Austrian Science Fund	I3792	オーストリア
Austrian Science Fund	DOC-130	オーストリア
Austrian Science Fund	W1226	オーストリア

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of phosphorylation-independent nuclear import of CIRBP by TNPO3.
著者: Zhou, Q. / Sagmeister, T. / Hutten, S. / Bourgeois, B. / Pavkov-Keller, T. / Dormann, D. / Madl, T.

履歴

登録	2023年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月11日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cmk.cif.gz	708.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cmk.ent.gz	573.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cmk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/8cmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/8cmk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Transportin-3

B: Transportin-3

C: Cold-inducible RNA-binding protein

D: Cold-inducible RNA-binding protein

E: Cold-inducible RNA-binding protein

ヘテロ分子

221 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.526, 101.805, 114.133
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.128, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Transportin-3 / Importin-12 / Imp12 / Transportin-SR / TRN-SR 分子量: 104281.148 Da / 分子数: 2 / 変異: C511A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNPO3, IPO12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5L0
#2: タンパク質・ペプチド	Cold-inducible RNA-binding protein / A18 hnRNP / Glycine-rich RNA-binding protein CIRP 分子量: 3953.921 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIRBP, A18HNRNP, CIRP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14011
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-TSS / 2-(1H-INDOL-3-YL)ETHANAMINE / TRYPTAMINE / トリプタミン分子量: 160.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₂N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.69 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.5ul Protein (TNPO3) 12mg/ml with 0.2ul Ligand (CIRBP) 4.4mg/ml and 0.1ul seeding stock were mixed with 0.5ul of condition. Condition: 0.1M Sodium HEPES, 0.1M MOPS (acid), 7.5pH, 12.5% v/v ...詳細: 0.5ul Protein (TNPO3) 12mg/ml with 0.2ul Ligand (CIRBP) 4.4mg/ml and 0.1ul seeding stock were mixed with 0.5ul of condition. Condition: 0.1M Sodium HEPES, 0.1M MOPS (acid), 7.5pH, 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350, 0.05% w/v D-Salicin, 0.05% w/v Esculin hydrate, 0.05% w/v Quinine hemisulfate salt monohydrate, 0.05% w/v Tryptamine, 0.05% w/v Arbutin (in 50% EtOH) Protein and Ligand in 50mM Tris, 150mM NaCl, 2mM TCEP, 0.04% NaN3, pH: 7.5 Buffer

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.69 %

結晶化

温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.5ul Protein (TNPO3) 12mg/ml with 0.2ul Ligand (CIRBP) 4.4mg/ml and 0.1ul seeding stock were mixed with 0.5ul of condition. Condition: 0.1M Sodium HEPES, 0.1M MOPS (acid), 7.5pH, 12.5% v/v ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1.03322 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03322 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.94→48.72 Å / Num. obs: 43555 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.09 / R_rim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
11.02-48.72	3.3	0.044	876	0.995	0.043	0.061
2.94-3.06	3.5	0.672	4458	0.509	0.629	0.923

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.945→48.715 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.853 / SU B: 30.297 / SU ML: 0.552 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.57 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3166	2105	4.837 %
R_work	0.2464	41418	-
all	0.25	-	-
obs	-	43523	98.273 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.416 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.559 Å²	0 Å²	1.168 Å²
2-	-	-1.677 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.027 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.945→48.715 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14632	0	19	172	14823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	14939
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	14288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.577	1.642	20275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.506	1.567	32872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.051	5	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.16	5	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.385	10	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.25	10	686
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	17303
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3364
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	3331
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	12452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	7364
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	7857
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.496	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.469	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.605	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.908	8.398	7373
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.908	8.398	7373
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.991	15.153	9197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.991	15.154	9198
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.629	8.731	7566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.627	8.731	7566
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.825	15.963	11078
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.825	15.964	11079
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.688	102.088	62178
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.689	102.108	62153

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.945-3.021	0.374	161	0.333	2893	0.335	3231	0.901	0.916	94.5218	0.323
3.021-3.103	0.399	147	0.312	3000	0.316	3165	0.885	0.926	99.4313	0.299
3.103-3.193	0.397	127	0.284	2944	0.288	3093	0.882	0.943	99.2887	0.267
3.193-3.291	0.346	143	0.274	2825	0.278	2999	0.915	0.948	98.9663	0.255
3.291-3.398	0.334	142	0.25	2646	0.254	2875	0.917	0.958	96.9739	0.231
3.398-3.517	0.331	119	0.247	2501	0.251	2814	0.922	0.961	93.1059	0.23
3.517-3.649	0.342	117	0.246	2601	0.25	2729	0.92	0.961	99.5969	0.23
3.649-3.797	0.334	134	0.24	2460	0.245	2597	0.925	0.962	99.8845	0.225
3.797-3.965	0.305	138	0.227	2354	0.231	2498	0.937	0.966	99.7598	0.213
3.965-4.157	0.294	116	0.215	2285	0.219	2407	0.932	0.968	99.7507	0.204
4.157-4.38	0.275	126	0.21	2147	0.213	2287	0.945	0.97	99.3878	0.202
4.38-4.643	0.262	89	0.216	2070	0.218	2174	0.958	0.968	99.31	0.212
4.643-4.961	0.322	99	0.229	1902	0.234	2010	0.926	0.966	99.5522	0.227
4.961-5.354	0.3	88	0.25	1807	0.253	1911	0.94	0.962	99.1627	0.248
5.354-5.858	0.336	94	0.278	1630	0.281	1748	0.917	0.951	98.627	0.27
5.858-6.537	0.353	66	0.28	1487	0.283	1593	0.933	0.955	97.489	0.28
6.537-7.526	0.326	69	0.25	1287	0.254	1421	0.93	0.96	95.4258	0.255
7.526-9.163	0.295	60	0.228	1132	0.231	1196	0.949	0.969	99.6656	0.238
9.163-12.735	0.224	48	0.213	903	0.214	956	0.981	0.976	99.477	0.223
12.735-48.715	0.435	22	0.305	543	0.31	572	0.873	0.945	98.7762	0.318

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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