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- PDB-8cm6: W-formate dehydrogenase C872A from Desulfovibrio vulgaris - with ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cm6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Title | W-formate dehydrogenase C872A from Desulfovibrio vulgaris - with Formamide | ||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | (Formate dehydrogenase, ...) x 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Formate / CO2 / Molybdenum and Tungsten enzymes / DMSO reductase family / ELECTRON TRANSPORT | ||||||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() formate dehydrogenase (cytochrome-c-553) activity / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Vilela-Alves, G. / Mota, C. / Oliveira, A.R. / Manuel, R.R. / Pereira, I.C. / Romao, M.J. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: An allosteric redox switch involved in oxygen protection in a CO 2 reductase. Authors: Oliveira, A.R. / Mota, C. / Vilela-Alves, G. / Manuel, R.R. / Pedrosa, N. / Fourmond, V. / Klymanska, K. / Leger, C. / Guigliarelli, B. / Romao, M.J. / Cardoso Pereira, I.A. | ||||||||||||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 548.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 418.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 10.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 10.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 97 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 145.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8cm4C ![]() 8cm5C ![]() 8cm7C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components
-Formate dehydrogenase, ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 112404.961 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C872A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: fdnG-1 Production host: ![]() References: UniProt: Q72EJ1 #2: Protein | Mass: 23989.508 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: DVU_0588 Production host: ![]() References: UniProt: Q72EJ0 |
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-Non-polymers , 11 types, 1766 molecules ![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/W.gif)
![](data/chem/img/MGD.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/ARF.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/W.gif)
![](data/chem/img/MGD.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/ARF.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MGD / #6: Chemical | ChemComp-SF4 / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-GOL / #9: Chemical | ChemComp-PG4 / #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-ARF / #12: Chemical | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 34% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 1M LiCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 3, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.7749 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.416→117.57 Å / Num. obs: 346803 / % possible obs: 92.3 % / Redundancy: 2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.01 |
Reflection shell | Resolution: 1.416→1.54 Å / Num. unique obs: 17340 / CC1/2: 0.658 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.1 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.416→117.57 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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