PDB-8cm0: Rhs2-CT endonuclease toxin in complex with cognate immunity prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cm0

タイトル

Rhs2-CT endonuclease toxin in complex with cognate immunity protein RhsI2

要素

Rhs2CT
RhsI2

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / T6SS / effector-immunity compex / HNH endonuclease / DNAse / S. marcescens DB10

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Pankov, G. / Hunter, W.N. / Coulthurst, S.J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Rhs2-CT endonuclease toxin in complex with cognate immunity protein RhsI2
著者: Pankov, G. / Coulthurst, C. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2023年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cm0.cif.gz	76.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cm0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cm0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/8cm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/8cm0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

BBB: RhsI2

AAA: Rhs2CT

ヘテロ分子

36.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Rhs2CT-RhsI2 copurify together in SEC chromatography with the elutionvolume consistent with the mass of the heterodimer, RhsI2 protects susceptible cells from Rhs2CT ...根拠: gel filtration, Rhs2CT-RhsI2 copurify together in SEC chromatography with the elutionvolume consistent with the mass of the heterodimer, RhsI2 protects susceptible cells from Rhs2CT intoxication in competition assays

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.006, 81.931, 101.371
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RhsI2 分子量: 18682.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質	Rhs2CT 分子量: 17797.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Crystals were grown in a condition containing 0.2 uL of 6.5 mg/mL Rhs2CT-RhsI2 (in 20 mM MES & 20 mM imidazole pH 6.0, 150 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP) and 0.2 uL of reservoir solution ...詳細: Crystals were grown in a condition containing 0.2 uL of 6.5 mg/mL Rhs2CT-RhsI2 (in 20 mM MES & 20 mM imidazole pH 6.0, 150 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP) and 0.2 uL of reservoir solution (0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 20% PEG4K).

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.41 %

結晶化

温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystals were grown in a condition containing 0.2 uL of 6.5 mg/mL Rhs2CT-RhsI2 (in 20 mM MES & 20 mM imidazole pH 6.0, 150 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP) and 0.2 uL of reservoir solution ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→37.98 Å / Num. obs: 17007 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.157 / R_pim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.17→2.24 Å / R_merge(I) obs: 1.511 / Num. unique obs: 1408 / CC_1/2: 0.542 / R_pim(I) all: 0.661 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.17→37.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 6.765 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.212 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2526	842	4.968 %
R_work	0.195	16107	-
all	0.198	-	-
obs	-	16949	99.906 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.743 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.916 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.073 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.157 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→37.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2185	0	16	131	2332

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.645	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.309	1.583	4886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.934	5	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.427	21.545	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.868	15	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.442	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	547
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.139	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.792	3.345	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.79	3.339	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.349	4.989	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.347	4.993	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.676	3.868	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.675	3.869	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.025	5.579	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.024	5.58	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.126	38.56	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.125	38.568	2521

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.17-2.226	0.329	61	0.27	1141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.226-2.287	0.352	66	0.258	1136	X-RAY DIFFRACTION	99.6683
2.287-2.353	0.278	38	0.233	1123	X-RAY DIFFRACTION	99.6567
2.353-2.426	0.303	59	0.208	1074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.426-2.505	0.277	61	0.198	1051	X-RAY DIFFRACTION	99.9101
2.505-2.593	0.287	45	0.198	1001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.593-2.691	0.287	47	0.208	983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.691-2.8	0.32	52	0.203	938	X-RAY DIFFRACTION	99.8991
2.8-2.925	0.299	46	0.202	930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.925-3.067	0.315	43	0.195	884	X-RAY DIFFRACTION	100
3.067-3.233	0.238	47	0.199	812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.233-3.428	0.246	41	0.194	792	X-RAY DIFFRACTION	99.8801
3.428-3.664	0.198	41	0.17	749	X-RAY DIFFRACTION	99.8736
3.664-3.957	0.245	44	0.174	685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.957-4.332	0.235	26	0.168	650	X-RAY DIFFRACTION	100
4.332-4.841	0.242	30	0.181	602	X-RAY DIFFRACTION	100
4.841-5.585	0.181	26	0.181	526	X-RAY DIFFRACTION	100
5.585-6.827	0.282	29	0.2	450	X-RAY DIFFRACTION	100
6.827-9.599	0.167	24	0.157	359	X-RAY DIFFRACTION	100
9.599-37.98	0.187	16	0.231	221	X-RAY DIFFRACTION	98.75

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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