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万見
- PDB-8clw: Crystal structure of maize cytokinin oxidase/dehydrogenase 4 (CKO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8clw
タイトルCrystal structure of maize cytokinin oxidase/dehydrogenase 4 (CKO/CKX4) in complex with inhibitor 2-[(3,5-dichlorophenyl)carbamoylamino]-4-methoxy-benzamide
要素Cytokinin dehydrogenase 4
キーワードFLAVOPROTEIN / Hormone degradation / plant / inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinin dehydrogenase / cytokinin dehydrogenase activity / cytokinin metabolic process / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain / Cytokinin dehydrogenase 1, FAD and cytokinin binding / : / Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site / Oxygen oxidoreductases covalent FAD-binding site. / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 ...Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain / Cytokinin dehydrogenase 1, FAD and cytokinin binding / : / Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site / Oxygen oxidoreductases covalent FAD-binding site. / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / cytokinin dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kopecny, D. / Briozzo, P. / Morera, S.
資金援助 チェコ, 2件
組織認可番号国
Czech Science Foundation21-07661S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000827 チェコ
引用ジャーナル: J.Exp.Bot. / 年: 2024
タイトル: Cytokinin oxidase/dehydrogenase inhibitors: progress towards agricultural practice.
著者: Nisler, J. / Klimes, P. / Koncitikova, R. / Kadlecova, A. / Voller, J. / Chalaki, M. / Karampelias, M. / Murvanidze, N. / Werbrouck, S.P.O. / Kopecny, D. / Havlicek, L. / De Diego, N. / ...著者: Nisler, J. / Klimes, P. / Koncitikova, R. / Kadlecova, A. / Voller, J. / Chalaki, M. / Karampelias, M. / Murvanidze, N. / Werbrouck, S.P.O. / Kopecny, D. / Havlicek, L. / De Diego, N. / Briozzo, P. / Morera, S. / Zalabak, D. / Spichal, L.
履歴
登録2023年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytokinin dehydrogenase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4925
ポリマ－58,1981
非ポリマー1,2944
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.560, 79.560, 203.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytokinin dehydrogenase 4


分子量: 58197.684 Da / 分子数: 1 / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ZmCKO4 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: CKX4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3T1W8, cytokinin dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 286分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-UZ3 / 2-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]carbamoylamino]-4-methoxy-benzamide


分子量: 354.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13Cl2N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 21% MPD, 1 mM inhibitor and protein at concentration of 10 mg ml-1 in the starting drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.99187 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→43.3 Å / Num. obs: 60808 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 37.59 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.063 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 9086 / CC1/2: 0.902 / Rpim(I) all: 0.604 / Rrim(I) all: 1.253 / Rsym value: 1.083 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSBUILT=20180307データ削減
XDSBUILT=20180307データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→43.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU R Cruickshank DPI: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.107 / SU Rfree Blow DPI: 0.104 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.102
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 3040 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.196 60797 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4449 Å20 Å20 Å2
2---6.4449 Å20 Å2
3---12.8899 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→43.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3488 0 86 282 3856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013706HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.975037HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1231SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes674HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3706HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.6
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion445SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4472SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3099 196 4.99 %
Rwork0.2737 3731 -
all0.2755 3927 -
obs--86.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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