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- PDB-8clt: Zearalenone lactonase of Rhodococcus erythropolis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8clt
タイトルZearalenone lactonase of Rhodococcus erythropolis
要素Zearalenone lactonase
キーワードHYDROLASE / zearalenone / mycotoxin / lactonase / carboxylesterase / esterase / biodegradation / Rhodococcus erythropolis
生物種Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Puehringer, D. / Mlynek, G.
資金援助 オーストリア, チェコ, 5件
組織認可番号国
Christian Doppler ForschungsgesellschaftFA743017 オーストリア
Austrian Research Promotion AgencyLaura Bassi Center for Optimised Structural Studies オーストリア
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)INBIO - CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_026/0008451 チェコ
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)RECETOX RI LM2018121 チェコ
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)ELIXIR LM201813 チェコ
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Bacterial Lactonases ZenA with Noncanonical Structural Features Hydrolyze the Mycotoxin Zearalenone.
著者: Fruhauf, S. / Puhringer, D. / Thamhesl, M. / Fajtl, P. / Kunz-Vekiru, E. / Hobartner-Gussl, A. / Schatzmayr, G. / Adam, G. / Damborsky, J. / Djinovic-Carugo, K. / Prokop, Z. / Moll, W.D.
履歴
登録2023年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zearalenone lactonase
B: Zearalenone lactonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,43512
ポリマ－73,5142
非ポリマー92110
水10,251569
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area22200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.467, 121.803, 172.356
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-761-

HOH

21B-680-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Zearalenone lactonase


分子量: 36757.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M BIS-TRIS 5.5 pH, 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→47.53 Å / Num. obs: 114638 / % possible obs: 92.98 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 22.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1014 / Rpim(I) all: 0.04401 / Rrim(I) all: 0.1108 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.46→1.512 Å / 冗長度: 0.18 % / Rmerge(I) obs: 4.677 / Mean I/σ(I) obs: 0.18 / Num. unique obs: 9488 / CC1/2: 0.109 / CC star: 0.443 / Rpim(I) all: 2.872 / Rrim(I) all: 5.527 / % possible all: 39.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46→47.53 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1988 1895 1.73 %
Rwork0.1644 --
obs0.165 109245 92.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→47.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4786 0 60 569 5415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0146813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.486682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081717
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.017895
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.46-1.50.4459420.50252248X-RAY DIFFRACTION28
1.5-1.540.46051050.43626466X-RAY DIFFRACTION79
1.54-1.580.38781410.36687786X-RAY DIFFRACTION95
1.58-1.630.36711490.30558155X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.690.30651410.27468182X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.760.32031400.24928196X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.840.26171460.23838181X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.940.24341400.18618229X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.060.22121440.14938191X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.220.20341530.13758260X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.440.17011380.13658251X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.790.17531490.13548298X-RAY DIFFRACTION100
2.79-3.520.15791540.13738319X-RAY DIFFRACTION100
3.52-47.530.16871530.14478588X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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