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万見
- PDB-8clr: Integrated NMR/MD structure determination of a dynamic and thermo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8clr
タイトルIntegrated NMR/MD structure determination of a dynamic and thermodynamically stable CUUG RNA tetraloop
要素RNA hairpin with CUUG tetraloop
キーワードRNA / Model Hairpin / Conformational Ensemble / MD / CUUG / Tetraloop / High Resolution
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic RNA (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Oxenfarth, A. / Kuemmerer, F. / Bottaro, S. / Schnieders, R. / Pinter, G. / Jonker, H.R.A. / Fuertig, B. / Richter, C. / Blackledge, M. / Lindorff-Larsen, K. / Schwalbe, H.
資金援助 ドイツ, European Union, デンマーク, 4件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CRC902 ドイツ
European CommissioniNEXT-discoveryEuropean Union
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0032608 デンマーク
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Integrated NMR/Molecular Dynamics Determination of the Ensemble Conformation of a Thermodynamically Stable CUUG RNA Tetraloop.
著者: Oxenfarth, A. / Kummerer, F. / Bottaro, S. / Schnieders, R. / Pinter, G. / Jonker, H.R.A. / Furtig, B. / Richter, C. / Blackledge, M. / Lindorff-Larsen, K. / Schwalbe, H.
履歴
登録2023年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_validate_planes
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_validate_planes.type
改定 1.22023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA hairpin with CUUG tetraloop


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4551
ポリマ－4,4551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)100 / 20100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 RNA hairpin with CUUG tetraloop


分子量: 4454.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 14mer RNA hairpin with CUUG tetraloop / 由来: (合成) synthetic RNA (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic42D 1H-1H NOESY
137isotropic32D 1H-13C HSQC
126anisotropic32D 1H-13C HSQC
147isotropic32D 1H-15N HSQC
156anisotropic32D 1H-15N HSQC
162isotropic13D qHCP
172isotropic12D qHCP
182isotropic12D P-FIDS
192isotropic43D HCC-TOCSY-CCH-E.COSY
1101isotropic12D HNN-COSY
1112isotropic22D gamma (H)CCH
1122isotropic52D gamma HCNCH
1132isotropic12D gamma HCP
1142isotropic12D 1H-13C HSQC
1151isotropic12D 1H-15N HSQC
1161isotropic22D HCN
1172isotropic43D forward directed (H)CCH-TOCSY
1182isotropic13D HCP

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.64 mM [U-13C; U-15N]-Ade,-Cyt, -Gua, -Ura RNA hairpin with CUUG tetraloop, 10 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 50 uM DSS, 95% H2O/5% D2O13C15N in H2O95% H2O/5% D2O
solution21.26 mM [U-13C; U-15N]-Ade,-Cyt, -Gua, -Ura RNA hairpin with CUUG tetraloop, 10 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 50 uM DSS, 100% D2O13C15N in D2O100% D2O
solution30.98 mM RNA hairpin with CUUG tetraloop, 10 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 50 uM DSS, 100% D2OUnlabeled in D2O100% D2O
solution40.86 mM RNA hairpin with CUUG tetraloop, 10 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 50 uM DSS, 95% H2O/5% D2OUnlabeled in H2O95% H2O/5% D2O
solution70.2 mM [U-13C; U-15N]-Ade,-Cyt, -Gua, -Ura RNA hairpin with CUUG tetraloop, 10 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 50 uM DSS, 95% H2O/5% D2OIsotropic in H2O95% H2O/5% D2O
solution60.2 mM [U-13C; U-15N]-Ade,-Cyt, -Gua, -Ura RNA hairpin with CUUG tetraloop, 10 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 50 uM DSS, 20 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O/5% D2OAnisotropic in H2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.64 mMRNA hairpin with CUUG tetraloop[U-13C; U-15N]-Ade,-Cyt, -Gua, -Ura1
10 mMpotassium phosphatenatural abundance1
1 mMEDTAnatural abundance1
50 uMDSSnatural abundance1
1.26 mMRNA hairpin with CUUG tetraloop[U-13C; U-15N]-Ade,-Cyt, -Gua, -Ura2
10 mMpotassium phosphatenatural abundance2
1 mMEDTAnatural abundance2
50 uMDSSnatural abundance2
0.98 mMRNA hairpin with CUUG tetraloopnatural abundance3
10 mMpotassium phosphatenatural abundance3
1 mMEDTAnatural abundance3
50 uMDSSnatural abundance3
0.86 mMRNA hairpin with CUUG tetraloopnatural abundance4
10 mMpotassium phosphatenatural abundance4
1 mMEDTAnatural abundance4
50 uMDSSnatural abundance4
0.2 mMRNA hairpin with CUUG tetraloop[U-13C; U-15N]-Ade,-Cyt, -Gua, -Ura7
10 mMpotassium phosphatenatural abundance7
1 mMEDTAnatural abundance7
50 uMDSSnatural abundance7
0.2 mMRNA hairpin with CUUG tetraloop[U-13C; U-15N]-Ade,-Cyt, -Gua, -Ura6
10 mMpotassium phosphatenatural abundance6
1 mMEDTAnatural abundance6
50 uMDSSnatural abundance6
20 mg/mLPf1 phagenatural abundance6
試料状態イオン強度: 13 mM / Label: condition / pH: 6.4 / 圧: ambient mbar / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001cryoprobe
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7002cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9004cryoprobe
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6005cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyNMRFAMLee W, Tonelli M, Markley JL Goddard TD, and Kneller DGchemical shift assignment
SparkyNMRFAMLee W, Tonelli M, Markley JL Goddard TD, and Kneller DGpeak picking
GROMACShttps://www.gromacs.org/structure calculation
PALESZweckstetter and Baxデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3
詳細: MD simulations were refined using Bayesian/Maximum entropy reweighting using RDCs and 3J-couplings. The obtained weights were then used to sub-sample an ensemble of 100 structures. See ...詳細: MD simulations were refined using Bayesian/Maximum entropy reweighting using RDCs and 3J-couplings. The obtained weights were then used to sub-sample an ensemble of 100 structures. See manuscript for more details.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20100 / 登録したコンフォーマーの数: 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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