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万見
- PDB-8clj: TFIIIC TauB-DNA dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8clj
タイトルTFIIIC TauB-DNA dimer
要素
  • (General transcription factor 3C polypeptide ...) x 3
  • (tDNA (35-MER)) x 2
キーワードTRANSCRIPTION / TFIIIC / tRNA gene / B-Box promoter / DNA recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA transcription / 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / histone H3K14 acetyltransferase activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / rRNA transcription ...tRNA transcription / 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / histone H3K14 acetyltransferase activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / rRNA transcription / transcription by RNA polymerase III / tRNA transcription by RNA polymerase III / histone acetyltransferase / ribonucleoprotein complex / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / membrane
類似検索 - 分子機能
Transcription factor IIIC, 90kDa subunit, N-terminal / General transcription factor 3C polypeptide 4 / Domain of unknown function DUF5921 / Transcription factor IIIC subunit delta bet-propeller domain / Domain of unknown function (DUF5921) / : / : / General transcription factor 3C polypeptide 1, winged-helix domain / GTF3C1, extended winged-helix domain / Transcription factor IIIC, putative zinc-finger ...Transcription factor IIIC, 90kDa subunit, N-terminal / General transcription factor 3C polypeptide 4 / Domain of unknown function DUF5921 / Transcription factor IIIC subunit delta bet-propeller domain / Domain of unknown function (DUF5921) / : / : / General transcription factor 3C polypeptide 1, winged-helix domain / GTF3C1, extended winged-helix domain / Transcription factor IIIC, putative zinc-finger / : / Putative zinc-finger of transcription factor IIIC complex / B-block binding subunit of TFIIIC / Tfc3, extended winged-helix domain / Transcription facto Tfc3-like / B-block binding subunit of TFIIIC / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / General transcription factor 3C polypeptide 1 / General transcription factor 3C polypeptide 2 / General transcription factor 3C polypeptide 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Seifert-Davila, W. / Girbig, M. / Hauptmann, L. / Hoffmann, T. / Eustermann, S. / Mueller, C.W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Other government ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural insights into human TFIIIC promoter recognition.
著者: Wolfram Seifert-Davila / Mathias Girbig / Luis Hauptmann / Thomas Hoffmann / Sebastian Eustermann / Christoph W Müller /
要旨: Transcription factor (TF) IIIC recruits RNA polymerase (Pol) III to most of its target genes. Recognition of intragenic A- and B-box motifs in transfer RNA (tRNA) genes by TFIIIC modules τA and τB ...Transcription factor (TF) IIIC recruits RNA polymerase (Pol) III to most of its target genes. Recognition of intragenic A- and B-box motifs in transfer RNA (tRNA) genes by TFIIIC modules τA and τB is the first critical step for tRNA synthesis but is mechanistically poorly understood. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the six-subunit human TFIIIC complex unbound and bound to a tRNA gene. The τB module recognizes the B-box via DNA shape and sequence readout through the assembly of multiple winged-helix domains. TFIIIC220 forms an integral part of both τA and τB connecting the two subcomplexes via a ~550-amino acid residue flexible linker. Our data provide a structural mechanism by which high-affinity B-box recognition anchors TFIIIC to promoter DNA and permits scanning for low-affinity A-boxes and TFIIIB for Pol III activation.
履歴
登録2023年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22023年7月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_validate_planes
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_validate_planes.type
改定 2.02024年7月24日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq
Item: _atom_site.auth_seq_id / _em_admin.last_update ..._atom_site.auth_seq_id / _em_admin.last_update / _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.pair_name / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_validate_planes.type / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ncs_dom.details / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.dom_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General transcription factor 3C polypeptide 1
B: General transcription factor 3C polypeptide 4
C: General transcription factor 3C polypeptide 2
D: tDNA (35-MER)
E: tDNA (35-MER)
F: General transcription factor 3C polypeptide 1
G: General transcription factor 3C polypeptide 4
H: General transcription factor 3C polypeptide 2
I: tDNA (35-MER)
J: tDNA (35-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)921,15014
ポリマ－920,88810
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "F"
d_2ens_1chain "A"
d_1ens_2chain "G"
d_2ens_2chain "B"
d_1ens_3chain "H"
d_2ens_3chain "C"
d_1ens_4chain "I"
d_2ens_4chain "D"
d_1ens_5chain "E"
d_2ens_5chain "J"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METMETASNASNFF1 - 7161 - 716
d_21ens_1METMETASNASNAA1 - 7161 - 716
d_11ens_2METMETPHEPHEGG50 - 82250 - 822
d_12ens_2ZNZNZNZNGM - N901 - 902
d_21ens_2METMETPHEPHEBB50 - 82250 - 822
d_22ens_2ZNZNZNZNBK - L901 - 902
d_21ens_3HISHISGLNGLNHH290 - 890304 - 904
d_11ens_3HISHISGLNGLNCC290 - 890304 - 904
d_11ens_4DADADTDTII1 - 351 - 35
d_21ens_4DADADTDTDD1 - 351 - 35
d_11ens_5DADADTDTJJ1 - 351 - 35
d_21ens_5DADADTDTEE1 - 351 - 35

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4
ens_5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.177831605165, -0.72665890412, 0.663583270787), (-0.984060036009, -0.130405281984, 0.120914465473), (-0.00132880942573, -0.674508190828, -0.738266167972)207.746138706, 398.255906743, 496.665928173
2given(0.177871234342, -0.72633245141, 0.663929961685), (-0.984053331879, -0.130649826243, 0.120704858725), (-0.000929521802967, -0.674812413143, -0.737988714722)207.630686183, 398.326080802, 496.605548198
3given(0.177753584322, -0.984074670173, -0.000840704502174), (-0.726313611496, -0.130617636609, -0.674838922086), (0.663982078837, 0.120565652364, -0.737964580758)355.513277773, 537.961691099, 180.563726798
4given(0.1778723532, -0.726332235474, 0.663929898166), (-0.984053129914, -0.13065083761, 0.120705410563), (-0.000929233378615, -0.674812449755, -0.737988681608)207.63042214, 398.326155541, 496.605501247
5given(0.177871380733, -0.726332370378, 0.663930011114), (-0.984053305295, -0.13064983341, 0.120705067698), (-0.000929652589821, -0.674812498974, -0.737988636074)207.630617643, 398.326015949, 496.605563769

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要素

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General transcription factor 3C polypeptide ... , 3種, 6分子 AFBGCH

#1: タンパク質 General transcription factor 3C polypeptide 1 / TF3C-alpha / TFIIIC box B-binding subunit / Transcription factor IIIC 220 kDa subunit / TFIIIC 220 ...TF3C-alpha / TFIIIC box B-binding subunit / Transcription factor IIIC 220 kDa subunit / TFIIIC 220 kDa subunit / TFIIIC220 / Transcription factor IIIC subunit alpha


分子量: 244200.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF3C1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q12789
#2: タンパク質 General transcription factor 3C polypeptide 4 / TF3C-delta / Transcription factor IIIC 90 kDa subunit / TFIIIC 90 kDa subunit / TFIIIC90 / ...TF3C-delta / Transcription factor IIIC 90 kDa subunit / TFIIIC 90 kDa subunit / TFIIIC90 / Transcription factor IIIC subunit delta


分子量: 92093.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF3C4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UKN8, histone acetyltransferase
#3: タンパク質 General transcription factor 3C polypeptide 2 / TF3C-beta / Transcription factor IIIC 110 kDa subunit / TFIIIC 110 kDa subunit / TFIIIC110 / ...TF3C-beta / Transcription factor IIIC 110 kDa subunit / TFIIIC 110 kDa subunit / TFIIIC110 / Transcription factor IIIC subunit beta


分子量: 102612.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF3C2, KIAA0011
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8WUA4

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DNA鎖 , 2種, 4分子 DIEJ

#4: DNA鎖 tDNA (35-MER)


分子量: 10819.942 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#5: DNA鎖 tDNA (35-MER)


分子量: 10717.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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非ポリマー , 1種, 4分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TFIIIC tauB-DNA Dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 42.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35379 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 83.57 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003432860
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.719345110
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04485008
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00585264
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.49435324
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.04418938103E-13
ens_2d_2GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.5029127574E-12
ens_3d_2CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.12273182478E-13
ens_4d_2IELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.21702161141E-13
ens_5d_2JELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.768269435E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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